Công văn 950/TCT-CS năm 2024 do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng nhằm giải quyết các vướng mắc thực tế của doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương liên quan đến chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT), đặc biệt là công tác hoàn thuế GTGT đối với các dự án đầu tư. Dưới đây là tóm tắt chi tiết các nội dung chính sách cốt lõi được đề cập trong văn bản này.

- Đối tượng và điều kiện áp dụng hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

• Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã thực hiện đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, hoặc cơ sở kinh doanh đang hoạt động có dự án đầu tư mới tại tỉnh, thành phố khác nơi đóng trụ sở chính đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động thì thuộc đối tượng được xem xét hoàn thuế GTGT.
• Điều kiện về giá trị: Số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sẽ được hoàn thuế GTGT theo quy định.
• Dự án đầu tư phải được thực hiện theo đúng tiến độ, có đầy đủ hồ sơ pháp lý, giấy phép đầu tư và các văn bản phê duyệt của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

- Nguyên tắc kê khai, bù trừ và khấu trừ thuế GTGT đầu vào

• Người nộp thuế phải thực hiện kê khai thuế GTGT riêng đối với dự án đầu tư bằng tờ khai riêng (Mẫu số 02/GTGT hoặc mẫu tương đương theo quy định hiện hành).
• Trước khi xác định số thuế được hoàn, người nộp thuế phải thực hiện bù trừ số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (nếu có).
• Chỉ sau khi bù trừ mà số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết đạt từ 300 triệu đồng trở lên thì mới được giải quyết hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư đó.

- Hướng dẫn xử lý thuế GTGT khi chuyển nhượng hoặc chấm dứt dự án đầu tư

• Trường hợp doanh nghiệp thực hiện chuyển nhượng một phần hoặc toàn bộ dự án đầu tư cho đơn vị khác, việc bàn giao số thuế GTGT đầu vào chưa được hoàn phải tuân thủ nghiêm ngặt các quy định về hóa đơn, chứng từ và thủ tục quyết toán thuế bàn giao tài sản.
• Doanh nghiệp nhận chuyển nhượng dự án đầu tư được kế thừa quyền lợi khấu trừ hoặc hoàn thuế GTGT liên quan đến dự án nhận chuyển nhượng nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện về hợp đồng chuyển nhượng, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt và các hồ sơ pháp lý liên quan.
• Đối với các dự án đầu tư bị chấm dứt hoạt động, thu hồi giấy phép hoặc không tiếp tục triển khai, số thuế GTGT đã hoàn trước đó có thể bị xem xét truy thu nếu không chứng minh được nguyên nhân khách quan hợp pháp theo quy định của pháp luật về thuế và đầu tư.

- Trách nhiệm kiểm tra của cơ quan thuế và nghĩa vụ của người nộp thuế

• Cơ quan thuế địa phương có trách nhiệm tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra hồ sơ hoàn thuế GTGT của dự án đầu tư nhằm đảm bảo việc hoàn thuế đúng đối tượng, đúng chế độ, ngăn chặn các hành vi gian lận hóa đơn và trục lợi tiền hoàn thuế từ ngân sách nhà nước.
• Người nộp thuế có nghĩa vụ cung cấp đầy đủ, trung thực và kịp thời các tài liệu, hóa đơn, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để chứng minh tính hợp pháp của các khoản chi phí đầu tư khi có yêu cầu từ cơ quan thuế.