Công văn 7514/TCHQ-TXNK do Tổng cục Hải quan ban hành năm 2013 là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm tháo gỡ các vướng mắc liên quan đến chính sách thuế nhập khẩu đối với hàng hóa tạo tài sản cố định của các dự án thuộc diện ưu đãi đầu tư. Văn bản này đóng vai trò định hướng cho các Cục Hải quan tỉnh, thành phố thực hiện thống nhất quy trình miễn thuế, kiểm tra và giám sát hải quan đối với các dự án ưu đãi đầu tư trên cả nước.

- Điều kiện và đối tượng áp dụng ưu đãi thuế nhập khẩu tạo tài sản cố định

Văn bản hướng dẫn chi tiết về các điều kiện bắt buộc để hàng hóa nhập khẩu của dự án đầu tư được hưởng quyền miễn thuế nhập khẩu:

• Dự án đầu tư phải thuộc lĩnh vực ưu đãi đầu tư hoặc địa bàn ưu đãi đầu tư theo quy định tại Danh mục lĩnh vực và địa bàn ưu đãi đầu tư do Chính phủ ban hành.
• Hàng hóa nhập khẩu phải nằm trong Danh mục hàng hóa tạo tài sản cố định của dự án, bao gồm máy móc, thiết bị, linh kiện, chi tiết, bộ phận rời đi kèm để lắp ráp đồng bộ hoặc sử dụng đồng bộ với máy móc, thiết bị; phương tiện vận tải chuyên dùng trong dây chuyền công nghệ và vật tư xây dựng trong nước chưa sản xuất được.
• Chủ đầu tư phải thực hiện đăng ký Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế với cơ quan hải quan trước khi đăng ký tờ khai hải quan hàng hóa nhập khẩu đầu tiên của dự án.

- Xử lý ưu đãi thuế trong trường hợp điều chỉnh hoặc chuyển nhượng dự án

Một trong những nội dung trọng tâm của Công văn 7514/TCHQ-TXNK là việc xử lý nghĩa vụ thuế khi dự án đầu tư có sự thay đổi về quy mô, mục tiêu hoặc chủ sở hữu:

• Trường hợp chuyển nhượng dự án: Nếu dự án ưu đãi đầu tư được chuyển nhượng cho chủ đầu tư mới và chủ đầu tư mới tiếp tục thực hiện dự án theo đúng mục tiêu, quy mô ban đầu thì chủ đầu tư mới được kế thừa các ưu đãi về thuế nhập khẩu đối với số hàng hóa tạo tài sản cố định đã nhập khẩu của dự án.
• Trường hợp thay đổi địa điểm thực hiện dự án: Nếu dự án di dời sang địa bàn khác có cùng mức độ ưu đãi đầu tư hoặc mức độ ưu đãi đầu tư cao hơn, các ưu đãi thuế đối với tài sản cố định đã nhập khẩu vẫn được giữ nguyên. Trường hợp di dời sang địa bàn không thuộc diện ưu đãi đầu tư, doanh nghiệp phải thực hiện kê khai và nộp đủ thuế nhập khẩu.
• Trường hợp thay đổi mục tiêu đầu tư: Nếu việc điều chỉnh mục tiêu dẫn đến dự án không còn thuộc đối tượng ưu đãi đầu tư, doanh nghiệp phải nộp đủ thuế nhập khẩu đối với số hàng hóa đã được miễn thuế trước đó theo thời giá và chính sách thuế tại thời điểm thay đổi mục đích sử dụng.

- Quy trình đăng ký danh mục hàng hóa miễn thuế và kiểm tra sau thông quan

Tổng cục Hải quan yêu cầu các đơn vị hải quan địa phương siết chặt công tác quản lý và hậu kiểm nhằm tránh việc lợi dụng chính sách ưu đãi để trục lợi:

• Cơ quan hải quan nơi tiếp nhận hồ sơ đăng ký danh mục miễn thuế có trách nhiệm kiểm tra tính hợp lệ của Giấy chứng nhận đầu tư, luận chứng kinh tế - kỹ thuật và các tài liệu liên quan để phê duyệt danh mục đúng đối tượng, đúng số lượng.
• Tăng cường công tác kiểm tra sau thông quan tại trụ sở người nộp thuế để xác định việc lắp đặt, sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế có đúng mục đích tạo tài sản cố định của dự án hay không.
• Xử lý nghiêm các trường hợp tự ý thanh lý, chuyển nhượng hàng hóa miễn thuế ra thị trường nội địa mà không khai báo với cơ quan hải quan hoặc sử dụng sai mục đích đã đăng ký.

- Trách nhiệm phối hợp giữa cơ quan Hải quan và các cơ quan liên quan

Để đảm bảo tính đồng bộ và minh bạch trong việc thực thi pháp luật, văn bản nhấn mạnh tầm quan trọng của việc phối hợp liên ngành:

• Cơ quan Hải quan chủ động phối hợp với Sở Kế hoạch và Đầu tư, Ban Quản lý các Khu công nghiệp - Khu chế xuất để xác minh tính chính xác của các quyết định điều chỉnh dự án, giấy chứng nhận đầu tư điều chỉnh.
• Phối hợp với cơ quan Thuế địa phương trong việc theo dõi, quản lý việc trích khấu hao tài sản cố định đối với những hàng hóa nhập khẩu đã được miễn thuế, đảm bảo doanh nghiệp thực hiện đúng chế độ kế toán và nghĩa vụ thuế nội địa.