Công văn 718/TCHQ-KTTT do Tổng cục Hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng liên quan đến thủ tục thực hiện ưu đãi đầu tư, đặc biệt là các quy định về miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa tạo tài sản cố định của dự án ưu đãi đầu tư. Dưới đây là tóm tắt chi tiết và chuyên sâu các nội dung cốt lõi của văn bản này nhằm giúp doanh nghiệp và cơ quan hải quan thực hiện thống nhất, đúng quy định pháp luật.

- Xác định đối tượng và điều kiện hưởng ưu đãi thuế nhập khẩu

• Dự án đầu tư phải thuộc ngành nghề, địa bàn ưu đãi đầu tư theo quy định của Luật Đầu tư và các văn bản hướng dẫn thi hành để được xem xét miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa tạo tài sản cố định.
• Cơ quan hải quan căn cứ vào Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, Quyết định chủ trương đầu tư hoặc các tài liệu pháp lý tương đương để kiểm tra, đối chiếu điều kiện hưởng ưu đãi của dự án.
• Hàng hóa nhập khẩu được miễn thuế phải đáp ứng các tiêu chuẩn về tài sản cố định và trực tiếp phục vụ cho hoạt động của dự án đầu tư được ưu đãi.

- Thủ tục thông báo Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế

• Trước khi tiến hành nhập khẩu lô hàng đầu tiên của dự án, chủ đầu tư có trách nhiệm thực hiện thủ tục thông báo Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế (Danh mục miễn thuế) với cơ quan hải quan.
• Địa điểm nộp hồ sơ thông báo: Cục Hải quan nơi thực hiện dự án đầu tư hoặc nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính (trong trường hợp địa bàn thực hiện dự án không có tổ chức hải quan quản lý).
• Hồ sơ thông báo bao gồm: Công văn đề nghị, Danh mục hàng hóa dự kiến nhập khẩu kèm theo phiếu theo dõi trừ lùi, bản giải trình chi tiết về tính hợp lý của hàng hóa cần nhập khẩu để tạo tài sản cố định, và các giấy tờ chứng minh quyền hưởng ưu đãi đầu tư.
• Cơ quan hải quan có trách nhiệm tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ và cập nhật thông tin vào Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan trong thời hạn quy định.

- Sửa đổi, bổ sung Danh mục hàng hóa miễn thuế đã thông báo

• Trong quá trình thực hiện dự án, nếu có sự thay đổi về quy mô, mục tiêu hoặc nhu cầu thay đổi chủng loại, số lượng hàng hóa nhập khẩu, doanh nghiệp được phép sửa đổi, bổ sơ Danh mục miễn thuế.
• Doanh nghiệp phải gửi hồ sơ sửa đổi, bổ sung trước thời điểm nhập khẩu hàng hóa của lần sửa đổi đó.
• Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra tính hợp lệ của việc điều chỉnh và cập nhật lại hệ thống quản lý để đảm bảo việc trừ lùi số lượng hàng hóa nhập khẩu được chính xác.

- Thủ tục hải quan khi nhập khẩu và chế độ báo cáo sử dụng hàng hóa miễn thuế

• Khi làm thủ tục nhập khẩu, người khai hải quan thực hiện khai báo trên tờ khai hải quan trị giá, mã số hàng hóa và lựa chọn đúng mã miễn thuế tương ứng với Danh mục miễn thuế đã được cơ quan hải quan tiếp nhận.
• Hệ thống điện tử của hải quan sẽ tự động thực hiện việc trừ lùi số lượng, trị giá hàng hóa tương ứng trong Danh mục miễn thuế đã đăng ký.
• Định kỳ hàng năm, trong thời hạn 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính, doanh nghiệp có nghĩa vụ nộp báo cáo tình hình sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế cho cơ quan hải quan nơi tiếp nhận Danh mục miễn thuế.
• Báo cáo phải thể hiện rõ trạng thái của hàng hóa (đang lắp đặt, đã đưa vào sử dụng, chuyển đổi mục đích sử dụng nếu có) để cơ quan hải quan thực hiện công tác hậu kiểm và quản lý thuế hiệu quả.

- Xử lý các trường hợp chuyển nhượng, thay đổi mục đích sử dụng hàng hóa miễn thuế

• Trường hợp doanh nghiệp chuyển nhượng hoặc thay đổi mục đích sử dụng đối với hàng hóa đã được miễn thuế nhập khẩu, doanh nghiệp phải kê khai tờ khai hải quan mới và nộp đủ các loại thuế theo quy định tại thời điểm thay đổi mục đích sử dụng.
• Mọi hành vi tự ý thanh lý, chuyển nhượng hàng hóa miễn thuế mà không khai báo với cơ quan hải quan sẽ bị xử lý vi phạm hành chính về thuế và hải quan theo quy định pháp luật hiện hành.