Trả lời văn thư ngày 10/08/2012 của Công ty về kê khai mẫu số 05/TNDN theo Thông tư số 28/2011/TT-BTC, Cục Thuế TP có ý kiến như sau:

- Căn cứ Thông tư số 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN):

+ Tại khoản 1, Phần D quy định: “ Doanh nghiệp nộp thuế tại nơi có trụ sở chính. Trường hợp doanh nghiệp có cơ sở sản xuất (bao gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp) hạch toán phụ thuộc hoạt động tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với địa bàn nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính thì số thuế được tính nộp ở nơi có trụ sở chính và ở nơi có cơ sở sản xuất...”.

+ Tại khoản 2.1, Phần D quy định xác định số thuế: “Số thuế thu nhập doanh nghiệp tính nộp ở tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc được xác định bằng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong kỳ nhân (x) tỷ lệ chi phí của cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc với tổng chi phí của doanh nghiệp.

Tỷ lệ chi phí được xác định bằng tỷ lệ chi phí giữa tổng chi phí của cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc với tổng chi phí của doanh nghiệp. Tỷ lệ chi phí được xác định như sau:

Số liệu để xác định tỷ lệ chi phí được căn cứ vào số liệu quyết toán thuế thu nhập của doanh nghiệp năm trước liền kề năm tính thuế do doanh nghiệp tự xác định để làm căn cứ xác định số thuế phải nộp và được sử dụng để kê khai, nộp thuế thu nhập doanh nghiệp cho các năm sau.

Trường hợp doanh nghiệp đang hoạt động có các cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc ở các địa phương, số liệu để xác định tỷ lệ chi phí của trụ sở chính và các cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc do doanh nghiệp tự xác định căn cứ theo số liệu quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2008 và tỷ lệ này được sử dụng ổn định từ năm 2009 trở đi.

Trường hợp doanh nghiệp mới thành lập, doanh nghiệp đang hoạt động có thành lập thêm hoặc thu hẹp các cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc ở các địa phương thì doanh nghiệp phải tự xác định tỷ lệ chi phí cho kỳ tính thuế đầu tiên đối với các trường hợp này. Từ kỳ tính thuế tiếp theo tỷ lệ chi phí được xác định theo nguyên tắc nêu trên”.

- Căn cứ khoản 7, Điều 11, Chương II Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế:

“Khai thuế thu nhập doanh nghiệp đối với trường hợp doanh nghiệp có cơ sở sản xuất (bao gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp) hạch toán phụ thuộc hoạt động tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với địa bàn nơi đơn vị đóng trụ sở chính thì khi nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp, doanh nghiệp tại nơi đóng trụ sở chính có trách nhiệm khai tập trung tại trụ sở chính cả phần phát sinh tại nơi đóng trụ sở chính và ở nơi có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc.

Số thuế thu nhập doanh nghiệp tính nộp ở tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc được xác định bằng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong kỳ nhân (x) tỷ lệ chi phí của cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc với tổng chi phí của doanh nghiệp.

Doanh nghiệp tại nơi đóng trụ sở chính có trách nhiệm khai thuế, nộp thuế thu nhập doanh nghiệp đối với số thuế thu nhập phát sinh tại trụ sở chính và tại cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc theo phụ lục số 05/TNDN ban hành kèm theo Thông tư này (bao gồm khai tạm tính theo quý và khai quyết toán theo năm) cho cơ quan thuế quản lý trụ sở chính đồng thời gửi 1 bản cho các cơ quan thuế quản lý các cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc

...

Doanh nghiệp khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp tại nơi đóng trụ sở chính, số thuế thu nhập doanh nghiệp còn phải nộp được xác định bằng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp theo quyết toán trừ đi số đã tạm nộp tại nơi đóng trụ sở chính và tạm nộp tại nơi có các cơ sở sản xuất phụ thuộc. Số thuế thu nhập doanh nghiệp còn phải nộp hoặc hoàn khi quyết toán cũng được phân bổ theo đúng tỷ lệ tại nơi đóng trụ sở chính và tại nơi có các cơ sở sản xuất phụ thuộc”.

Trường hợp Công ty theo trình bày trụ sở chính tại thành phố Hồ Chí Minh có dự án đầu tư tại tỉnh Tây Ninh và dự án này đang được miễn, giảm thuế TNDN. Khi kê khai thuế TNDN tạm tính hàng quý, Công ty có trách nhiệm khai thuế, nộp thuế TNDN đối với số thuế thu nhập phát sinh tại trụ sở chính và Chi nhánh tại tỉnh Tây Ninh theo phụ lục mẫu số 05/TNDN cho cơ quan thuế quản lý trụ sở chính đồng thời gửi 1 bản cho các cơ quan thuế quản lý Chi nhánh tại tỉnh Tây Ninh. Số thuế TNDN phải nộp của Chi nhánh tại tỉnh Tây Ninh được xác định bằng số thuế TNDN phải nộp trong quý nhân (x) tỷ lệ chi phí của cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc với tổng chi phí của toàn bộ Công ty. Tỷ lệ chi phí của Chi nhánh tại tỉnh Tây Ninh, Công ty tự xác định theo quy định tại khoản 2.1, Phần D Thông tư số 130/2008/TT-BTC của Bộ Tài chính nêu trên. Tỷ lệ chi phí này Công ty được sử dụng để kê khai, nộp thuế TNDN tạm tính hàng quý và quyết toán thuế cả năm cho Chi nhánh tại tỉnh Tây Ninh.

Khi quyết toán thuế TNDN năm, Công ty tự xác định số thuế TNDN được miễn, giảm trên Tờ khi quyết toán thuế TNDN năm (mẫu số 03/TNDN), đồng thời lập Phụ lục mẫu số 05/TNDN để phân bổ số thuế TNDN phải nộp cả năm tại trụ sở chính và Chi nhánh tại tỉnh Tây Ninh cho cơ quan thuế quản lý trụ sở chính đồng thời gửi 1 bản cho các cơ quan thuế quản lý Chi nhánh tại tỉnh Tây Ninh. Số thuế TNDN còn phải nộp được xác định bằng số thuế TNDN phải nộp theo quyết toán trừ đi số đã tạm nộp tại nơi đóng trụ sở chính và tạm nộp tại Chi nhánh. Số thuế TNDN còn phải nộp hoặc hoàn khi quyết toán cũng được phân bổ theo đúng tỷ lệ chi phí tại nơi đóng trụ sở chính và tại Chi nhánh mà Công ty đã kê khai tạm nộp hàng quý trong năm.

Cục Thuế thông báo Công ty biết để thực hiện theo đúng quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật đã được trích dẫn tại văn bản này.