Để xử lý các vưỡng mắc về thuế nhập khẩu thiết bị toàn bộ, thiết bị đồng bộ, đảm bảo đáp ứng các yêu cầu thực tiễn, hạn chế các vướng mắc phát sinh ảnh hưởng đến thông quan hàng hoá và thông báo trước cho doanh nghiệp thời điểm sẽ chuyển sang áp dụng phân loại tập hợp máy móc thiết bị đồng bộ, toàn bộ theo đúng nguyên tắc phân loại chung, ngày 12/10/2000, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 99/2000/TT/BTC hướng dẫn phân loại tập hợp các máy móc, thiết bị của thiết bị đồng bộ, thiết bị toàn bộ. Tại điểm 3.5 của Thông tư số 99/2000/TT/BTC có quy định: Thông tư này có hiệu lực thi hành đến hết ngày 31/12/2001, từ ngày 01/01/2002 việc phân loại hàng hoá nhập khẩu là tập hợp máy móc của thiết bị toàn bộ, thiết bị đồng bộ được thực hiện theo nguyên tắc phân loại của Danh mục hàng hoá xuất nhập khẩu của Hội đồng hợp tác Hải quan Thế giới.

Tuy nhiên, do Nghị định về phân loại hàng hoá theo Danh mục HS chưa được ban hành, Danh mục Biểu thuế hài hoà ASEAN (viết tắt là AHTN) chưa chính thức phải áp dụng từ 1/1/2002 như kế hoạch dự kiến, nên cho đến thời điểm hiện nay, Bộ Tài chính chưa ban hành Biểu thuế nhập khẩu mới theo AHTN và văn bản hướng dẫn về nguyên tắc phân loại hàng hoá theo Danh mục Biểu thuế xuất nhập khẩu thay thế cho nguyên tắc phân loại quy định tại Thông tư số 99/2000/TT/BTC ngày 12/10/2000.

Để không gây ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp, tạo thuận lợi cho việc tính, thu thuế nhập khẩu hàng hoá và tập hợp máy móc của thiết bị toàn bộ, thiết bị đồng bộ, trong thời gian chưa ban hành văn bản hướng dẫn về trách nhiệm phân loại hàng hoá thay thế Thông tư số 99/2000/TT/BTC ngày 12/10/2000; Bộ Tài chính đề nghị Tổng cục Hải quan hướng dẫn Cục Hải quan các tỉnh, thành phố tiếp tục thực hiện áp dụng nguyên tắc phân loại đối với tập hợp máy móc của thiết bị đồng bộ, thiết bị toàn bộ quy định tại Thông tư số 99/2000/TT/BTC ngày 12/10/2000 của Bộ Tài chính cho đến khi có hướng dẫn mới.