Công văn 487/TCT-CS năm 2015 do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm giải đáp các vướng mắc liên quan đến chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Nội dung công văn tập trung làm rõ các điều kiện, nguyên tắc áp dụng ưu đãi thuế đối với dự án đầu tư mới và dự án đầu tư mở rộng, giúp doanh nghiệp thực hiện đúng quy định pháp luật và tối ưu hóa nghĩa vụ thuế.

- Nguyên tắc áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

Tổng cục Thuế nhấn mạnh các nguyên tắc nền tảng mà doanh nghiệp cần tuân thủ nghiêm ngặt để được hưởng các chính sách ưu đãi về thuế suất cũng như miễn, giảm thuế TNDN:

• Doanh nghiệp phải thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật và thực hiện đăng ký thuế, nộp thuế theo phương pháp kê khai.
• Trong cùng một kỳ tính thuế, nếu doanh nghiệp có một khoản thu nhập đáp ứng nhiều mức ưu đãi thuế TNDN khác nhau thì được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất.
• Doanh nghiệp có nghĩa vụ hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế. Trường hợp không hạch toán riêng được, phần thu nhập hưởng ưu đãi được xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hoạt động ưu đãi trên tổng doanh thu, hoặc theo tỷ lệ chi phí được trừ của hoạt động ưu đãi trên tổng chi phí được trừ của doanh nghiệp trong kỳ tính thuế.

- Điều kiện và chính sách ưu đãi đối với dự án đầu tư mới

Văn bản hướng dẫn chi tiết cách xác định và áp dụng ưu đãi đối với các dự án đầu tư mới nhằm thu hút nguồn vốn phát triển kinh tế:

• Dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế phải là dự án thực hiện lần đầu hoặc dự án hoạt động độc lập với dự án đầu tư đang hoạt động của doanh nghiệp.
• Dự án phải được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận đầu tư hoặc thực hiện đăng ký đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.
• Ưu đãi thuế TNDN (bao gồm thuế suất ưu đãi và thời gian miễn, giảm thuế) được áp dụng dựa trên các tiêu chí về địa bàn ưu đãi (địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn, khu kinh tế, khu công nghệ cao) hoặc lĩnh vực ưu đãi (công nghệ cao, bảo vệ môi trường, phát triển cơ sở hạ tầng, nông nghiệp công nghệ cao).

- Quy định ưu đãi thuế đối với dự án đầu tư mở rộng

Đối với các doanh nghiệp đang hoạt động có thực hiện đầu tư phát triển, công văn đưa ra các hướng dẫn cụ thể để xác định ưu đãi cho dự án đầu tư mở rộng:

• Doanh nghiệp đang hoạt động có dự án đầu tư phát triển dự án đang hoạt động thuộc lĩnh vực hoặc địa bàn ưu đãi thuế TNDN giúp tăng năng lực sản xuất, tăng công suất hoặc đổi mới công nghệ sản xuất sẽ được hưởng ưu đãi nếu đáp ứng một trong các tiêu chí về quy mô vốn đầu tư hoặc công suất tăng thêm theo quy định.
• Khi đáp ứng đủ điều kiện, doanh nghiệp được lựa chọn hưởng ưu đãi thuế TNDN cho phần thu nhập tăng thêm theo một trong hai phương án: Áp dụng ưu đãi theo dự án đang hoạt động cho thời gian còn lại (nếu có), hoặc được áp dụng thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với phần thu nhập tăng thêm do đầu tư mở rộng mang lại (thời gian miễn, giảm thuế này bằng với thời gian miễn, giảm thuế áp dụng cho dự án đầu tư mới trên cùng địa bàn, lĩnh vực ưu đãi).

- Các lưu ý quan trọng khi quyết toán và thanh tra thuế

Để tránh các rủi ro pháp lý và bị truy thu thuế khi cơ quan chức năng tiến hành thanh tra, kiểm tra, doanh nghiệp cần lưu ý:

• Việc xác định ưu đãi thuế TNDN phải căn cứ vào thực tế doanh nghiệp đáp ứng các điều kiện ưu đãi trong từng kỳ tính thuế cụ thể, không chỉ phụ thuộc vào các thông tin ghi trên Giấy chứng nhận đầu tư.
• Các khoản thu nhập khác không liên quan trực tiếp đến hoạt động sản xuất kinh doanh được hưởng ưu đãi (như thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng bất động sản, thu nhập từ thanh lý tài sản không thuộc dự án ưu đãi) bắt buộc phải kê khai và nộp thuế TNDN theo mức thuế suất phổ thông, không được áp dụng ưu đãi.
• Trường hợp doanh nghiệp có sự thay đổi về điều kiện hưởng ưu đãi trong quá trình hoạt động, doanh nghiệp phải tự xác định lại mức ưu đãi hoặc ngừng áp dụng ưu đãi cho phù hợp với thực tế phát sinh.