Công văn 4585/TCT-KK do Tổng cục Thuế ban hành năm 2020 là văn bản hướng dẫn quan trọng giải quyết các vướng mắc liên quan đến thủ tục, thẩm quyền và quy trình hoàn trả tiền sử dụng đất, tiền thuê đất cho người nộp thuế. Nội dung công văn tập trung làm rõ sự phối hợp giữa cơ quan thuế và các cơ quan ban ngành địa phương nhằm đảm bảo quyền lợi hợp pháp cho người dân và doanh nghiệp khi có sự thay đổi về nghĩa vụ tài chính đất đai.

- Nguyên tắc xác định khoản tiền sử dụng đất được hoàn trả

• Việc hoàn trả tiền sử dụng đất hoặc tiền thuê đất đã nộp chỉ được thực hiện khi có quyết định chính thức từ cơ quan nhà nước có thẩm quyền về việc giao đất, cho thuê đất, cho phép chuyển mục đích sử dụng đất, hoặc quyết định thu hồi đất, điều chỉnh quy hoạch chi tiết.
• Khi người nộp thuế đã hoàn thành nghĩa vụ tài chính nhưng sau đó quy hoạch chi tiết thay đổi làm giảm diện tích đất tính tiền sử dụng đất hoặc giảm giá trị nghĩa vụ phải nộp, phần chênh lệch nộp thừa sẽ được ghi nhận là khoản nộp thừa vào ngân sách nhà nước.
• Khoản tiền nộp thừa này được xử lý căn cứ theo các quy định pháp luật về quản lý thuế hiện hành đối với việc xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt nộp thừa.

- Quy trình phối hợp liên ngành trong việc xác định số tiền hoàn trả

• Cơ quan thuế không tự ý quyết định số tiền đất được hoàn trả mà phải dựa trên hồ sơ địa chính và văn bản xác định từ cơ quan tài nguyên và môi trường hoặc cơ quan tài chính địa phương.
• Sở Tài nguyên và Môi trường (hoặc Phòng Tài nguyên và Môi trường cấp huyện) có trách nhiệm chủ trì tham mưu cho Ủy ban nhân dân cùng cấp ban hành các quyết định về đất đai, đồng thời xác định rõ các thông tin địa chính làm cơ sở tính lại nghĩa vụ tài chính.
• Sở Tài chính có vai trò chủ trì phối hợp xác định các khoản chi phí được trừ vào tiền sử dụng đất, tiền thuê đất phải nộp (như chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng do chủ đầu tư tự nguyện ứng trước) trước khi cơ quan thuế thực hiện thủ tục hoàn trả hoặc bù trừ nghĩa vụ.

- Hồ sơ và thủ tục đề nghị hoàn trả tiền sử dụng đất nộp thừa

• Người nộp thuế cần chuẩn bị và nộp hồ sơ đề nghị xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
• Hồ sơ bắt buộc phải kèm theo các văn bản pháp lý chứng minh như: Quyết định thu hồi đất, quyết định phê duyệt điều chỉnh quy hoạch của Ủy ban nhân dân có thẩm quyền, chứng từ nộp tiền vào ngân sách nhà nước và văn bản xác định nghĩa vụ tài chính của cơ quan chức năng.
• Cơ quan thuế có trách nhiệm tiếp nhận, kiểm tra tính hợp lệ của hồ sơ, đối chiếu số liệu trên hệ thống thông tin quản lý thuế và ban hành quyết định giải quyết trong thời hạn luật định kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ.

- Phương thức xử lý và chi hoàn trả tiền sử dụng đất

• Ưu tiên thực hiện bù trừ tự động số tiền được hoàn trả với các khoản nợ thuế, nợ tiền sử dụng đất, tiền thuê đất hoặc các khoản thu nội địa khác mà người nộp thuế còn nợ ngân sách nhà nước.
• Trường hợp người nộp thuế không còn bất kỳ khoản nợ ngân sách nào, cơ quan thuế sẽ ban hành Quyết định hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước gửi Kho bạc Nhà nước để thực hiện chi hoàn trả trực tiếp vào tài khoản ngân hàng của người nộp thuế.