Công văn 4298/TCT/CS do Tổng cục Thuế ban hành hướng dẫn về thủ tục thực hiện ưu đãi đầu tư, tập trung vào việc làm rõ quy trình, hồ sơ và trách nhiệm của doanh nghiệp cũng như cơ quan thuế trong việc áp dụng các chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với các dự án đầu tư.

Phạm vi và đối tượng áp dụng

Văn bản áp dụng đối với các doanh nghiệp, tổ chức kinh tế có dự án đầu tư mới hoặc dự án đầu tư mở rộng thuộc diện được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của pháp luật. Đồng thời, văn bản hướng dẫn cơ quan thuế các cấp thống nhất quy trình quản lý, kiểm tra việc thực hiện ưu đãi thuế của người nộp thuế.

Nguyên tắc tự xác định và tự chịu trách nhiệm về ưu đãi thuế

• Doanh nghiệp có dự án đầu tư đáp ứng các điều kiện ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (về địa bàn ưu đãi, lĩnh vực ưu đãi, quy mô dự án hoặc sử dụng lao động) có quyền tự xác định các mức ưu đãi được hưởng.
• Mức ưu đãi bao gồm thuế suất ưu đãi, thời hạn miễn thuế, giảm thuế và các khoản giảm trừ khác theo đúng quy định pháp luật tại thời điểm phát sinh.
• Doanh nghiệp tự kê khai, tự tính toán số thuế được ưu đãi vào tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp hàng năm và tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của thông tin đã kê khai.

Thủ tục và hồ sơ thực hiện ưu đãi đầu tư

• Doanh nghiệp không phải nộp hồ sơ đề nghị cơ quan thuế chấp thuận hoặc ra quyết định cho hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp.
• Khi thực hiện quyết toán thuế, doanh nghiệp có trách nhiệm hoàn thiện và lưu trữ đầy đủ các hồ sơ, tài liệu chứng minh dự án đáp ứng đủ điều kiện hưởng ưu đãi đầu tư tại trụ sở của mình.
• Các tài liệu chứng minh bao gồm: Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, tài liệu chứng minh về địa bàn thực hiện dự án, danh mục lĩnh vực đầu tư ưu đãi, chứng từ chứng minh vốn đầu tư thực tế, và các tài liệu liên quan khác tùy thuộc vào điều kiện ưu đãi cụ thể của từng dự án.

Công tác thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế

• Cơ quan thuế quản lý trực tiếp thực hiện công tác kiểm tra, thanh tra việc áp dụng ưu đãi thuế của doanh nghiệp theo nguyên tắc quản lý rủi ro và hậu kiểm.
• Trong quá trình thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, nếu phát hiện doanh nghiệp kê khai ưu đãi không đúng đối tượng, không đủ điều kiện hoặc không chính xác, cơ quan thuế sẽ thực hiện truy thu số thuế và xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo quy định hiện hành.
• Trường hợp doanh nghiệp có sự thay đổi về điều kiện hưởng ưu đãi trong quá trình hoạt động, doanh nghiệp phải chủ động điều chỉnh việc kê khai thuế cho phù hợp với thực tế đáp ứng điều kiện tại thời điểm đó.

Hiệu lực thi hành

Công văn 4298/TCT/CS có hiệu lực hướng dẫn thực hiện kể từ ngày ban hành. Các hướng dẫn tại công văn này là cơ sở pháp lý quan trọng để các Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương thống nhất thực hiện, đảm bảo quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp đầu tư và tính nghiêm minh của pháp luật thuế.