Công văn 3979/TCHQ-TXNK do Tổng cục Hải quan ban hành nhằm giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình đăng ký Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế của các doanh nghiệp. Đây là văn bản chỉ đạo nghiệp vụ quan trọng giúp thống nhất thực hiện quy trình thủ tục hải quan, tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động đầu tư và xuất nhập khẩu của doanh nghiệp trên toàn quốc.

- Địa điểm và thẩm quyền tiếp nhận đăng ký Danh mục hàng hóa miễn thuế

Văn bản làm rõ quy định về nơi người nộp thuế thực hiện đăng ký Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế đối với các dự án ưu đãi đầu tư:

• Người nộp thuế thực hiện đăng ký Danh mục hàng hóa miễn thuế tại Cục Hải quan nơi thực hiện dự án đầu tư hoặc nơi đóng trụ sở chính của doanh nghiệp đối với các dự án không cố định địa điểm.
• Trường hợp Cục Hải quan nơi thực hiện dự án không có Chi cục Hải quan quản lý trực tiếp, Cục trưởng Cục Hải quan sẽ chỉ định một Chi cục Hải quan thuận tiện nhất để tiếp nhận, xử lý hồ sơ và cấp Danh mục cho doanh nghiệp.

- Phương thức xử lý khi hệ thống xử lý dữ liệu điện tử gặp sự cố

Để đảm bảo hoạt động xuất nhập khẩu của doanh nghiệp không bị gián đoạn, Tổng cục Hải quan hướng dẫn cụ thể phương án dự phòng khi hệ thống VNACCS/VCIS hoặc Cổng thông tin một cửa quốc gia gặp sự cố kỹ thuật không thể tiếp nhận hồ sơ trực tuyến:

• Doanh nghiệp được phép thực hiện đăng ký Danh mục hàng hóa miễn thuế bằng bản giấy trực tiếp tại cơ quan hải quan có thẩm quyền.
• Cơ quan hải quan tiếp nhận hồ sơ giấy có trách nhiệm kiểm tra, đối chiếu thủ công và cập nhật thông tin vào hệ thống ngay sau khi sự cố kỹ thuật được khắc phục hoàn toàn.
• Việc thực hiện trừ lùi số lượng hàng hóa miễn thuế nhập khẩu trong trường hợp này cũng được thực hiện thủ công trên Phiếu theo dõi trừ lùi giấy do cơ quan hải quan cấp cho doanh nghiệp.

- Thủ tục sửa đổi, bổ sung hoặc điều chỉnh Danh mục hàng hóa miễn thuế

Trong quá trình triển khai dự án, nếu có sự thay đổi về quy mô, thiết kế công nghệ hoặc nhu cầu sử dụng máy móc thiết bị, doanh nghiệp được quyền điều chỉnh danh mục đã đăng ký theo quy định:

• Doanh nghiệp phải nộp hồ sơ đề nghị sửa đổi, bổ sung trước thời điểm nhập khẩu lô hàng đầu tiên của danh mục điều chỉnh hoặc trước khi hàng hóa được thông quan, giải phóng hàng.
• Hồ sơ điều chỉnh bao gồm văn bản giải trình rõ lý do điều chỉnh, danh mục các mặt hàng cần sửa đổi, bổ sung và các tài liệu kỹ thuật liên quan chứng minh sự cần thiết của việc thay đổi này.
• Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra tính hợp lệ của hồ sơ điều chỉnh tương tự như quy trình đăng ký danh mục lần đầu và cập nhật thông tin mới lên hệ thống điện tử để phục vụ công tác quản lý.

- Trách nhiệm phối hợp và kiểm tra sau thông quan

Tổng cục Hải quan nhấn mạnh việc tăng cường phối hợp giữa các đơn vị hải quan địa phương để quản lý chặt chẽ nguồn hàng miễn thuế, tránh thất thu ngân sách nhà nước:

• Cục Hải quan nơi đăng ký Danh mục hàng hóa miễn thuế có trách nhiệm chia sẻ thông tin, phối hợp chặt chẽ với Cục Hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu thực tế để kiểm soát việc trừ lùi và mục đích sử dụng hàng hóa của doanh nghiệp.
• Tăng cường công tác kiểm tra sau thông quan đối với các dự án sử dụng hàng hóa miễn thuế nhằm phát hiện, ngăn chặn và xử lý kịp thời các hành vi chuyển nhượng, sử dụng sai mục đích hoặc gian lận chính sách ưu đãi thuế.