Kính gửi: Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương

Tổng cục Thuế nhận được phản ánh của một số Cục Thuế về việc xử lý hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng trên hệ thống TMS. Về việc này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Căn cứ hướng dẫn tại Điều 5, Điều 15, Điều 16 Thông tư số 99/2016/TT-BTC ngày 29/6/2016 hướng dẫn hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng.

- Căn cứ hướng dẫn tại Điều 1 Thông tư số 31/2017/TT-BTC sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 99/2016/TT-BTC của Bộ Tài Chính hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng.

Căn cứ vào các hướng dẫn nêu trên, Tổng cục Thuế hướng dẫn như sau:

1. Về việc phân quyền chức năng Phê duyệt thẩm định/Hủy phê duyệt thẩm định”, “Phê duyệt Quyết định hoàn/Hủy phê duyệt quyết định hoàn”:

Quy trình hoàn thuế ban hành kèm theo Quyết định số 905/QĐ-TCT ngày 01/7/2011 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế và công văn số 3228/TCT-KK ngày 12/8/2014 của Tổng cục Thuế về việc sửa đổi, bổ sung một số điểm tại Quy trình hoàn thuế 905 đã quy định rõ nhiệm vụ và trách nhiệm của từng bộ phận trong cơ quan Thuế. Lãnh đạo, cán bộ được phân quyền sử dụng các chức năng “Phê duyệt thẩm định/Hủy phê duyệt thẩm định”, “Phê duyệt Quyết định hoàn/Hủy phê duyệt quyết định hoàn” để kiểm soát hồ sơ hoàn thuế chặt chẽ, đầy đủ, chính xác theo đúng chức năng, nhiệm vụ được giao.

2. Xử lý đối với trường hợp một hồ sơ đề nghị hoàn có nhiều Quyết định hoàn:

Trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế, cơ quan Thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn một phần và một phần chưa đủ điều kiện hoàn cần thanh tra, kiểm tra hoặc chờ kết quả xác minh làm rõ thì:

- Cơ quan Thuế thực hiện giải quyết hoàn ngay đối với số thuế đã đủ điều kiện hoàn và cập nhật đầy đủ vào ứng dụng TMS theo quy định, số thuế chưa đủ điều kiện hoàn cần thanh tra, kiểm tra hoặc chờ kết quả xác minh, hướng dẫn về chính sách sẽ được lưu tại Cột “Số hoàn cần xem xét” tại chức năng 6.2 - Nhập hồ sơ đề nghị/ đề xuất hoàn thuế trên ứng dụng TMS.

- Đối với số thuế còn lại, sau khi có kết quả thanh tra, kiểm tra hoặc kết quả xác minh nếu đủ điều kiện hoàn thì cơ quan Thuế không yêu cầu người nộp thuế gửi lại hồ sơ đề nghị hoàn mà tự tạo hồ sơ đề nghị hoàn, cập nhật thông tin số hồ sơ gốc của người nộp thuế trên phân hệ QHS, hệ thống hỗ trợ hiển thị thông tin đề nghị hoàn của hồ sơ gốc với số tiền đề nghị hoàn là số tiền đã lưu tại Cột “Số hoàn cần xem xét”. Cơ quan thuế tiếp tục thực hiện xử lý hoàn thuế vào ứng dụng TMS theo quy định.

3. Trường hợp một Quyết định hoàn thuế nhưng chi hoàn cho người nộp thuế theo nhiều Lệnh hoàn thuế:

Cục Thuế thực hiện lập và cập nhật vào hệ thống TMS từng Lệnh hoàn để theo dõi việc chi hoàn thuế cho người nộp thuế theo quy định, số tiền còn lại chưa chi sẽ được thể hiện tại cột “Số tiền thực hoàn còn lại” tại tab “Thông tin lệnh hoàn” của chức năng 6.2 - Nhập hồ sơ đề nghị/ để xuất hoàn thuế trên ứng dụng TMS. Tổng số tiền trên các Lệnh hoàn phải đảm bảo không lớn hơn số tiền trên Quyết định hoàn.

Trong quá trình thực hiện có vướng mắc, Cục Thuế liên hệ Tổng cục Thuế (Vụ Kê khai và Kế toán thuế, Cục Công nghệ thông tin) để được hỗ trợ, giải quyết.

Tổng cục Thuế thông báo để các Cục Thuế biết và tổ chức thực hiện./.