Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Bình Phước.

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 2230/CTBPH-TTKT1 ngày 09/7/2024 của Cục Thuế tỉnh Bình Phước về thuế GTGT. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ khoản 1 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 ngày 19/4/2016 sửa đổi, bổ sung khoản 1, 9 và 23 Điều 5 Luật thuế GTGT 13/2008/QH12 (đã được sửa đổi, bổ sung một số điều tại Luật số 31/2012/QH13) quy định đối tượng không chịu thuế;

Căn cứ khoản 1 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 1/7/2016 sửa đổi, bổ sung khoản 1 Điều 3 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ (đã được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/02/2015) quy định về đối tượng không chịu thuế;

Căn cứ khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 ngày 19/4/2016 sửa đổi, bổ sung khoản 1 và khoản 2 Điều 13 Luật thuế GTGT 13/2008/QH12 (đã được sửa đổi, bổ sung một số điều tại Luật số 31/2012/QH13) quy định về hoàn thuế đối với dự án đầu tư;

Căn cứ khoản 3 Điều 1 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29/7/2022 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung khoản 2 Điều 10 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP (đã được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 100/2016/NĐ-CP) quy định về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư;

Căn cứ Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào;

Căn cứ khoản 3 Điều 1 Thông tư số 13/2023/TT-BTC ngày 28/02/2023 của Bộ Tài chính hướng dẫn Nghị định 49/2022/NĐ-CP ngày 29/7/2022 của Chính phủ và sửa đổi, bổ sung Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ Tài chính hướng dẫn về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư;

Căn cứ điểm a khoản 2 Điều 28 Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi, bổ sung tại Điều 2 Thông tư số 13/2023/TT-BTC ngày 28/02/2023 của Bộ Tài chính) hướng dẫn về hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư;

Căn cứ khoản 2 Điều 6 nghị định số 57/2018/NĐ-CP ngày 17/4/2018 của Chính phủ về cơ chế, chính sách khuyến khích doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn quy định về miễn, giảm tiền thuê đất, thuê mặt nước của Nhà nước;

Căn cứ khoản 7 Điều 18 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ (đã được sửa đổi tại khoản 6 Điều 3 Nghị định số 123/2017/NĐ-CP ngày 14/11/2017 của Chính phủ) quy định nguyên tắc thực hiện miễn, giảm tiền thuê đất, thuê mặt nước;

Căn cứ Điều 41 Luật Đầu tư số 61/2020/QH14 ngày 17/6/2020 quy định điều chỉnh dự án đầu tư;

Căn cứ Điều 43 Nghị định số 31/2021/NĐ-CP ngày 26/3/2021 của Chính phủ quy định nội dung, thủ tục điều chỉnh dự án đầu tư.

Căn cứ các quy định trên:

1. Về hoàn thuế GTGT

Về khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư trang trại để cho thuê, Tổng cục Thuế đã có công văn số 2221/TCT-CS ngày 24/5/2016 trả lời Cục Thuế tỉnh Phú Yên, công văn số 2932/TCT-CS ngày 03/07/2017 trả lời Cục Thuế tỉnh Bình Phước (bản photo công văn kèm theo).

Theo tài liệu kèm theo công văn của Cục Thuế thì tại các Quyết định điều chỉnh chủ trương đầu tư lần thứ 1, 2, 3 (lần mới nhất) của UBND tỉnh Bình Phước thì dự án đầu tư của Công ty TNHH MTV MC Mai Nguyên Phát thực hiện với mục tiêu “Xây dựng trang trại chăn nuôi heo thịt theo hướng công nghiệp”. Theo đó, dự án đầu tư của Công ty để sản xuất, kinh doanh hàng hóa không chịu thuế GTGT thì không được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư theo quy định tại Luật Thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn thực hiện.

Tuy nhiên, theo trình bày tại công văn của Cục Thuế thì Công ty không thực hiện đúng theo chủ trương đầu tư được duyệt là chăn nuôi trực tiếp mà cho thuê lại (hợp đồng cho thuê ký ngày 01/4/2023 với Công ty cổ phần Chăn nuôi C.P. Việt Nam - Chi nhánh tại Bình Phước). Đề nghị Cục Thuế tỉnh Bình Phước tiếp tục phối hợp với cơ quan có thẩm quyền quản lý về đầu tư, đất đai tại địa phương (Sở Kế hoạch và Đầu tư, Sở Tài nguyên và môi trường tỉnh Bình Phước) để xác định trường hợp doanh nghiệp có dự án đầu tư trại chăn nuôi heo, với mục tiêu của dự án ghi trên Quyết định chủ trương đầu tư là xây dựng trang trại chăn nuôi heo thịt theo hướng công nghiệp, nhưng không trực tiếp chăn nuôi mà ký hợp đồng cho đơn vị khác thuê để chăn nuôi thì có cần phải thực hiện thủ tục điều chỉnh Quyết định chủ trương đầu tư, chuyển đổi mục đích sử dụng đất theo quy định pháp luật đầu tư, pháp luật về đất đai hay không. Trường hợp cần thiết, nếu còn vướng mắc thì Cục Thuế có Văn bản báo cáo Ủy ban nhân dân tỉnh cho ý kiến. Trên cơ sở đó, Cục Thuế căn cứ các quy định, hướng dẫn nêu trên, nghiên cứu tham khảo các công văn hướng dẫn của Tổng cục Thuế và tình hình thực tế để xử lý theo quy định.

2. Về miễn (giảm) tiền thuê đất

Căn cứ các quy định trên, về nguyên tắc trường hợp các cơ quan nhà nước có thẩm quyền phát hiện người sử dụng đất đã được miễn, giảm tiền thuê đất, thuê mặt nước nhưng không đáp ứng các điều kiện để được miễn, giảm tiền thuê đất có nguyên nhân từ phía người sử dụng đất hoặc sử dụng đất không đúng mục đích đã được ghi tại quyết định cho thuê đất, hợp đồng thuê đất nhưng không thuộc trường hợp bị thu hồi đất theo quy định của pháp luật về đất đai hoặc bị thu hồi đất theo quy định tại điểm i khoản 1 Điều 64 Luật đất đai thì phải thực hiện hoàn trả ngân sách nhà nước số tiền thuê đất đã được miễn, giảm, tính tiền chậm nộp trên số tiền thuê đất đã được miễn, giảm theo quy định, đồng thời rà soát các điều kiện của doanh nghiệp để xác định lại ưu đãi miễn, giảm tiền thuê đất (nếu có) cho phù hợp với quy định của pháp luật.

Đề nghị Cục Thuế tỉnh Bình Phước phối hợp với cơ quan có thẩm quyền quản lý về đầu tư, đất đai tại địa phương (Sở Kế hoạch và Đầu tư, Sở Tài nguyên và môi trường tỉnh Bình Phước) và hồ sơ thực tế của doanh nghiệp để xử lý theo quy định.

Tổng cục Thuế có ý kiến để Cục Thuế tỉnh Bình Phước được biết./.