Công văn 3652/TCHQ-TXNK do Tổng cục Hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm tháo gỡ các vướng mắc, thống nhất quy trình thực hiện đăng ký Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế. Văn bản này tập trung vào việc chuẩn hóa quy trình nghiệp vụ, tăng cường ứng dụng công nghệ thông tin và nâng cao trách nhiệm của cơ quan hải quan địa phương trong việc hỗ trợ doanh nghiệp thực hiện thủ tục miễn thuế nhanh chóng, đúng quy định pháp luật.

- Quy trình đăng ký Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế

Công văn hướng dẫn chi tiết về trình tự, thủ tục và các bước thực hiện khi doanh nghiệp tiến hành đăng ký Danh mục miễn thuế trực tuyến hoặc bằng văn bản giấy trong các trường hợp đặc biệt:

• Thực hiện qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử: Người nộp thuế có trách nhiệm khai báo đầy đủ, chính xác các thông tin trên Danh mục miễn thuế thông qua Hệ thống VNACCS/VCIS trước khi đăng ký tờ khai hải quan đầu tiên của lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu.
• Trường hợp hệ thống gặp sự cố: Hướng dẫn cụ thể phương án dự phòng khi hệ thống thông tin của cơ quan hải quan hoặc của doanh nghiệp gặp sự cố kỹ thuật không thể truyền nhận dữ liệu. Trong trường hợp này, doanh nghiệp được phép nộp hồ sơ giấy trực tiếp tại chi cục hải quan nơi quản lý dự án.
• Hồ sơ đăng ký: Quy định rõ các chứng từ, tài liệu đi kèm mà doanh nghiệp phải xuất trình để chứng minh đối tượng được miễn thuế theo quy định của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và các văn bản hướng dẫn thi hành.

- Trách nhiệm kiểm tra và tiếp nhận của cơ quan hải quan địa phương

Để đảm bảo tính nghiêm minh của pháp luật và tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp, Tổng cục Hải quan yêu cầu Cục Hải quan các tỉnh, thành phố thực hiện nghiêm túc các nội dung sau:

• Kiểm tra tính đầy đủ và hợp lệ của hồ sơ: Công chức hải quan tiếp nhận hồ sơ phải đối chiếu thông tin khai báo với các quy định pháp luật hiện hành về đối tượng miễn thuế, dự án ưu đãi đầu tư, và các tiêu chuẩn kỹ thuật liên quan.
• Thời hạn giải quyết: Nghiêm túc tuân thủ thời hạn xử lý hồ sơ đăng ký Danh mục miễn thuế theo đúng quy định, không được tự ý kéo dài thời gian hoặc yêu cầu thêm các chứng từ ngoài quy định pháp luật.
• Phối hợp liên ngành: Tăng cường trao đổi thông tin giữa các chi cục hải quan và các cơ quan quản lý nhà nước có liên quan để xác minh tính chính xác của dự án đầu tư và danh mục hàng hóa đề nghị miễn thuế.

- Công tác kiểm tra sau thông quan và quyết toán hàng hóa miễn thuế

Bên cạnh việc tạo thuận lợi ở khâu đăng ký, công văn cũng nhấn mạnh tầm quan trọng của công tác giám sát, quản lý sau thông quan đối với hàng hóa đã được miễn thuế:

• Báo cáo sử dụng hàng hóa miễn thuế: Định kỳ hàng năm, doanh nghiệp có trách nhiệm báo cáo tình hình sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế cho cơ quan hải quan nơi đăng ký Danh mục miễn thuế.
• Kiểm tra mục đích sử dụng: Cơ quan hải quan tiến hành thanh tra, kiểm tra đột xuất hoặc định kỳ để đảm bảo hàng hóa miễn thuế được sử dụng đúng mục đích, đúng dự án đã đăng ký, ngăn chặn hành vi tẩu tán hoặc chuyển nhượng trái phép hàng hóa miễn thuế ra thị trường nội địa.
• Xử lý vi phạm: Các trường hợp sử dụng sai mục đích, không khai báo hoặc chậm trễ trong việc báo cáo quyết toán sẽ bị xử lý nghiêm theo quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan và truy thu thuế theo luật định.