Tổng cục Thuế nhận được công văn số 256/2013/PĐ-TC ngày 3/9/2013 của Công ty CP phát triển bất động sản Phát Đạt, công văn số 1828/CT-KTT1 ngày 12/7/2013 và công văn số 2733/CT-KTrT1 ngày 23/10/2012 của Cục thuế tỉnh Quảng Ngãi; công văn số 04/2013/MH.CV ngày 29/3/2013 và công văn số 01/2013/MH.CV ngày 24/01/2013 của Chi nhánh Quảng Ngãi Công ty cổ phần kinh doanh bất động sản Minh Hoàng đề nghị hướng dẫn vướng mắc về việc khấu trừ thuế GTGT. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại điểm 1.2.c. 1.3 mục III, Phần B; điểm 1 Phần C Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn việc xác định thuế GTGT đầu vào được khấu trừ, điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào và việc hoàn thuế GTGT như sau:

- Điểm 1.2.c1 mục III, Phần B:

“c) Xác định thuế GTGT đầu vào được khấu trừ:

c.1. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ.”

- Điểm 1.3 mục III, Phần B:

“a) Có hóa đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.

b) Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT...”

- Điểm 1 Phần C:

“1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế GTGT nếu trong 3 tháng liên tục trở lên có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết.

Số thuế được hoàn là số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết của thời gian xin hoàn thuế.”

Theo trình bày của Cục thuế tỉnh Quảng Ngãi, Chi nhánh Quảng Ngãi Công ty cổ phần kinh doanh bất động sản Minh Hoàng (Chi nhánh Quảng Ngãi Công ty Minh Hoàng) và Công ty Cổ phần phát triển bất động sản Phát Đạt (Công ty Phát Đạt) thì:

Công ty Phát Đạt được UBND tỉnh Quảng Ngãi giao thực hiện dự án: Khu dân cư Phan Đình Phùng - thành phố Quảng Ngãi, hình thức giao đất: Trúng đấu giá Quyền sử dụng đất theo quyết định số 4313/QĐ-UBND ngày 22/9/2010 của UBND tỉnh Quảng Ngãi. Công ty Phát Đạt đầu tư cơ sở hạ tầng trên đất sau đó ký hợp đồng chuyển nhượng Quyền sử dụng đất số 101105/HĐ/PĐ-MH ngày 5/11/2010 với Công ty cổ phần kinh doanh bất động sản Minh Hoàng (Công ty Minh Hoàng). Hóa đơn GTGT Công ty Phát Đạt xuất giao cho Chi nhánh Quảng Ngãi Công ty Minh Hoàng - là đơn vị hoạt động theo ủy quyền của Công ty Minh Hoàng tại thành phố Hồ Chí Minh. Trong hợp đồng chuyển nhượng giữa Công ty Phát Đạt và Công ty Minh Hoàng đã ghi rõ điều kiện về thanh toán là Công ty Minh Hoàng tại thành phố Hồ Chí Minh thanh toán qua ngân hàng cho Công ty Phát Đạt và thực tế đã thanh toán qua ngân hàng, đồng thời Công ty Phát Đạt xuất hóa đơn GTGT giao cho Chi nhánh Quảng Ngãi Công ty Minh Hoàng.

Thực hiện hợp đồng chuyển nhượng, ngày 25/11/2010 Công ty Minh Hoàng đã có văn bản số 02/2010/MH-CV yêu cầu Công ty Phát Đạt xuất 03 số hóa đơn GTGT (hóa đơn số: 0171234 ký hiệu SH/2010N ngày 31/12/2010; số 0171235, ký hiệu SH/2010N ngày 31/12/2010 và số 0000413 ký hiệu AA/11P ngày 23/6/2011) cho Chi nhánh Quảng Ngãi Công ty Minh Hoàng. Chi nhánh Quảng Ngãi Công ty Minh Hoàng đã thực hiện ký hợp đồng góp vốn để nhận nền đất, nhà ở trong tương lai, nhận tiền góp vốn của khách hàng theo tiến độ góp vốn ghi trong hợp đồng và xuất hóa đơn, kê khai nộp thuế GTGT đầu ra theo tiến độ thu được tiền tại Cục thuế tỉnh Quảng Ngãi.

Căn cứ quy định trên và theo trình bày của các đơn vị thì Chi nhánh Quảng Ngãi Công ty Minh Hoàng có phát sinh doanh thu chịu thuế GTGT tại tỉnh Quảng Ngãi theo đó chính sách thuế GTGT được thực hiện theo điểm 1.2.c, 1.3 mục III, Phần B; điểm 1 Phần C Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính nêu trên.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục thuế tỉnh Quảng Ngãi, Công ty Cổ phần phát triển bất động sản Phát Đạt và Công ty cổ phần kinh doanh bất động sản Minh Hoàng, Chi nhánh Quảng Ngãi Công ty Minh Hoàng biết./.