Công văn 329/TCHQ-GSQL được Tổng cục Hải quan ban hành nhằm hướng dẫn chi tiết việc thực hiện Điều 59 Thông tư 128/2013/TT-BTC liên quan đến thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa gia công và sản xuất xuất khẩu. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng giúp thống nhất quy trình thực hiện giữa các Chi cục Hải quan địa phương và tháo gỡ vướng mắc cho doanh nghiệp trong quá trình thanh khoản, quyết toán nguyên liệu, vật tư nhập khẩu.

- Hướng dẫn nộp hồ sơ thanh khoản và quyết toán nguyên liệu, vật tư

Văn bản tập trung làm rõ quy trình, thủ tục và thời hạn nộp hồ sơ quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu hoặc gia công cho thương nhân nước ngoài:

• Thời hạn nộp báo cáo: Doanh nghiệp có nghĩa vụ nộp báo cáo quyết toán đúng thời hạn quy định tại Điều 59 Thông tư 128/2013/TT-BTC. Việc chậm trễ nộp báo cáo sẽ bị xử lý theo quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan.
• Thành phần hồ sơ quyết toán: Bao gồm bảng tổng hợp nhập - xuất - tồn kho nguyên liệu, vật tư nhập khẩu; danh sách các tờ khai hải quan nhập khẩu và xuất khẩu tương ứng; chứng từ thanh toán qua ngân hàng và các tài liệu giải trình chênh lệch số liệu (nếu có).
• Địa điểm tiếp nhận: Hồ sơ được nộp và xử lý trực tiếp tại Chi cục Hải quan nơi doanh nghiệp làm thủ tục nhập khẩu nguyên liệu hoặc nơi quản lý hợp đồng gia công.

- Phương án xử lý nguyên liệu dư thừa, phế liệu và phế phẩm

Công văn đưa ra các hướng dẫn cụ thể nhằm giải quyết lượng nguyên liệu thừa và phế liệu phát sinh sau khi kết thúc hợp đồng gia công hoặc chu kỳ sản xuất:

• Đối với nguyên liệu, vật tư dư thừa: Doanh nghiệp được phép lựa chọn các hình thức xử lý bao gồm: tái xuất trả lại cho đối tác nước ngoài, chuyển sang hợp đồng gia công khác có cùng đối tác, tiêu hủy dưới sự giám sát của cơ quan hải quan, hoặc chuyển mục đích sử dụng để tiêu thụ nội địa tại Việt Nam.
• Đối với phế liệu, phế phẩm: Trường hợp phế liệu, phế phẩm thu được từ quá trình sản xuất có giá trị thương mại và được bán ra thị trường nội địa, doanh nghiệp phải thực hiện kê khai và nộp thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp theo đúng quy định pháp luật hiện hành.
• Thủ tục tiêu hủy: Quá trình tiêu hủy nguyên liệu, phế liệu phải tuân thủ nghiêm ngặt các quy định về bảo vệ môi trường và phải có biên bản xác nhận, giám sát trực tiếp từ cơ quan hải quan hoặc cơ quan chức năng có thẩm quyền.

- Thủ tục chuyển mục đích sử dụng hàng hóa nhập khẩu

Khi doanh nghiệp thay đổi mục đích sử dụng đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu ban đầu thuộc đối tượng miễn thuế sang tiêu thụ nội địa, quy trình thực hiện được hướng dẫn như sau:

• Khai báo trước khi thay đổi: Doanh nghiệp phải chủ động khai báo và nộp đơn đề nghị chuyển mục đích sử dụng gửi cơ quan hải quan trước khi thực hiện việc tiêu thụ hoặc chuyển giao hàng hóa trên thị trường nội địa.
• Đăng ký tờ khai mới: Doanh nghiệp phải đăng ký tờ khai hải quan mới đối với lượng hàng hóa chuyển mục đích sử dụng. Chính sách thuế, chính sách quản lý hàng hóa nhập khẩu sẽ được áp dụng tại thời điểm đăng ký tờ khai mới này.
• Xác định trị giá tính thuế: Trị giá tính thuế được xác định dựa trên nguyên tắc trị giá hải quan tại thời điểm chuyển mục đích sử dụng, đảm bảo tính đúng, tính đủ thuế cho ngân sách nhà nước.

- Trách nhiệm của cơ quan hải quan và doanh nghiệp

Để đảm bảo tính minh bạch và nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước về hải quan, văn bản phân định rõ trách nhiệm của các bên:

• Trách nhiệm của doanh nghiệp: Chịu trách nhiệm hoàn toàn trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của số liệu báo cáo quyết toán; thiết lập và lưu trữ đầy đủ hệ thống sổ sách kế toán, chứng từ liên quan để phục vụ công tác kiểm tra sau thông quan khi có yêu cầu.
• Trách nhiệm của cơ quan hải quan: Tăng cường công tác kiểm tra, đối chiếu số liệu giữa hệ thống quản lý của hải quan và sổ sách kế toán thực tế của doanh nghiệp; kịp thời hỗ trợ, hướng dẫn doanh nghiệp tháo gỡ các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện thủ tục thanh khoản theo Điều 59 Thông tư 128/2013/TT-BTC.