Công văn 2942/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành năm 2014 là văn bản hướng dẫn quan trọng về việc áp dụng phương pháp tính thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các doanh nghiệp, đặc biệt là các doanh nghiệp mới thành lập hoặc có sự thay đổi về phương pháp tính thuế trong năm 2014. Văn bản này giải quyết các vướng mắc thực tế của doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương trong việc lựa chọn giữa phương pháp khấu trừ và phương pháp trực tiếp theo quy định tại Thông tư số 219/2013/TT-BTC.

- Điều kiện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT

Công văn làm rõ các tiêu chí để doanh nghiệp được áp dụng phương pháp khấu trừ thuế theo quy định pháp luật:

• Doanh nghiệp đang hoạt động có doanh thu hàng năm từ bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ từ 1 tỷ đồng trở lên và thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định.
• Doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đang hoạt động nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ.
• Doanh nghiệp mới thành lập có thực hiện đầu tư, mua sắm tài sản cố định, máy móc, thiết bị có giá trị từ 1 tỷ đồng trở lên (không bao gồm xe ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống không sử dụng cho kinh doanh vận tải, du lịch, khách sạn).
• Doanh nghiệp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế nếu đáp ứng các điều kiện về chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ.

- Hướng dẫn đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ (Mẫu 06/GTGT)

Tổng cục Thuế hướng dẫn cụ thể về thời hạn và thủ tục nộp Mẫu 06/GTGT để đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ:

• Đối với doanh nghiệp mới thành lập trong năm 2014, phải gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT (Mẫu số 06/GTGT) đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước ngày 20 của tháng tiếp theo tháng thành lập.
• Trường hợp doanh nghiệp mới thành lập có dự án đầu tư nhận chuyển nhượng hoặc có tài sản cố định mua sắm mới chưa đạt mức 1 tỷ đồng nhưng có nguyện vọng áp dụng phương pháp khấu trừ thì phải thực hiện nộp Mẫu 06/GTGT đúng thời hạn quy định để được xem xét.
• Nếu quá thời hạn nộp Mẫu 06/GTGT theo quy định mà doanh nghiệp không nộp hoặc nộp chậm, cơ quan thuế sẽ chuyển doanh nghiệp sang áp dụng phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng.

- Xử lý các trường hợp chuyển đổi phương pháp tính thuế

Văn bản đưa ra các nguyên tắc xử lý đối với các trường hợp đặc thù khi chuyển đổi phương pháp tính thuế:

• Doanh nghiệp đang áp dụng phương pháp khấu trừ nhưng có doanh thu dưới 1 tỷ đồng vẫn được đăng ký tự nguyện tiếp tục áp dụng phương pháp khấu trừ nếu gửi Mẫu 06/GTGT đúng hạn (trước ngày 20 tháng 12 của năm trước liền kề năm bắt đầu chu kỳ ổn định).
• Đối với các doanh nghiệp không đáp ứng đủ điều kiện áp dụng phương pháp khấu trừ hoặc không nộp Mẫu 06/GTGT đúng hạn, bắt buộc phải áp dụng phương pháp trực tiếp. Doanh nghiệp áp dụng phương pháp trực tiếp sử dụng hóa đơn bán hàng thay vì hóa đơn GTGT.
• Hướng dẫn xử lý hóa đơn, chứng từ và kê khai thuế đối với các doanh nghiệp có sự thay đổi phương pháp tính thuế giữa chừng do không đáp ứng điều kiện hoặc do cơ quan thuế kiểm tra, phát hiện sai sót.

- Trách nhiệm của cơ quan thuế và doanh nghiệp

Để đảm bảo tính thống nhất trong việc thực thi pháp luật thuế, Tổng cục Thuế yêu cầu:

• Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm tuyên truyền, phổ biến và hướng dẫn kịp thời cho các doanh nghiệp trên địa bàn về điều kiện, thủ tục đăng ký phương pháp tính thuế GTGT.
• Cơ quan thuế địa phương cần tăng cường kiểm tra, rà soát việc nộp Mẫu 06/GTGT của các doanh nghiệp mới thành lập để hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện đúng quyền lợi và nghĩa vụ thuế.
• Doanh nghiệp có trách nhiệm tự xác định điều kiện áp dụng, hoàn thiện hồ sơ kế toán, hóa đơn chứng từ và nộp tờ khai đúng hạn để tránh bị xử phạt hoặc bị áp đặt phương pháp tính thuế không mong muốn.