Công văn 2779/TCHQ-TXNK do Tổng cục Hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm giải quyết các vướng mắc và thống nhất quy trình xét miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa tạo tài sản cố định của các dự án ưu đãi đầu tư. Dưới đây là tóm tắt chi tiết các nội dung cốt lõi của văn bản này:

- Đối tượng và điều kiện áp dụng miễn thuế nhập khẩu

• Áp dụng đối với hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định của dự án khuyến khích đầu tư thuộc danh mục lĩnh vực ưu đãi đầu tư hoặc địa bàn ưu đãi đầu tư theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.
• Hàng hóa được xét miễn thuế bao gồm máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải chuyên dùng trong dây chuyền công nghệ phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất của dự án, cùng các loại linh kiện, chi tiết, bộ phận rời đi kèm để lắp ráp đồng bộ.
• Dự án phải được cấp Giấy chứng nhận đầu tư hoặc các giấy tờ pháp lý tương đương theo đúng quy định của pháp luật tại thời điểm đăng ký danh mục miễn thuế.

- Thủ tục đăng ký Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế

• Doanh nghiệp có trách nhiệm thực hiện đăng ký Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế (Danh mục NKMT) với cơ quan hải quan trước khi tiến hành làm thủ tục nhập khẩu lô hàng đầu tiên của dự án.
• Hồ sơ đăng ký bao gồm: Công văn đề nghị đăng ký danh mục, bản trích lục luận chứng kinh tế kỹ thuật của dự án, Giấy chứng nhận đầu tư (bản sao có chứng thực) và Danh mục hàng hóa đề nghị miễn thuế kèm theo phiếu theo dõi trừ lùi.
• Cơ quan hải quan nơi tiếp nhận hồ sơ có trách nhiệm kiểm tra tính hợp lệ, đối chiếu năng lực sản xuất và quy mô dự án để cấp phiếu theo dõi trừ lùi cho doanh nghiệp trong thời hạn quy định.

- Quy trình kiểm tra, giám sát và quản lý thuế

• Cơ quan hải quan thực hiện việc theo dõi, trừ lùi số lượng hàng hóa thực tế nhập khẩu dựa trên Danh mục NKMT đã được phê duyệt tại từng lần làm thủ tục thông quan.
• Doanh nghiệp phải cam kết sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế đúng mục đích đã đăng ký. Mọi hành vi tự ý chuyển nhượng, thay đổi mục đích sử dụng mà không khai báo đều bị coi là vi phạm pháp luật về thuế.
• Trường hợp chuyển nhượng hoặc thay đổi mục đích sử dụng, doanh nghiệp phải thực hiện kê khai và nộp đủ các loại thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng theo trị giá tính thuế và thuế suất tại thời điểm thay đổi mục đích.

- Trách nhiệm của cơ quan hải quan địa phương

• Cục Hải quan các tỉnh, thành phố có trách nhiệm hướng dẫn chi tiết cho doanh nghiệp, tạo điều kiện thuận lợi trong quá trình làm thủ tục thông quan hàng hóa nhưng vẫn phải đảm bảo công tác quản lý chặt chẽ.
• Tăng cường công tác kiểm tra sau thông quan đối với các dự án được hưởng ưu đãi thuế nhằm kịp thời phát hiện, ngăn chặn và xử lý nghiêm các hành vi lợi dụng chính sách miễn thuế để trục lợi.
• Đối với các trường hợp phát sinh vướng mắc vượt thẩm quyền giải quyết, các đơn vị hải quan địa phương phải kịp thời báo cáo về Tổng cục Hải quan để nhận chỉ đạo hướng dẫn cụ thể.