Công văn 2052/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm giải đáp các vướng mắc của doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương liên quan đến việc áp dụng chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Nội dung văn bản tập trung làm rõ các điều kiện hưởng ưu đãi, phương pháp phân bổ thu nhập và nguyên tắc áp dụng đối với từng loại hình dự án đầu tư.

- Nguyên tắc chung về áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

Theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế, việc thực hiện ưu đãi thuế TNDN phải tuân thủ các nguyên tắc cốt lõi sau:

• Doanh nghiệp phải thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật và nộp thuế theo phương pháp kê khai mới đủ điều kiện xem xét hưởng ưu đãi thuế TNDN.
• Ưu đãi thuế TNDN được tính theo dự án đầu tư thực tế đáp ứng các điều kiện về địa bàn ưu đãi đầu tư hoặc lĩnh vực, ngành nghề khuyến khích đầu tư.
• Trong cùng một kỳ tính thuế, nếu doanh nghiệp có phát sinh nhiều hoạt động sản xuất kinh doanh khác nhau, trong đó có hoạt động được hưởng ưu đãi thuế và hoạt động không được hưởng ưu đãi thuế, thì doanh nghiệp bắt buộc phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động được hưởng ưu đãi thuế. Trường hợp không hạch toán riêng được, phần thu nhập này sẽ được xác định theo tỷ lệ doanh thu hoặc tỷ lệ chi phí được trừ theo đúng quy định của pháp luật về thuế.

- Phân biệt ưu đãi giữa dự án đầu tư mới và dự án đầu tư mở rộng

Công văn hướng dẫn chi tiết cách phân loại dự án đầu tư để áp dụng mức ưu đãi thuế suất và thời gian miễn, giảm thuế phù hợp với thực tế hoạt động của doanh nghiệp:

• Đối với dự án đầu tư mới: Là dự án thực hiện lần đầu hoặc dự án hoạt động độc lập với dự án đang hoạt động. Dự án đầu tư mới đáp ứng điều kiện ưu đãi về địa bàn hoặc lĩnh vực sẽ được hưởng thuế suất ưu đãi và thời gian miễn, giảm thuế tối đa theo quy định của Luật Thuế TNDN hiện hành tại thời điểm cấp phép.
• Đối với dự án đầu tư mở rộng: Là dự án đầu tư phát triển dự án đang hoạt động nhằm mở rộng quy mô, nâng cao công suất, đổi mới công nghệ sản xuất. Doanh nghiệp có dự án đầu tư mở rộng đáp ứng các tiêu chí quy định được quyền lựa chọn hưởng ưu đãi thuế theo dự án đang hoạt động cho thời gian còn lại (nếu có) hoặc áp dụng thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với phần thu nhập tăng thêm từ đầu tư mở rộng.

- Xác định ưu đãi thuế TNDN theo địa bàn và lĩnh vực khuyến khích đầu tư

Tổng cục Thuế nhấn mạnh việc rà soát và áp dụng ưu đãi phải dựa trên các tiêu chí phân loại địa bàn và ngành nghề:

• Địa bàn ưu đãi thuế bao gồm các khu vực có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn, địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn, khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao và khu kinh tế được thành lập theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ.
• Lĩnh vực ưu đãi thuế tập trung vào các ngành công nghệ cao, công nghiệp hỗ trợ, bảo vệ môi trường, đầu tư phát triển hạ tầng quy mô lớn và các ngành nghề xã hội hóa như giáo dục, y tế, dạy nghề, văn hóa, thể thao.
• Trường hợp doanh nghiệp đặt trụ sở hoặc có dự án tại địa bàn ưu đãi nhưng có phát sinh doanh thu, thu nhập ngoài địa bàn ưu đãi thì phần thu nhập phát sinh ngoài địa bàn này không được hưởng ưu đãi thuế TNDN (trừ các trường hợp đặc thù được pháp luật quy định cụ thể).

- Trách nhiệm tự kê khai và lưu trữ hồ sơ của doanh nghiệp

Để đảm bảo tính tuân thủ pháp luật và hạn chế rủi ro bị truy thu thuế khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra, kiểm tra, doanh nghiệp cần lưu ý:

• Doanh nghiệp tự xác định các điều kiện ưu đãi thuế, mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế và số lỗ được chuyển trừ vào thu nhập chịu thuế để tự kê khai và tự quyết toán thuế với cơ quan thuế trực tiếp quản lý.
• Doanh nghiệp có trách nhiệm lưu trữ đầy đủ hồ sơ pháp lý của dự án đầu tư bao gồm: Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, tài liệu chứng minh vốn đầu tư thực tế, danh mục tài sản cố định hình thành từ dự án đầu tư và các chứng từ hạch toán kế toán liên quan.
• Trường hợp cơ quan thuế qua thanh tra, kiểm tra phát hiện doanh nghiệp không đáp ứng đủ điều kiện hưởng ưu đãi hoặc hạch toán sai lệch thu nhập ưu đãi, doanh nghiệp sẽ bị xử lý truy thu thuế, tính tiền chậm nộp và xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo quy định pháp luật hiện hành.