Trả lời công văn số 156/CT.KT ngày 26/03/2012 và công văn số 168/CT.KT ngày 28/4/2012 của Công ty Cổ phần Linh Linh về ưu đãi thuế TNDN, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại tiết c điểm 2 mục IV phần E Thông tư 134/2007/TT-BTC ngày 23/11/2007 của Bộ Tài chính quy định: “2. Cơ sở kinh doanh đang hoạt động có đầu tư lắp đặt dây chuyền sản xuất mới, mở rộng quy mô, đổi mới công nghệ, cải thiện môi trường sinh thái, nâng cao năng lực sản xuất miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp cho phần thu nhập tăng thêm do đầu tư mang lại như sau: c) Miễn 02 năm và giảm 50% số thuế phải nộp cho 03 năm tiếp theo đối với dự án đầu tư vào lĩnh vực thuộc Danh mục lĩnh vực đặc biệt ưu đãi đầu tư hoặc thực hiện tại địa bàn thuộc Danh mục địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn”.

Theo quy định tại Phụ lục B Danh mục địa bàn ưu đãi đầu tư ban hành kèm theo Nghị định số 108/2006/NĐ-CP ngày 22/9/2006 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Đầu tư thì toàn bộ các huyện thuộc tỉnh Lào Cai thuộc Địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn.

Tại điểm 6 Phần I Thông tư số 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính quy định: “Doanh nghiệp đang hoạt động từ năm 2009 có dự án đầu tư xây dựng dây chuyền sản xuất mới, mở rộng quy mô, đổi mới công nghệ, cải thiện môi trường sinh thái, nâng cao năng lực sản xuất thì phần thu nhập từ dự án đầu tư này sẽ không được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp. Các dự án đầu tư trước năm 2009 đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (theo diện ưu đãi đầu tư mở rộng) thì tiếp tục được hưởng ưu đãi cho thời gian còn lại và phần thu nhập tăng thêm của các dự án đầu tư mở rộng đang áp dụng thuế suất 28% được chuyển sang áp dụng thuế suất 25%.

Doanh nghiệp có dự án đầu tư mở rộng sản xuất đến ngày 31 tháng 12 năm 2008 đang đầu tư xây dựng dở dang và trong năm 2009 hoàn thành đi vào sản xuất, kinh doanh thì tiếp tục được hưởng thời gian miễn giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đối với phần thu nhập tăng thêm từ dự án đầu tư mở rộng mang lại theo Thông tư số 134/2007/TT-BTC; phần thu nhập tăng thêm của dự án này áp dụng thuế suất 25% và thời gian miễn giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đối với phần thu nhập tăng thêm tính từ năm 2009 dự án đi vào sản xuất, kinh doanh.

Doanh nghiệp phải có thông báo với cơ quan thuế các dự án đầu tư mở rộng sản xuất đang đầu tư xây dựng dở dang khi nộp tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp của kỳ tính thuế năm 2008”.

Theo công văn của Công ty và hồ sơ kèm theo: Trường hợp Công ty Cổ phần Linh Linh được thành lập ngày 06/04/2005 theo Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh số 0103007231 do Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội cấp và đang hoạt động kinh doanh hàng điện lạnh tại số nhà 16 Phố Tôn Đức Thắng, Phường Cát Linh, Quận Đống Đa, TP Hà Nội. Ngày 25/10/2006, Ủy ban nhân dân tỉnh Lào Cai có công văn số 2385/UBND-CN cho phép Công ty Cổ phần Linh Linh đầu tư dự án thủy điện Nậm Khóa 3 và được cấp Giấy chứng nhận đầu tư số 1212100003 ngày 14/02/2007. Như vậy, đến năm 2007 Công ty mới bắt đầu thực hiện dự án đầu tư Nhà máy thủy điện Nậm Khóa 3 tại xã Nậm Xá, huyện Văn Bàn, tỉnh Lào Cai. Dự án Thủy điện được khởi công từ ngày 10/3/2007, hoàn thành và bắt đầu đi vào sản xuất từ ngày 11/9/2010.

Đề nghị Công ty Cổ phần Linh Linh liên hệ trực tiếp với Cục Thuế địa phương để được hướng dẫn cụ thể việc xác định hưởng ưu đãi thuế TNDN theo đúng điều kiện thực tế mà Công ty đáp ứng quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế TNDN.