b) Dự án sử dụng vốn khác không thuộc trường hợp quy định tại Điểm a Khoản này do người quyết định đầu tư tự tổ chức thẩm định dự án;...

5. Đối với dự án đầu tư xây dựng chỉ cần lập Báo cáo kinh tế - kỹ thuật đầu tư xây dựng thì thẩm quyền thẩm định dự án đầu tư xây dựng được quy định như sau:...

c) Trường hợp sử dụng vốn khác thì người quyết định đầu tư, chủ đầu tư tự tổ chức thẩm định thiết kế bản vẽ thi công, dự toán xây dựng, trừ các công trình cấp đặc biệt, cấp I và công trình có ảnh hưởng lớn đến cảnh quan, môi trường và an toàn của cộng đồng và tự chịu trách nhiệm về nội dung thẩm định.

6. Dự án đầu tư xây dựng có yêu cầu về phòng, chống cháy, nổ, bảo vệ môi trường, bảo đảm quốc phòng, an ninh phải được cơ quan nhà nước có thẩm quyền thẩm định.”

- Tại Khoản 1 Điều 167 quy định:

“Dự án đầu tư xây dựng đã được phê duyệt trước ngày Luật này có hiệu lực thì không phải phê duyệt lại, các hoạt động tiếp theo chưa được thực hiện thì thực hiện theo quy định của Luật này.”

- Căn cứ Nghị định số 118/2015/NĐ-CP ngày 12/11/2015 của Chính phủ quy định chi Tiết và hướng dẫn thi hành một số Điều của Luật Đầu tư:

+ Tại Khoản 3 và Khoản 7, Điều 30 quy định:

“Điều 30. Thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư đối với dự án đầu tư thuộc thẩm quyền quyết định chủ trương đầu tư của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh

3. Cơ quan đăng ký đầu tư lấy ý kiến thẩm định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về nội dung dự án đầu tư thuộc phạm vi quản lý của cơ quan đó, gồm:

a) Sự phù hợp của dự án đầu tư với quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội, quy hoạch phát triển ngành và quy hoạch sử dụng đất;

b) Nhu cầu sử dụng đất, Điều kiện giao đất, cho thuê đất, cho phép chuyển Mục đích sử dụng đất (đối với dự án được giao đất, cho thuê đất, cho phép chuyển Mục đích sử dụng đất);

c) Điều kiện đầu tư đối với nhà đầu tư nước ngoài (đối với dự án có Mục tiêu thuộc ngành, nghề đầu tư có Điều kiện đối với nhà đầu tư nước ngoài);

d) Ưu đãi đầu tư và Điều kiện hưởng ưu đãi đầu tư (đối với dự án thuộc đối tượng hưởng ưu đãi đầu tư);

đ) Công nghệ sử dụng trong dự án đầu tư (đối với dự án sử dụng công nghệ hạn chế chuyển giao theo quy định của pháp luật về chuyển giao công nghệ quy định tại Điểm b Khoản 1 Điều 32 Luật Đầu tư).

7. Đối với dự án đầu tư được nhà nước giao đất, cho thuê đất không thông qua đấu giá, đấu thầu, nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất hoặc tài sản gắn liền với đất, dự án đầu tư có yêu cầu chuyển Mục đích sử dụng đất quy định tại Điểm a Khoản 1 Điều 32 Luật Đầu tư thực hiện tại khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu kinh tế phù hợp với quy hoạch đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt, Cơ quan đăng ký đầu tư lấy ý kiến thẩm định theo quy định tại Khoản 3 Điều này để cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư cho nhà đầu tư trong thời hạn 25 ngày kể từ ngày nhận được hồ sơ hợp lệ mà không phải trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định chủ trương đầu tư.”

+ Tại Khoản 1 và Khoản 2, Điều 32 quy định:

“Điều 32. Thủ tục quyết định chủ trương đầu tư đối với dự án không thuộc diện cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư

1. Việc quyết định chủ trương đầu tư đối với dự án không thuộc diện cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư thực hiện theo quy định tương ứng tại Điều 30 và Điều 31 Nghị định này.

2. Đối với dự án đầu tư được nhà nước giao đất, cho thuê đất không thông qua đấu giá, đấu thầu, nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất hoặc tài sản gắn liền với đất, dự án đầu tư có yêu cầu chuyển Mục đích sử dụng đất quy định tại Điểm a Khoản 1 Điều 32 Luật Đầu tư thực hiện tại khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu kinh tế phù hợp với quy hoạch đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt, Ban Quản lý khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu kinh tế lấy ý kiến thẩm định theo quy định tại Khoản 3 Điều 30 Nghị định này để quyết định chủ trương đầu tư.”

Căn cứ các quy định trên, đối với các dự án đầu tư sử dụng vốn ngoài ngân sách nhà nước, có quy mô vốn dưới ba trăm tỷ đồng của các tổ chức kinh tế trong nước thì trong hồ sơ miễn, giảm tiền thuê đất phải có “dự án đầu tư được cấp có thẩm quyền phê duyệt” theo quy định tại Điểm a Khoản 5 Điều 46 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính. Trường hợp có vướng mắc, đề nghị Cục Thuế gửi hồ sơ cụ thể để Tổng cục Thuế xem xét, giải quyết.

2. Quy định về Quyết định cho thuê đất trong hồ sơ miễn tiền thuê đất:

- Căn cứ Luật Đất đai số 13/2003/QH11 ngày 26/11/2003 của Quốc hội nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam:

+ Tại Khoản 2 Điều 38 quy định:

“Tổ chức được Nhà nước giao đất không thu tiền sử dụng đất, được Nhà nước giao đất có thu tiền sử dụng đất mà tiền sử dụng đất có nguồn gốc từ ngân sách nhà nước hoặc cho thuê đất thu tiền thuê đất hàng năm bị giải thể, phá sản, chuyển đi nơi khác, giảm hoặc không còn nhu cầu sử dụng đất;”

+ Tại Khoản 2 Điều 122 quy định:

“Điều 122. Trình tự, thủ tục giao đất, cho thuê đất, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho người được giao đất, thuê đất

2. Việc giao đất, cho thuê đất đối với đất đã được giải phóng mặt bằng được quy định như sau:

a) Trong thời hạn không quá mười ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, cơ quan tiếp nhận hồ sơ có trách nhiệm trích lục bản đồ địa chính hoặc trích đo địa chính khu đất xin giao, xin thuê; xác định mức thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất; thực hiện các thủ tục về giao đất, cho thuê đất, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất theo quy định và trao quyết định giao đất hoặc cho thuê đất cho người được giao đất, thuê đất;

b) Trong thời hạn không quá mười ngày làm việc, kể từ ngày người được giao đất, thuê đất thực hiện xong nghĩa vụ tài chính theo quy định của pháp luật, cơ quan quản lý đất đai ký hợp đồng thuê đất đối với trường hợp thuê đất, tổ chức bàn giao đất trên thực địa và trao giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho người được giao đất, thuê đất.”

- Tại Điều 53 Luật Đất đai số 45/2013/QH13 ngày 29/11/2013 của Quốc hội nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam quy định:

“Việc Nhà nước quyết định giao đất, cho thuê đất đối với đất đang có người sử dụng cho người khác chỉ được thực hiện sau khi cơ quan nhà nước có thẩm quyền quyết định thu hồi đất theo quy định của Luật này và phải thực hiện xong việc bồi thường, hỗ trợ, tái định cư theo quy định của pháp luật đối với trường hợp phải giải phóng mặt bằng. ”

- Tại Điểm c Khoản 3 Điều 3 Thông tư số 30/2014/TT-BTNMT ngày 02/6/2014 của Bộ Tài nguyên và Môi trường quy định về hồ sơ giao đất, cho thuê đất, chuyển Mục đích sử dụng đất, thu hồi đất quy định:

“3. Hồ sơ trình Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương (sau đây gọi là cấp tỉnh) quyết định giao đất, cho thuê đất do Sở Tài nguyên và Môi trường lập gồm:

c) Tờ trình kèm theo dự thảo quyết định giao đất (Mẫu số 02) hoặc dự thảo quyết định cho thuê đất (Mẫu số 03) ban hành kèm theo Thông tư này.”

Căn cứ các quy định trên, Tổng cục Thuế thống nhất với ý kiến xử lý của Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh tại Công văn số 13397/CT-KTTĐ ngày 22/12/2015.