Điều 47 Thông tư 80/2021/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế và Nghị định 126/2020/NĐ-CP hướng dẫn Luật Quản lý thuế do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

1. Căn cứ Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước, cơ quan thuế lập Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước theo quy định về thực hiện Chế độ Kế toán ngân sách nhà nước và hoạt động nghiệp vụ Kho bạc Nhà nước.

Ngay sau khi Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước được ban hành, cơ quan thuế gửi Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước cho Kho bạc Nhà nước bằng phương thức điện tử; đối với các trường hợp không thực hiện được việc truyền nhận thông tin hoàn trả theo hình thức điện tử thì cơ quan thuế thực hiện gửi Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước bằng giấy cho Kho bạc Nhà nước để thực hiện hoàn thuế cho người nộp thuế.

Kho bạc Nhà nước thực hiện hoàn thuế cho người nộp thuế theo thời hạn quy định về thủ tục hành chính thuộc lĩnh vực Kho bạc Nhà nước.

2. Trường hợp hoàn thuế đối với các khoản thu phân bổ (trừ quy định tại khoản 5 Điều này), cơ quan thuế quản lý trực tiếp trụ sở chính xác định số tiền phải hoàn trả cho từng tỉnh nơi đã thu ngân sách nhà nước, số tiền phải bù trừ cho từng tỉnh nơi được hưởng nguồn thu và lập Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước gửi Kho bạc Nhà nước.

Kho bạc Nhà nước thực hiện thanh toán cho người nộp thuế theo Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước của cơ quan thuế và hạch toán hoàn trả phần thu ngân sách nhà nước thuộc trách nhiệm của địa phương mình, đồng thời chuyển chứng từ cho các Kho bạc Nhà nước nơi đã thu ngân sách nhà nước để hạch toán hoàn trả, và nơi được hưởng nguồn thu được bù trừ để hạch toán thu ngân sách nhà nước.

3. Trường hợp hoàn nộp thừa khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số tiền được hoàn trả tại cơ quan thuế quản lý khoản thu ngân sách nhà nước hoặc cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp xác định số tiền phải hoàn trả cho từng tỉnh nơi đã thu ngân sách nhà nước và số tiền phải bù trừ cho từng tỉnh nơi được hưởng nguồn thu. Kho bạc Nhà nước thực hiện hoàn trả phần thuộc trách nhiệm của địa phương mình và chuyển chứng từ cho các Kho bạc Nhà nước nơi đã thu ngân sách nhà nước để hạch toán hoàn trả và nơi được hưởng nguồn thu được bù trừ để hạch toán thu ngân sách nhà nước.

4. Trường hợp hồ sơ hoàn thuế thu nhập cá nhân của cá nhân trực tiếp quyết toán thuế với cơ quan thuế thì cơ quan thuế giải quyết hồ sơ lập Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước gửi Kho bạc Nhà nước để thực hiện hạch toán hoàn trả và chuyển chứng từ cho các Kho bạc Nhà nước nơi có khoản thu ngân sách nhà nước được bù trừ để hạch toán thu ngân sách nhà nước.

5. Trường hợp hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng, thu nhập doanh nghiệp nộp thừa của người nộp thuế theo quy định tại điểm g khoản 1 Điều 45 Thông tư này thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp lập Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước gửi Kho bạc Nhà nước để thực hiện hạch toán hoàn trả và chuyển chứng từ cho các Kho bạc Nhà nước nơi có khoản thu ngân sách nhà nước được bù trừ để hạch toán thu ngân sách nhà nước.