Điều 45 Thông tư 80/2021/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế và Nghị định 126/2020/NĐ-CP hướng dẫn Luật Quản lý thuế do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

a) Nguyên tắc xử lý khi cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn khác số thuế người nộp thuế đề nghị hoàn thực hiện theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 34 Thông tư này.

b) Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước

Cơ quan thuế căn cứ hồ sơ hoàn nộp thừa của người nộp thuế và thông tin nghĩa vụ thuế, số thuế đã nộp của người nộp thuế trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế để kiểm tra, xác định trường hợp được hoàn nộp thừa và số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn trả.

c) Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế

Trong quá trình kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, nếu cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn thì giải quyết hoàn trả số thuế đã đủ điều kiện hoàn cho người nộp thuế, không chờ kiểm tra xác minh toàn bộ hồ sơ hoàn thuế; đối với số thuế cần kiểm tra xác minh hoặc yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung hồ sơ thì cơ quan thuế xử lý hoàn thuế khi có đủ điều kiện theo quy định.

Trường hợp tại Biên bản kiểm tra trước hoàn thuế xác định người nộp thuế vừa có số tiền thuế đủ điều kiện hoàn, vừa có số tiền thuế tiền chậm nộp, tiền phạt bị truy thu thì cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý vi phạm pháp luật về thuế và bù trừ số tiền thuế được hoàn của người nộp thuế tại Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐ-HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.

d) Đối với hồ sơ hoàn nộp thừa của người nộp thuế có khoản nộp thừa tại tỉnh nơi được hưởng khoản thu phân bổ, cơ quan thuế quản lý trực tiếp chủ trì tổng hợp nghĩa vụ thuế, số thuế đã nộp ngân sách nhà nước tại trụ sở chính và các tỉnh nơi được hưởng khoản thu phân bổ. Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế, cơ quan thuế quản lý trực tiếp và cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ theo quy định tại điểm b khoản 6 Điều 3 Thông tư này phải thực hiện đối chiếu, xác nhận số tiền thuế đã nộp, số tiền thuế còn nợ phát sinh theo từng nơi được hưởng khoản thu phân bổ. Cơ quan thuế chịu trách nhiệm về tính đầy đủ, chính xác của dữ liệu trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế làm cơ sở để giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế theo quy định.

đ) Đối với hồ sơ hoàn thuế thu nhập của cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công trực tiếp quyết toán thuế với cơ quan thuế, cơ quan thuế giải quyết hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân thực hiện tổng hợp số phải nộp, đã nộp của người nộp thuế trong kỳ quyết toán thuế phát sinh tại các cơ quan thuế trên toàn quốc để xác định số tiền nộp thừa theo quyết toán thuế.

e) Đối với hồ sơ hoàn thuế khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa tại cơ quan thuế quản lý khoản thu ngân sách nhà nước hoặc cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ theo quy định tại điểm b khoản 6 Điều 3 Thông tư này thì trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế, cơ quan thuế quản lý trực tiếp và cơ quan thuế quản lý khoản thu ngân sách nhà nước, cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ phải thực hiện đối chiếu, xác nhận số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ theo từng địa bàn. Các cơ quan thuế chịu trách nhiệm về tính đầy đủ, chính xác của dữ liệu trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế làm cơ sở để giải quyết hoàn nộp thừa cho người nộp thuế theo quy định.

g) Trường hợp người nộp thuế đã nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định tại điểm b, c khoản 3 Điều 13 Thông tư này hoặc thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại điểm b khoản 3 Điều 17 Thông tư này sau khi bù trừ với nghĩa vụ của trụ sở chính mà có số nộp thừa thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp thực hiện hoàn trả cho người nộp thuế.