Điều 19 Thông tư 69/2016/TT-BTC quy định thủ tục hải quan đối với xăng dầu, hóa chất, khí xuất, nhập khẩu, tạm nhập tái xuất, chuyển khẩu, quá cảnh; nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất và pha chế hoặc gia công xuất khẩu xăng dầu, khí; dầu thô xuất, nhập khẩu; hàng hóa xuất, nhập khẩu phục vụ hoạt động dầu khí do Bộ Tài chính ban hành

a) Trường hợp người nộp thuế chưa nộp thuế của tờ khai hải quan cũ: Sau khi số tiền thuế của tờ khai mới đã được nộp, cơ quan hải quan ban hành Quyết định Điều chỉnh giảm tiền thuế của tờ khai cũ;

b) Trường hợp người nộp thuế đã nộp thuế của tờ khai hải quan cũ: Cơ quan hải quan ban hành Quyết định Điều chỉnh giảm tiền thuế của tờ khai hải quan cũ, sau đó thực hiện hoàn thuế kiêm bù trừ giữa số tiền thuế của tờ khai hải quan cũ và số thuế của tờ khai hải quan mới (thực hiện xử lý tương tự như tiền thuế nộp thừa). Nếu số tiền thuế của tờ khai hải quan cũ ít hơn so với số tiền thuế phải nộp của tờ khai hải quan mới, người nộp thuế phải nộp bổ sung tiền còn thiếu hoặc bù trừ tiền thuế nộp thừa của tờ khai khác so với tiền thuế còn thiếu trước khi hoàn thành thủ tục chuyển tiêu thụ nội địa, nếu thừa thì cơ quan hải quan sẽ hoàn trả theo đúng quy định. Trình tự thực hiện bù trừ hoặc hoàn trả thực hiện theo quy định tại Điều 132 Thông tư số 38/2015/TT-BTC.

Quyết định Điều chỉnh thuế thực hiện theo mẫu số 03/QĐĐC/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm theo Thông tư số 38/2015/TT-BTC.

Thời hạn hoàn thuế kiêm bù trừ giữa số thuế của tờ khai hải quan cũ và số thuế của tờ khai hải quan mới thực hiện theo quy định tại Khoản 3 Điều 49 Thông tư số 38/2015/TT-BTC. Trong thời gian cơ quan hải quan xử lý hoàn thuế kiêm bù trừ giữa số thuế đã nộp của tờ khai hải quan cũ và số thuế của tờ khai hải quan mới, người nộp thuế không bị tính chậm nộp tiền thuế.