1. Sửa đổi, bổ sung điểm b khoản 2 Điều 4 như sau:

“b) Trình tự nhận và xử lý hồ sơ:

- Cục Hàng hải Việt Nam tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ:

Trường hợp hồ sơ nộp trực tiếp, nếu hồ sơ đầy đủ theo quy định thì cấp giấy biên nhận hồ sơ và hẹn ngày trả kết quả theo thời hạn quy định; nếu hồ sơ chưa đầy đủ theo quy định thì trả lại ngay và hướng dẫn nhà đầu tư hoàn thiện lại hồ sơ;

Trường hợp hồ sơ nhận qua hệ thống bưu chính, nếu hồ sơ không đầy đủ theo quy định, trong thời hạn 02 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được hồ sơ, có văn bản hướng dẫn nhà đầu tư hoàn thiện lại hồ sơ.

- Đối với dự án có trong danh mục dự án đã công bố:

Trong thời hạn 03 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được hồ sơ theo quy định, Cục Hàng hải Việt Nam phải thực hiện đánh giá năng lực của nhà đầu tư theo mẫu số 03 tại Phụ lục ban hành kèm theo Thông tư này, báo cáo Bộ Giao thông vận tải. Trường hợp quá thời hạn nhưng Cục Hàng hải Việt Nam không có văn bản báo cáo, Bộ Giao thông vận tải xem xét, giải quyết theo đề nghị của nhà đầu tư.

Trong thời hạn 03 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được văn bản của Cục Hàng hải Việt Nam, Bộ Giao thông vận tải xem xét, chấp thuận nhà đầu tư đăng ký thực hiện dự án, trường hợp không chấp thuận phải nêu rõ lý do.

Trong thời hạn 03 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được văn bản của Bộ Giao thông vận tải, Cục Hàng hải Việt Nam có văn bản trả lời nhà đầu tư về việc chấp thuận đăng ký thực hiện dự án.”

- Đối với dự án chưa có trong danh mục dự án đã công bố:

Trong thời hạn 03 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được hồ sơ theo quy định, Cục Hàng hải Việt Nam xem xét sự cần thiết thực hiện dự án và đánh giá năng lực của nhà đầu tư theo mẫu số 03 tại Phụ lục ban hành kèm theo Thông tư này, báo cáo Bộ Giao thông vận tải chấp thuận bổ sung vào danh mục dự án, chấp thuận đăng ký thực hiện dự án và điều chỉnh kế hoạch nạo vét sử dụng ngân sách nhà nước hàng năm (nếu cần điều chỉnh). Trường hợp quá thời hạn nhưng Cục Hàng hải Việt Nam không có văn bản báo cáo, Bộ Giao thông vận tải xem xét, giải quyết theo đề nghị của nhà đầu tư.

Trong thời hạn 03 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được văn bản của Cục Hàng hải Việt Nam, Bộ Giao thông vận tải lấy ý kiến Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi có dự án đi qua.

Trong thời hạn 05 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được văn bản của Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương hoặc hết thời hạn nhưng không nhận được văn bản tham gia ý kiến, Bộ Giao thông vận tải xem xét, quyết định bổ sung vào danh mục dự án khuyến khích thực hiện xã hội hóa nạo vét kết hợp tận thu sản phẩm, không sử dụng ngân sách nhà nước, chấp thuận đăng ký thực hiện dự án và điều chỉnh kế hoạch nạo vét sử dụng ngân sách nhà nước hàng năm (nếu cần điều chỉnh), trường hợp không chấp thuận phải có văn bản trả lời Cục Hàng hải Việt Nam và nêu rõ lý do.

Trong thời hạn 03 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được văn bản của Bộ Giao thông vận tải, Cục Hàng hải Việt Nam có văn bản trả lời nhà đầu tư.”

2. Sửa đổi, bổ sung khoản 1, khoản 3 và khoản 4 Điều 5 như sau:

“1. Trong thời hạn 60 ngày, kể từ ngày nhận được văn bản trả lời của Cục Hàng hải Việt Nam về việc chấp thuận đăng ký thực hiện dự án của Bộ Giao thông vận tải, nhà đầu tư gửi Cục Hàng hải Việt Nam 01 bộ hồ sơ đề xuất thực hiện dự án. Nhà đầu tư có thể tự thực hiện khảo sát, lập hồ sơ đề xuất thực hiện dự án nếu có đủ năng lực hành nghề tư vấn khảo sát, thiết kế hoặc lựa chọn tổ chức tư vấn đủ năng lực theo quy định của pháp luật.”

“3. Trình tự nhận và xử lý hồ sơ

a) Cục Hàng hải Việt Nam tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ đề xuất thực hiện dự án theo quy định tại khoản 2 Điều này và cấp giấy biên nhận hồ sơ, hẹn ngày trả kết quả (nếu nhận hồ sơ trực tiếp). Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ theo quy định tại khoản 2 Điều này, chậm nhất 02 ngày làm việc, kể từ ngày nhận hồ sơ, Cục Hàng hải Việt Nam có văn bản hướng dẫn nhà đầu tư bổ sung đầy đủ hồ sơ đề xuất dự án, thời hạn bổ sung tối đa là 10 ngày, kể từ ngày nhận được văn bản yêu cầu của Cục Hàng hải Việt Nam.

b) Trong thời hạn 05 ngày làm việc, kể từ ngày nhận hồ sơ đủ theo quy định, Cục Hàng hải Việt Nam phải thẩm định, đánh giá hồ sơ đề xuất thực hiện dự án báo cáo Bộ Giao thông vận tải xem xét, chấp thuận hoặc chấm dứt đăng ký thực hiện dự án.”

“4. Trong thời hạn 03 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được hồ sơ theo quy định của Cục Hàng hải Việt Nam, Bộ Giao thông vận tải có văn bản chấp thuận hồ sơ đề xuất thực hiện dự án của nhà đầu tư, trường hợp không chấp thuận phải trả lời bằng văn bản và nêu rõ lý do.”

3. Sửa đổi, bổ sung điểm a khoản 1 Điều 6 như sau:

“a) Trong thời hạn 10 ngày làm việc, kể từ ngày Bộ Giao thông vận tải có văn bản chấp thuận hồ sơ đề xuất thực hiện dự án, Cục Hàng hải Việt Nam có văn bản chấp thuận thực hiện dự án. Trong thời hạn 15 ngày làm việc, kể từ ngày chấp thuận thực hiện dự án, Cục Hàng hải Việt Nam tổ chức đàm phán nội dung Hợp đồng dự án với nhà đầu tư đã được lựa chọn.

4. Sửa đổi, bổ sung khoản 2 Điều 6 như sau:

“2. Trong thời hạn 15 ngày làm việc, kể từ ngày hoàn thành việc đàm phán hợp đồng dự án với nhà đầu tư, Cục Hàng hải Việt Nam tổ chức ký kết hợp đồng và gửi 01 bản hợp đồng đã ký tới Bộ Giao thông vận tải, 01 bản tới Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi thực hiện dự án để phối hợp quản lý, giám sát.”

5. Sửa đổi Điều 8 như sau:

“Điều 8. Bảo đảm thực hiện hợp đồng dự án

1. Biện pháp bảo đảm thực hiện hợp đồng dự án được áp dụng dưới hình thức bảo lãnh của ngân hàng hoặc biện pháp bảo đảm khác theo quy định của pháp luật. Tỷ lệ bảo đảm thực hiện hợp đồng dự án là 3% tổng mức đầu tư của dự án theo hợp đồng dự án đã ký kết.

2. Trong thời hạn 10 ngày làm việc, kể từ ngày ký kết hợp đồng dự án, nhà đầu tư phải nộp cho Cục Hàng hải Việt Nam văn bản thể hiện biện pháp bảo đảm thực hiện hợp đồng. Bảo đảm này có hiệu lực tính từ ngày hợp đồng có hiệu lực cho đến ngày các bên hoàn thành nghĩa vụ theo hợp đồng hoặc ngày chuyển sang thực hiện nghĩa vụ bảo hành đối với trường hợp có quy định về bảo hành. Trường hợp cần gia hạn thời gian thực hiện hợp đồng, nhà đầu tư phải gia hạn thời gian có hiệu lực tương ứng của bảo đảm thực hiện hợp đồng.

Trường hợp liên danh thì phải thực hiện bảo đảm thực hiện hợp đồng theo một trong các cách sau đây:

a) Từng thành viên trong liên danh sẽ thực hiện riêng bảo đảm thực hiện hợp đồng dự án tương ứng với khối lượng công việc thực hiện trong liên danh;

b) Các thành viên trong liên danh thỏa thuận để một thành viên chịu trách nhiệm thực hiện bảo đảm thực hiện hợp đồng dự án cho cả liên danh.

3. Bảo đảm thực hiện hợp đồng dự án được coi là không hợp lệ khi thuộc một trong các trường hợp sau đây:

a) Có giá trị thấp hơn quy định tại khoản 1 Điều này;

b) Thời gian hiệu lực ngắn hơn thời gian có hiệu lực của hợp đồng dự án;

c) Không đúng tên dự án; tên nhà đầu tư hoặc tên liên danh thực hiện dự án;

d) Không phải là bản gốc hoặc không có chữ ký hợp lệ.

Trong các trường hợp này, nếu nhà đầu tư không bổ sung, hoàn chỉnh được bảo đảm thực hiện dự án khi được yêu cầu thì hồ sơ đề xuất thực hiện dự án được xác định là không hợp lệ và bị loại.

4. Nhà đầu tư được chấp thuận chấm dứt Hợp đồng dự án không phải do lỗi của mình sẽ được hoàn trả bảo đảm thực hiện hợp đồng dự án trong thời hạn 15 ngày làm việc, kể từ ngày văn bản chấm dứt Hợp đồng dự án có hiệu lực, trừ trường hợp quy định tại khoản 5 Điều này.

5. Nhà đầu tư không được hoàn trả bảo đảm thực hiện hợp đồng trong trường hợp sau đây:

a) Từ chối thực hiện hợp đồng khi hợp đồng đã có hiệu lực;

b) Vi phạm thỏa thuận trong hợp đồng;

c) Thực hiện hợp đồng chậm tiến độ do lỗi của mình nhưng từ chối gia hạn hiệu lực của bảo đảm thực hiện hợp đồng;

d) Trường hợp nhà đầu tư là liên danh, một thành viên trong liên danh vi phạm hợp đồng thì tất cả các thành viên trong liên danh không được nhận lại bảo đảm thực hiện hợp đồng.”

6. Sửa đổi điểm b khoản 1 Điều 9 như sau:

“b) Chỉ đạo các Cảng vụ Hàng hải khu vực tổ chức phê duyệt phương án bảo đảm an toàn hàng hải và tổ chức kiểm tra, giám sát quá trình thực hiện dự án theo quy định tại Nghị định số 21/2012/NĐ-CP, Thông tư số 10/2013/TT-BGTVT ngày 08 tháng 5 năm 2013 của Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải hướng dẫn thực hiện một số điều của Nghị định số 21/2012/NĐ-CP và quy định của pháp luật có liên quan.”

7. Sửa đổi, bổ sung điểm a khoản 2 Điều 9 như sau:

“a) Trước khi triển khai thi công:

- Hoàn thành đầy đủ các thủ tục về bảo vệ môi trường, phòng cháy, chữa cháy, phòng ngừa và ứng phó sự cố tràn dầu và các thủ tục liên quan khác theo quy định của pháp luật;

- Lập phương án bảo đảm an toàn hàng hải theo mẫu số 04 tại Phụ lục ban hành kèm theo Thông tư này gửi Cảng vụ Hàng hải khu vực phê duyệt theo quy định tại Điều 14 Nghị định số 21/2012/NĐ-CP. Trong hồ sơ trình phê duyệt phương án bảo đảm an toàn hàng hải, nhà đầu tư nộp bản sao chụp văn bản chấp thuận đăng ký thực hiện dự án thay thế cho bản sao chụp quyết định đầu tư xây dựng công trình. Trong thời hạn 03 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được văn bản xin ý kiến của Cảng vụ Hàng hải, cơ quan, đơn vị được lấy ý kiến phải có văn bản trả lời. Trường hợp hết thời hạn nhưng không nhận được văn bản tham gia ý kiến của các cơ quan, Cảng vụ Hàng hải khu vực phải thực hiện phê duyệt phương án bảo đảm an toàn hàng hải theo thẩm quyền.

- Lựa chọn, ký kết hợp đồng với đơn vị tư vấn giám sát độc lập có năng lực để thực hiện giám sát quá trình thực hiện dự án phù hợp với quy định của pháp luật và hướng dẫn của Cục Hàng hải Việt Nam;

- Trường hợp dự án có đổ bùn, đất nạo vét trong vùng nước cảng biển và vùng biển Việt Nam phải lắp đặt hệ thống giám sát nạo vét trên phương tiện vận chuyển đổ bùn đất nạo vét theo quy định của Thông tư số 28/2014/TT-BGTVT ngày 29 tháng 7 năm 2014 của Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải quy định về trình tự, thủ tục thực hiện nạo vét, duy tu các tuyến luồng hàng hải do Bộ Giao thông vận tải quản lý, sử dụng từ nguồn vốn ngân sách nhà nước và quy định của pháp luật có liên quan, bảo đảm việc giám sát đổ đất nạo vét chặt chẽ, nghiêm túc, đúng vị trí được chấp thuận.”

8. Bổ sung Điều 11a sau Điều 11 như sau:

“Điều 11a. Trách nhiệm của Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương

1. Không quy hoạch thăm dò, khai thác cát, sỏi lòng sông thuộc diện tích các khu vực nạo vét, duy tu luồng hàng hải và khu nước, vùng nước trong vùng nước cảng biển đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt.

2. Thực hiện thủ tục đăng ký khối lượng sản phẩm tận thu của các dự án nạo vét, duy tu luồng hàng hải và khu nước, vùng nước trong vùng nước cảng biển theo đề nghị của nhà đầu tư phù hợp với quy định của pháp luật.

3. Chỉ đạo các cơ quan trực thuộc phối hợp với Cục Hàng hải Việt Nam, Cảng vụ Hàng hải khu vực và các cơ quan liên quan thường xuyên kiểm tra hoạt động nạo vét, duy tu luồng hàng hải và khu nước, vùng nước trong vùng nước cảng biển; phối hợp xử lý các hành vi vi phạm trong quá trình thực hiện dự án và hoạt động khai thác cát trái phép theo quy định.”

9. Sửa đổi, bổ sung điểm a và điểm b khoản 1 Điều 13 như sau:

“a) Dừng xem xét, phê duyệt đề xuất thực hiện dự án trong các trường hợp sau đây:

- Sau thời hạn 60 ngày, kể từ ngày nhận được văn bản trả lời của Cục Hàng hải Việt Nam về việc chấp thuận đăng ký thực hiện dự án mà nhà đầu tư không nộp hồ sơ đề xuất thực hiện dự án tới Cục Hàng hải Việt Nam;

- Sau thời hạn 10 ngày, kể từ ngày nhận được văn bản yêu cầu của Cục Hàng hải Việt Nam mà nhà đầu tư không bổ sung hồ sơ đề xuất theo quy định.

b) Chấm dứt thực hiện dự án trong các trường hợp sau:

- Sau 10 ngày làm việc, kể từ ngày Cục Hàng hải Việt Nam thông báo thời gian tổ chức ký kết hợp đồng dự án nhưng nhà đầu tư không tham gia ký kết hợp đồng dự án;

- Sau 10 ngày làm việc, kể từ ngày ký kết hợp đồng dự án, nhà đầu tư không nộp cho Cục Hàng hải Việt Nam văn bản thể hiện biện pháp bảo đảm thực hiện hợp đồng.

- Sau 08 tháng, kể từ ngày Bộ Giao thông vận tải có văn bản chấp thuận nội dung hồ sơ đề xuất thực hiện dự án nhưng nhà đầu tư không thực hiện dự án hoặc chậm thực hiện dự án mà không có lý do chính đáng được Bộ Giao thông vận tải chấp thuận.”

10. Sửa đổi, bổ sung khoản 2 Điều 14 như sau:

“2. Ban hành kèm theo Thông tư này 01 Phụ lục gồm 04 Mẫu văn bản.”