Điều 52 Thông tư 28/2011/TT-BTC hướng dẫn Luật quản lý thuế, Nghị định 85/2007/NĐ-CP và 106/2010/NĐ-CP do Bộ Tài chính ban hành

a) Đối với hồ sơ hoàn thuế của tổ chức, cá nhân là người nộp thuế và có mã số thuế thì được nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp của tổ chức, cá nhân đó.

Đối với hồ sơ hoàn thuế của tổ chức, cá nhân không phải là người nộp thuế thì nộp tại Cục Thuế quản lý địa bàn nơi tổ chức có trụ sở điều hành, nơi cá nhân có địa chỉ thường trú.

Đối với hồ sơ hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần thì nộp tại Cục Thuế quản lý địa bàn nơi tổ chức có trụ sở điều hành, nơi cá nhân có cơ sở thường trú hoặc tại Cục Thuế nơi tổ chức, cá nhân đã nộp số thuế đề nghị hoàn.

Đối với hồ sơ hoàn thuế của tổ chức, cá nhân trả thu nhập và cá nhân trực tiếp nộp hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân thì được nộp tại nơi nộp hồ sơ quyết toán thuế.

b) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế được nộp trực tiếp tại cơ quan thuế, công chức quản lý thuế tiếp nhận và đóng dấu tiếp nhận hồ sơ, ghi thời gian nhận hồ sơ, ghi nhận các tài liệu trong hồ sơ.

c) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế được gửi qua đường bưu chính, công chức quản lý thuế đóng dấu ghi ngày nhận hồ sơ và ghi vào sổ văn thư của cơ quan thuế.

d) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế được nộp thông qua giao dịch điện tử thì việc tiếp nhận, kiểm tra, chấp nhận hồ sơ hoàn thuế do cơ quan thuế thực hiện thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử.

e) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế chưa đầy đủ, trong thời hạn ba ngày làm việc, kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ, cơ quan thuế phải thông báo cho người nộp thuế để hoàn chỉnh hồ sơ.

a) Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau thì chậm nhất là mười lăm ngày, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế, căn cứ hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế, thủ trưởng cơ quan thuế các cấp phải ban hành Thông báo về việc chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo mẫu số 01/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư này hoặc Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu NSNN theo mẫu số 02/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này hoặc Thông báo về việc không được hoàn thuế theo mẫu số 02/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư này gửi người nộp thuế.

b) Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau thì chậm nhất là sáu mươi ngày, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế, thủ trưởng cơ quan thuế các cấp phải ban hành Quyết định hoàn thuế theo mẫu số 01/QĐHT hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu NSNN theo mẫu số 02/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này hoặc Thông báo về việc không được hoàn thuế theo mẫu số 02/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư này gửi người nộp thuế.

c) Trường hợp cơ quan thuế kiểm tra xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn khác số thuế đề nghị hoàn thì xử lý như sau:

- Nếu số thuế đề nghị hoàn lớn hơn số thuế đủ điều kiện được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đủ điều kiện được hoàn.

- Nếu số thuế đề nghị hoàn nhỏ hơn số thuế đủ điều kiện được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đề nghị hoàn.

Trong quá trình kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, nếu cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn thì giải quyết tạm hoàn số thuế đã đủ điều kiện hoàn, không chờ kiểm tra xác minh toàn bộ hồ sơ mới thực hiện hoàn thuế; đối với số thuế cần kiểm tra xác minh, yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung hồ sơ thì xử lý hoàn thuế khi có đủ điều kiện.

d) Thẩm quyền hoàn thuế:

Căn cứ vào số thuế người nộp thuế được hoàn, số thuế còn nợ, thủ trưởng cơ quan thuế các cấp thực hiện theo một trong hai trường hợp sau:

- Ban hành Quyết định hoàn thuế, lập Lệnh hoàn trả khoản thu NSNN theo mẫu số 01/LHT ban hành kèm theo Thông tư này trong trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền phạt của các loại thuế khác.

- Ban hành Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu NSNN trong trường hợp người nộp thuế được hoàn thuế theo hồ sơ hoàn thuế và còn nợ tiền thuế, tiền phạt của các loại thuế khác; trường hợp sau khi bù trừ mà người nộp thuế vẫn còn số tiền thuế được hoàn thì đồng thời lập Lệnh hoàn trả khoản thu NSNN.

Trong các quyết định hoàn thuế nêu trên phải nêu rõ tên người nộp thuế được hoàn thuế, số thuế được hoàn, nơi nhận tiền hoàn thuế.

Riêng trường hợp hoàn thuế GTGT do Chi cục Thuế giải quyết: căn cứ các quyết định hoàn thuế nêu trên của Chi cục Thuế, Cục Thuế lập Lệnh hoàn trả khoản thu NSNN để hoàn trả cho người nộp thuế.

e) Trường hợp giải quyết hồ sơ hoàn thuế chậm do lỗi của cơ quan thuế thì ngoài số tiền thuế được hoàn theo quy định, người nộp thuế còn được trả tiền lãi tính trên số thuế bị hoàn chậm cho thời gian chậm giải quyết hoàn thuế. Lãi suất tính tiền lãi do hoàn thuế chậm là lãi suất cơ bản do Ngân hàng nhà nước quy định có hiệu lực tại thời điểm ra quyết định trả tiền lãi. Số ngày tính tiền lãi kể từ ngày tiếp theo ngày cuối cùng của thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định đến ngày ban hành Quyết định hoàn thuế/Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu NSNN, bao gồm cả ngày nghỉ (thứ bảy, chủ nhật, ngày lễ, ngày tết).

Số tiền lãi được ghi trong quyết định hoàn thuế và người nộp thuế được thanh toán tiền lãi cùng với số tiền hoàn thuế.

Nguồn tiền trả lãi được lấy từ Quỹ hoàn thuế GTGT theo quy định của Bộ Tài chính.