Điều 50 Thông tư 28/2011/TT-BTC hướng dẫn Luật quản lý thuế, Nghị định 85/2007/NĐ-CP và 106/2010/NĐ-CP do Bộ Tài chính ban hành

1. Hồ sơ hoàn thuế:

- Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu NSNN theo mẫu số 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này;

- Bảng kê hồ sơ xuất nhập khẩu hàng hoá, dịch vụ theo mẫu số 01-3/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này, bao gồm: Tờ khai hải quan hàng hoá nhập khẩu.

2. Xử lý hoàn thuế :

- Trường hợp người nộp thuế đã gửi hồ sơ hoàn thuế nhưng chưa đầy đủ theo quy định, trong thời hạn 2 (hai) ngày làm việc, kể từ thời điểm tiếp nhận hồ sơ, cơ quan thuế phải thông báo bằng văn bản cho người nộp thuế hoàn chỉnh hồ sơ.

- Trường hợp hồ sơ hoàn thuế đầy đủ, chính xác, đúng đối tượng theo quy định, cơ quan thuế có trách nhiệm xem xét, kiểm tra hồ sơ đề nghị hoàn thuế của cơ sở kinh doanh theo đúng quy trình hoàn thuế GTGT.

Trong thời gian tối đa 15 (mười lăm) ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ, cơ quan thuế thông báo cho cơ sở kinh doanh biết kết quả kiểm tra xác định hồ sơ hoàn thuế đã đủ điều kiện hoàn (kể cả trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau) và yêu cầu doanh nghiệp nộp chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu để cơ quan thuế ra quyết định hoàn thuế.

- Trong vòng 3 (ba) ngày làm việc kể từ khi nhận được chứng từ nộp thuế GTGT hàng nhập khẩu, cơ quan thuế có trách nhiệm kiểm tra đối chiếu chứng từ nộp thuế với số liệu đã kê khai trong hồ sơ hoàn thuế của cơ sở kinh doanh và ra quyết định hoàn thuế. Trường hợp số thuế GTGT đã nộp ghi trên chứng từ nộp thuế thấp hơn số thuế đề nghị hoàn ban đầu thì số thuế được hoàn là số thuế đã nộp ghi trên chứng từ nộp thuế; trường hợp số thuế GTGT đã nộp ghi trên chứng từ nộp thuế cao hơn số thuế đề nghị hoàn ban đầu thì số thuế được hoàn là số thuế đề nghị hoàn ban đầu.