a) Chủ trì xây dựng chiến lược, quy hoạch, kế hoạch phát triển giống cây trồng phù hợp với quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế-xã hội trên phạm vi cả nước và từng vùng sinh thái nông nghiệp;

b) Trình Bộ quy định về việc sử dụng, trao đổi nguồn gen cây trồng; quy chuẩn kỹ thuật quốc gia các cấp hạt giống; quyết định công nhận, cấp hoặc huỷ bỏ văn bằng bảo hộ giống cây trồng mới nông nghiệp;

c) Ban hành danh mục cây trồng chính, danh mục giống cây trồng được phép sản xuất, kinh doanh; danh mục nguồn gen cây trồng quý hiếm cần bảo tồn; danh mục cây trồng cấm xuất khẩu, cho phép trao đổi với nước ngoài; quy trình nhân giống và quy trình phục tráng hạt giống siêu thuần chủng; quy trình sản xuất giống cây công nghiệp, cây ăn quả ngắn ngày, cây cảnh và cây trồng khác; quy phạm, quy trình khảo nghiệm, chọn, tạo giống cây trồng mới; quy trình sản xuất giống cây trồng phải áp dụng, phải được chứng nhận chất lượng phù hợp quy chuẩn kỹ thuật quốc gia theo uỷ quyền của Bộ trưởng;

d) Quản lý và tổ chức thực hiện công tác khảo nghiệm, công nhận giống cây trồng mới; chỉ đạo thực hiện công tác bình tuyển, công nhận cây đầu dòng, vườn cây đầu dòng. Quản lý các hoạt động kiểm định, kiểm nghiệm chất lượng giống cây trồng; thực hiện nhiệm vụ bảo hộ giống cây trồng mới;

đ) Công nhận phòng kiểm nghiệm giống cây trồng, người kiểm định, người lấy mẫu, đơn vị khảo nghiệm giống cây trồng;

e) Cấp và thu hồi Giấy cho phép cho phép nhập khẩu giống cây trồng chưa có trong danh mục giống cây trồng được phép sản xuất, kinh doanh theo quy định của pháp luật;

g) Trình Bộ việc lập, bổ sung và sử dụng dự trữ quốc gia về giống cây trồng theo quy định của pháp luật và hướng dẫn việc xuất, nhập khẩu giống cây trồng.

a) Quản lý quy hoạch, giải pháp sử dụng, bảo vệ và nâng cao độ phì đất nông nghiệp; thẩm định quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất và chuyển đổi mục đích sử dụng đất nông nghiệp;

b) Quản lý chất lượng và sử dụng phân bón, nguyên liệu sản xuất phân bón theo quy định của pháp luật; quản lý sản xuất, xuất nhập khẩu phân bón theo quy định;

c) Trình Bộ quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về phân bón;

d) Trình Bộ quy định về khảo nghiệm. Quyết định công nhận phân bón mới; ban hành danh mục phân bón phải công bố tiêu chuẩn chất lượng, danh mục phân bón được phép sản xuất kinh doanh và sử dụng ở Việt Nam;

đ) Quản lý khảo nghiệm và quyết định công nhận phân bón mới; đặt tên, đổi tên phân bón. Quản lý các đơn vị khảo nghiệm, phòng kiểm nghiệm, người lấy mẫu phân bón. Chỉ định, công nhận, tổ chức chứng nhận phòng kiểm nghiệm, người lấy mẫu phân bón;

e) Cấp và thu hồi Giấy cho phép sản xuất, xuất khẩu, nhập khẩu phân bón chưa có trong danh mục, Giấy chứng nhận khảo nghiệm phân bón theo quy định của pháp luật.

a) Xây dựng, chỉ đạo thực hiện và tổng kết, đánh giá kế hoạch sản xuất trồng trọt hàng vụ, hàng năm và nhiều năm;

b) Chỉ đạo xây dựng, kiểm tra thực hiện quy hoạch phát triển vùng cây trồng tập trung, sản xuất nông sản thực phẩm an toàn.

c) Chỉ đạo việc thực hiện cơ cấu sản xuất, quy trình kỹ thuật trồng trọt; đề xuất biện pháp khắc phục thiên tai, dịch hại trong sản xuất trồng trọt.

a) Xây dựng, trình Bộ ban hành và tổ chức triển khai chương trình, kế hoạch hoạt động sản xuất để đảm bảo chất lượng và vệ sinh an toàn thực phẩm thuộc lĩnh vực trồng trọt;

b) Xây dựng, trình Bộ các văn bản quy phạm pháp luật, các cơ chế chính sách để đảm bảo chất lượng sản phẩm trồng trọt. Đề xuất xây dựng các tiêu chuẩn và quy chuẩn kỹ thuật quốc gia để đảm bảo chất lượng sản phẩm thuộc lĩnh vực trồng trọt;

c) Đề xuất dự án, kế hoạch xây dựng và phát triển các vùng nguyên liệu sản xuất nông sản thực phẩm an toàn thuộc lĩnh vực trồng trọt;

d) Chỉ định, công nhận và quản lý hoạt động của các tổ chức chứng nhận, phòng kiểm nghiệm, người lấy mẫu chất lượng sản phẩm cây trồng, sản phẩm cây trồng an toàn;

đ) Giám sát, kiểm tra việc thực hiện quy chế quản lý vùng, cơ sở sản xuất trồng trọt an toàn (GAP); quy chuẩn kỹ thuật về sản xuất trồng trọt đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm.

a) Đề xuất, trình Bộ chương trình, kế hoạch, đề tài nghiên cứu khoa học, ứng dụng tiến bộ công nghệ, kỹ thuật chuyên ngành;

b) Chủ trì thẩm định đề cương, đề tài nghiên cứu; đặt hàng cho các tổ chức, cá nhân thực hiện; nghiệm thu, quản lý kết quả và chỉ đạo triển khai kết quả nghiên cứu, ứng dụng tiến bộ công nghệ, kỹ thuật thuộc phạm vi quản lý của Cục;

c) Quản lý thông tin khoa học công nghệ và cơ sở dữ liệu về chuyên ngành;

d) Tham gia xây dựng dự thảo tiêu chuẩn quốc gia, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ theo phân công của Bộ trưởng;

đ) Chủ trì, tổ chức thẩm định và quyết định công nhận kết quả khảo nghiệm, sản xuất thử giống cây nông nghiệp, phân bón mới, quy trình kỹ thuật trồng trọt;

e) Giám sát, kiểm tra việc thực hiện tiêu chuẩn và quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về môi trường trong sản xuất trồng trọt. Phối hợp với các cơ quan môi trường khác đánh giá chất lượng môi trường và đề xuất giải pháp bảo vệ môi trường trong sản xuất trồng trọt.

a) Xây dựng, trình Bộ chương trình, dự án hợp tác quốc tế về chuyên ngành, lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của Cục;

b) Tổ chức thực hiện hợp tác quốc tế, các chương trình, dự án quốc tế tài trợ theo phân cấp của Bộ trưởng.

a) Xây dựng và tổ chức thực hiện kế hoạch cải cách hành chính theo kế hoạch của Bộ và sự chỉ đạo của Bộ trưởng;

b) Chỉ đạo rà soát, hệ thống hoá và đề xuất, xây dựng hệ thống thể chế, pháp luật về ngành, lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của Cục;

c) Chỉ đạo hoàn thiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của các tổ chức trực thuộc Cục theo hướng phân công, phân cấp; trình Bộ phân cấp nhiệm vụ quản lý nhà nước về ngành, lĩnh vực cho chính quyền địa phương;

d) Chỉ đạo thực hiện các quy định về chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế, tài chính và cải cách thủ tục hành chính, đổi mới phương thức làm việc, hiện đại hoá công sở, ứng dụng công nghệ thông tin phục vụ hoạt động của Cục.

a) Trình Bộ cơ chế, chính sách, quy chuẩn kỹ thuật về cung ứng dịch vụ công; về thực hiện xã hội hoá các hoạt động cung ứng dịch vụ công trong ngành, lĩnh vực;

b) Ban hành định mức kinh tế-kỹ thuật, thời gian thực hiện cung ứng các dịch vụ công thuộc ngành, lĩnh vực;

c) Hướng dẫn, kiểm tra và hỗ trợ cho các tổ chức thực hiện dịch vụ công trong ngành, lĩnh vực theo quy định của pháp luật.

a) Hướng dẫn, tạo điều kiện cho hội, tổ chức phi Chính phủ tham gia các hoạt động trong ngành, lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của Cục; tổ chức lấy ý kiến và tiếp thu việc đề xuất, phản biện của hội, tổ chức phi Chính phủ để hoàn thiện các quy định quản lý nhà nước về ngành, lĩnh vực;

b) Kiến nghị việc xử lý các vi phạm pháp luật của hội, tổ chức phi Chính phủ hoạt động trong ngành, lĩnh vực.

a) Xây dựng dự thảo chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục; đề xuất việc thành lập, tổ chức lại các tổ chức trực thuộc Cục;

b) Quyết định thành lập Tổ công tác của Cục; quy định cụ thể nhiệm vụ tự chủ, điều lệ tổ chức và hoạt động cho các tổ chức sự nghiệp nhà nước thuộc Cục theo quy định;

c) Trình Bộ kế hoạch biên chế hàng năm của Cục; quyết định phân bổ biên chế hành chính cho các cơ quan thuộc Cục;

d) Quyết định cử cán bộ, công chức, viên chức đi học tập, công tác ở nước ngoài theo phân cấp quản lý cán bộ của Bộ;

đ) Quy định thẩm quyền và trách nhiệm của người đứng đầu các tổ chức thuộc Cục;

e) Quyết định và thực hiện các biện pháp cụ thể để tăng cường kỷ luật, kỷ cương hành chính; tổ chức thực hiện phòng, chống tham nhũng, chống lãng phí và quan liêu, hách dịch, cửa quyền trong các đơn vị thuộc Cục;

g) Tổ chức thực hiện công tác tuyển dụng, sử dụng, điều động, luân chuyển, nghỉ hưu, chế độ tiền lương, khen thưởng và các chế độ khác đối với cán bộ, công chức, viên chức thuộc phạm vi quản lý của Cục theo quy định của pháp luật, phân cấp của Bộ; bồi dưỡng chuyên môn, nghiệp vụ về chuyên ngành theo phân công của Bộ trưởng;

h) Xây dựng tiêu chuẩn chuyên môn, nghiệp vụ của ngạch công chức, viên chức thuộc ngành, lĩnh vực theo phân công của Bộ trưởng;

i) Báo cáo thực hiện về công tác tổ chức, cán bộ và biên chế theo quy định.

a) Hướng dẫn và kiểm tra việc thực hiện chính sách, pháp luật về ngành, lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của Cục theo quy định;

b) Giải quyết hoặc tham gia giải quyết khiếu nại, tố cáo, kiến nghị của tổ chức, công dân liên quan đến ngành, lĩnh vực quản lý của Cục; tổ chức việc tiếp công dân theo quy định của pháp luật;

c) Thanh tra, kiểm tra việc thực hiện phân cấp quản lý về ngành, lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của Cục và xử lý vi phạm theo quy định của pháp luật.

a) Trình Bộ dự toán ngân sách hàng năm và kế hoạch ngân sách trung hạn của Cục;

b) Chịu trách nhiệm quyết toán các nguồn kinh phí do Cục trực tiếp quản lý; quản lý và chịu trách nhiệm về tài sản của nhà nước được giao cho Cục theo phân cấp của Bộ trưởng và quy định của pháp luật.

a) Phòng Cây lương thực, cây thực phẩm;

b) Phòng Cây công nghiệp, cây ăn quả;

c) Phòng Sử dụng đất, phân bón;

d) Văn phòng Bảo hộ giống cây trồng mới;

đ) Phòng Kế hoạch, Tài chính;

e) Văn phòng Cục;

g) Phòng Thanh tra, Pháp chế;

h) Bộ phận thường trực tại vùng Nam Bộ, miền Trung và Tây Nguyên.

a) Đơn vị sự nghiệp có thu: Trung tâm Khảo kiểm nghiệm giống, sản phẩm cây trồng và phân bón Quốc gia;

b) Các đơn vị sự nghiệp khác được thành lập trên cơ sở Đề án do Cục xây dựng trình Bộ phê duyệt. 

Cục trưởng Cục Trồng trọt quy định chức năng, nhiệm vụ của bộ máy quản lý, đơn vị trực thuộc Cục, bổ nhiệm cán bộ theo phân cấp của Bộ và ban hành Quy chế làm việc của Cục.