Công văn số 2639 TCT/DNNN do Tổng cục Thuế ban hành ngày 19/08/2004 là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ thuế quan trọng, giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình xử lý các khoản lỗ của đơn vị hạch toán phụ thuộc khi tiến hành sáp nhập hoặc tổ chức lại doanh nghiệp. Văn bản này giúp làm rõ phương thức chuyển lỗ và quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với các mô hình đơn vị thành viên không có tư cách pháp nhân độc lập.

• Nguyên tắc xác định kết quả kinh doanh của đơn vị hạch toán phụ thuộc: Do đơn vị hạch toán phụ thuộc không có tư cách pháp nhân độc lập, mọi kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh (bao gồm cả lãi và lỗ) đều phải được tổng hợp chung vào kết quả kinh doanh của doanh nghiệp chủ quản (văn phòng công ty hoặc tổng công ty). Khoản lỗ của đơn vị phụ thuộc thực chất là một phần lỗ trong tổng thể kết quả kinh doanh của toàn doanh nghiệp.
• Phương án xử lý lỗ khi sáp nhập đơn vị phụ thuộc: Khi doanh nghiệp thực hiện sáp nhập một hoặc nhiều đơn vị hạch toán phụ thuộc vào một đơn vị phụ thuộc khác trong cùng hệ thống, hoặc sáp nhập trực tiếp vào văn phòng công ty, số lỗ lũy kế chưa được bù trừ của đơn vị bị sáp nhập sẽ được chuyển giao toàn bộ sang đơn vị nhận sáp nhập hoặc tổng hợp về doanh nghiệp chủ quản để tiếp tục thực hiện bù trừ vào thu nhập chịu thuế của các kỳ tính thuế tiếp theo.
• Điều kiện và thời hạn chuyển lỗ: Việc chuyển lỗ của đơn vị hạch toán phụ thuộc sau khi sáp nhập phải tuân thủ nghiêm ngặt các quy định về thuế thu nhập doanh nghiệp hiện hành. Thời gian chuyển lỗ liên tục không quá thời hạn quy định của pháp luật về thuế TNDN kể từ năm tiếp sau năm phát sinh lỗ. Doanh nghiệp phải lập kế hoạch chuyển lỗ và đăng ký cụ thể với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
• Trách nhiệm kê khai và giám sát: Doanh nghiệp có trách nhiệm kê khai trung thực, chính xác số lỗ của đơn vị hạch toán phụ thuộc trước khi sáp nhập, đảm bảo có đầy đủ hóa đơn, chứng từ và sổ sách kế toán hợp lệ. Cơ quan thuế quản lý trực tiếp có nhiệm vụ kiểm tra, đối chiếu số liệu lỗ được chuyển giao để tránh việc chuyển lỗ trùng lặp hoặc khai khống số lỗ nhằm giảm nghĩa vụ thuế.

Công văn số 2639 TCT/DNNN đã tạo ra cơ sở pháp lý rõ ràng, giúp các doanh nghiệp chủ động hơn trong việc tái cơ cấu, sáp nhập các đơn vị thành viên hạch toán phụ thuộc mà không làm mất đi quyền lợi chuyển lỗ hợp pháp. Đồng thời, văn bản này cũng hỗ trợ cơ quan thuế các cấp thống nhất phương thức quản lý, giám sát chặt chẽ nghĩa vụ thuế TNDN của doanh nghiệp sau khi tổ chức lại bộ máy hoạt động.