Trả lời công văn số 4185/TC-KTr ngày 02/12/2016 của Cục Thuế tỉnh Ninh Thuận về ưu đãi thuế TNDN, công văn số 29/ĐN ngày 14/10/2016 của Công ty cổ phần giống cây trồng Đông Nam, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Tại khoản 14 Điều 1 Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/2/2015 của Chính phủ quy định:

“14. Bổ sung Khoản 3a Điều 15 như sau:

“3a. Áp dụng thuế suất 15% đối với thu nhập của doanh nghiệp trồng trọt; chăn nuôi, chế biến trong lĩnh vực nông nghiệp và thủy sản ở địa bàn không thuộc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn hoặc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn.””

- Tại khoản 2, Điều 1 Nghị định số 12/2015/NĐ-CP nêu trên quy định thu nhập miễn thuế TNDN như sau:

“1....: thu nhập của doanh nghiệp từ trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng, chế biến nông sản, thủy sản ở địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn;...

Thu nhập từ chế biến nông sản, thủy sản được ưu đãi thuế quy định tại Nghị định này phải đáp ứng đồng thời các điều kiện sau:

- Tỷ lệ giá trị nguyên vật liệu là nông sản, thủy sản trên chi phí sản xuất hàng hóa, sản phẩm từ 30% trở lên.

- Sản phẩm, hàng hóa từ chế biến nông sản, thủy sản không thuộc diện chịu thuế tiêu thụ đặc biệt, trừ trường hợp do Thủ tướng Chính phủ quyết định theo đề xuất của Bộ Tài chính”

- Tại khoản 1, Điều 6 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn:

1. Sửa đổi, bổ sung Khoản 1a Điều 8 Thông tư số 78/2014/TT-BTC như sau:

“1... Thu nhập của doanh nghiệp từ trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng, chế biến nông sản, thủy sản ở địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn;...

a) Thu nhập từ trồng trọt (bao gồm cả sản phẩm rừng trồng), chăn nuôi, nuôi trồng, chế biến nông sản, thủy sản của hợp tác xã và của doanh nghiệp được ưu đãi thuế (bao gồm ưu đãi về thuế suất, miễn giảm thuế) quy định tại Thông tư này là thu nhập từ sản phẩm do doanh nghiệp, hợp tác xã tự trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng và thu nhập từ chế biến nông sản, thủy sản (bao gồm cả trường hợp hợp tác xã, doanh nghiệp mua sản phẩm nông sản, thủy sản về chế biến).

Thu nhập của sản phẩm, hàng hóa chế biến từ nông sản, thủy sản được ưu đãi thuế (bao gồm ưu đãi về thuế suất, miễn giảm thuế) quy định tại Thông tư này phải đáp ứng đồng thời các điều kiện sau:

- Tỷ lệ giá trị nguyên vật liệu là nông sản, thủy sản trên chi phí sản xuất hàng hóa, sản phẩm (giá thành sản xuất hàng hóa, sản phẩm) từ 30% trở lên.

- Sản phẩm, hàng hóa từ chế biến nông sản, thủy sản không thuộc diện chịu thuế tiêu thụ đặc biệt, trừ trường hợp do Thủ tướng Chính phủ quyết định theo đề xuất của Bộ Tài chính.

Doanh nghiệp phải xác định riêng thu nhập sản phẩm, hàng hóa chế biến từ nông sản, thủy sản để được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp...”

- Tại khoản 2, và khoản 5 Điều 7 Thông tư số 83/2016/TT-BTC ngày 17/6/2016 của Bộ Tài chính quy định:

“2. Đối với các dự án đầu tư được cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, văn bản quyết định chủ trương đầu tư theo quy định của Nghị định số 118/2015/NĐ-CP kể từ ngày 27/12/2015 đến trước ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành thì được thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 1, Điều 2, Điều 3, Điều 4, Điều 5, Điều 6 của Thông tư này.

5. Đối với các dự án đầu tư được cấp giấy phép đầu tư, giấy chứng nhận đầu tư hoặc các giấy tờ có giá trị pháp lý tương đương do cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp trước ngày 01/7/2015 và dự án đầu tư trong nước có quy mô vốn đầu tư dưới 15 tỷ đồng thực hiện trước ngày 01/7/2015: Thực hiện chính sách ưu đãi về thuế (thuế TNDN, thuế nhập khẩu, thuế sử dụng đất phi nông nghiệp) theo quy định của văn bản pháp luật có hiệu lực trước thời điểm ngày 1/7/2015.”

Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp Công ty cổ phần giống cây trồng Đông Nam nếu có thu nhập từ hoạt động chế biến nông sản nếu đáp ứng các điều kiện quy định tại Nghị định số 12/2015/NĐ-CP và Thông tư số 96/2015/TT-BTC thì kể từ năm 2015 thu nhập từ hoạt động này được áp dụng thuế suất thuế TNDN ưu đãi. Trường hợp hoạt động thu mua sản phẩm nông nghiệp (lúa, bắp, đậu,...) tạo thành hạt giống của Công ty cổ phần giống cây trồng Đông Nam không phải là hoạt động chế biến nông sản thì không được ưu đãi thuế TNDN theo quy định nêu trên.

Trong cùng một thời gian, doanh nghiệp vừa được hưởng ưu đãi thuế TNDN do đáp ứng điều kiện về chế biến nông sản, thủy sản, vừa đáp ứng điều kiện khác (ngoài điều kiện về chế biến nông sản, thủy sản) thì doanh nghiệp được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất tương ứng với một điều kiện ưu đãi.

Tổng cục Thuế thông báo để Cục thuế tỉnh Ninh Thuận, Công ty cổ phần giống cây trồng Đông Nam biết./.