Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Tiền Giang.

Trả lời công văn số 108/CT-TTHT ngày 10/1/2017 của Cục Thuế tỉnh Tiền Giang về chính sách thuế GTGT và TNDN đối với Trung tâm Y tế dự phòng, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Về chính sách thuế:

* Thuế GTGT:

- Tại khoản 10 Điều 2 Luật phòng chống bệnh truyền nhiễm số 03/2007/QH12 ngày 21/11/2007 của Quốc Hội quy định:

“10. Vắc xin là chế phẩm chứa kháng nguyên tạo cho cơ thể khả năng đáp ứng miễn dịch, được dùng với mục đích phòng bệnh.”

- Tại khoản 9 Điều 4 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn đối tượng không chịu thuế GTGT:

“9. Dịch vụ y tế, dịch vụ thú y, bao gồm dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh, phòng bệnh cho người và vật nuôi, dịch vụ sinh đẻ có kế hoạch, dịch vụ điều dưỡng sức khỏe, phục hồi chức năng cho người bệnh, vận chuyển người bệnh, dịch vụ cho thuê phòng bệnh, giường bệnh của các cơ sở y tế; xét nghiệm, chiếu, chụp, máu và chế phẩm màu dùng cho người bệnh.”

Căn cứ quy định tại các văn bản nêu trên:

- Dịch vụ tiêm vắc xin phòng bệnh cho người là dịch vụ phòng bệnh cho người.

- Dịch vụ phòng bệnh cho người thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Theo trình bày tại công văn số 108/CT-TTHT nêu trên thì Cục Thuế tỉnh Tiền Giang đã có công văn số 318/CT-TTHT ngày 21/4/2014, trong đó hướng dẫn hoạt động tiêm vắc xin là gói dịch vụ tiêm ngừa bao gồm cả sử dụng vắc xin thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Do đó nội dung hướng dẫn về chính sách thuế GTGT tại công văn số 318/CT-TTHT nêu trên là phù hợp với quy định.

* Thuế TNDN:

- Tại khoản 5, Điều 3 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính quy định:

“5. Đơn vị sự nghiệp, tổ chức khác không phải là doanh nghiệp thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam, doanh nghiệp nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp mà các đơn vị này xác định được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ, cụ thể như sau:

+ Đối với dịch vụ (bao gồm cả lãi tiền gửi, lãi tiền cho vay): 5%.

Riêng hoạt động giáo dục, y tế, biểu diễn nghệ thuật: 2%.

+ Đối với kinh doanh hàng hóa: 1%.

+ Đối với hoạt động khác: 2%

- Tại Điều 4 Thông tư số 128/2011/TT-BTC ngày 12/9/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn thuế GTGT và thuế TNDN đối với cơ sở y tế công lập quy định:

“Điều 4. Thuế thu nhập doanh nghiệp:

1. Thu nhập được miễn thuế và thu nhập chịu thuế:

1.1. Thu nhập được miễn thuế:

Thu nhập từ khám bệnh chữa bệnh theo Khung giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh thuộc viện phí do Bộ trưởng Bộ Y tế ban hành đối với cơ sở y tế công lập trực thuộc Bộ Y tế hoặc do Chủ tịch UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương ban hành đối với cơ sở y tế công lập do địa phương quản lý; Thu nhập từ dịch vụ ăn uống dinh dưỡng lâm sàng theo chế độ bệnh tật: qua ống tiêu hóa, qua đường tĩnh mạch; Thu nhập từ dịch vụ trong lĩnh vực y tế dự phòng, kiểm nghiệm, kiểm định có thu phí, lệ phí theo quy định của Pháp lệnh phí, lệ phí; và các khoản thu nhập được miễn thuế TNDN theo quy định tại Mục VI Phần C Thông tư số 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính.

1.2. Thu nhập chịu thuế:

Thu nhập từ dịch vụ khám chữa bệnh (ngoài thu nhập quy định tại khoản 1.1 điều này) và các khoản thu nhập khác theo quy định.

2. Phương pháp tính thuế:

2.2. Trường hợp cơ sở y tế công lập hạch toán được doanh thu nhưng không hạch toán và xác định được chi phí thu nhập của từng hoạt động chịu thuế TNDN thì kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ. Cụ thể như sau:

a) Đối với dịch vụ: 5%;

...

b) Đối với kinh doanh hàng hóa: 1%

Bao gồm: bán hàng tiêu dùng, nhu yếu phẩm; bán sách báo tạp chí; bán y bạ; bán thuốc phòng bệnh, chữa bệnh và kinh doanh hàng hóa khác.

c) Đối với hoạt động khác: 2%

Bao gồm: các hoạt động dịch vụ đào tạo (trừ đào tạo nâng cao nghiệp vụ cho cán bộ trong ngành), khám bệnh chữa bệnh, chích ngừa tiêm phòng, nghiên cứu sản xuất các bộ Kit sinh phẩm chẩn đoán, xét nghiệm bệnh phẩm, sản xuất chất chuẩn, phun tẩm hóa chất, diệt côn trùng, thu sản phẩm chăn nuôi động vật thí nghiệm, thử nghiệm hóa chất, khảo sát môi trường.”

Căn cứ theo các quy định nêu trên, trường hợp Trung tâm y tế dự phòng là đơn vị sự nghiệp y tế công lập thì xác định thu nhập miễn thuế, thu nhập chịu thuế TNDN theo quy định tại Điều 4 Thông tư số 128/2011/TT-BTC của Bộ Tài chính. Nếu Trung tâm hạch toán được doanh thu nhưng không hạch toán và xác định được chi phí, thu nhập của từng hoạt động chịu thuế TNDN thì Trung tâm kê khai nộp thuế TNDN theo tỷ lệ 1% trên doanh thu đối với hoạt động bán vắc xin 2% trên doanh thu đối với hoạt động dịch vụ y tế (ngoài dịch vụ được miễn thuế theo quy định).’’’

2. Về việc xử lý kiến nghị của cơ quan KTNN:

Liên quan đến việc chấp hành kiến nghị của cơ quan Kiểm toán nhà nước, Bộ Tài chính đã có công văn số 13479/BTC-TCT ngày 23/9/2009 gửi Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương về việc kê khai bổ sung và xử lý vi phạm về thuế đối với doanh nghiệp theo kiến nghị của Kiểm toán nhà nước.

Đề nghị Cục Thuế tỉnh Kiên Giang căn cứ quy định của pháp luật về thuế và thực tế của Trung tâm y tế dự phòng để giải quyết kiến nghị của Kiểm toán nhà nước Khu vực IX theo đúng quy định

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế tỉnh Tiền Giang được biết./.