Công văn 5864/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành ngày 21 tháng 12 năm 2016 hướng dẫn về chính sách thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với hoạt động chế biến gạo. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng, giúp tháo gỡ vướng mắc cho các doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương trong việc xác định điều kiện và mức ưu đãi thuế TNDN đối với hoạt động chế biến nông sản.

Theo quy định của pháp luật thuế TNDN hiện hành (Luật số 71/2014/QH13, Nghị định số 12/2015/NĐ-CP và Thông tư số 96/2015/TT-BTC), hoạt động chế biến nông sản, thủy sản được hưởng các chính sách ưu đãi thuế suất cụ thể như sau:

• Ưu đãi thuế suất 15%: Áp dụng đối với thu nhập của doanh nghiệp từ trồng trọt, chăn nuôi, chế biến trong lĩnh vực nông nghiệp và thủy sản không thuộc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn hoặc đặc biệt khó khăn.
• Miễn thuế TNDN: Áp dụng đối với thu nhập từ hoạt động chế biến nông sản, thủy sản của hợp tác xã hoặc của doanh nghiệp hoạt động tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn.
• Thuế suất ưu đãi 10%: Áp dụng đối với thu nhập của doanh nghiệp từ hoạt động chế biến nông sản, thủy sản tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn.

Để được xác định là hoạt động chế biến nông sản (chế biến gạo) và hưởng các mức ưu đãi thuế nêu trên, doanh nghiệp phải đáp ứng đầy đủ các tiêu chí kỹ thuật và pháp lý:

• Quy trình chế biến rõ ràng: Hoạt động chế biến gạo phải trải qua quá trình tác động vật lý hoặc hóa học để biến đổi nguyên liệu đầu vào (thóc, gạo thô) thành sản phẩm thương mại (gạo thành phẩm, gạo lau bóng, gạo phân loại chất lượng cao). Hoạt động này không bao gồm việc chỉ mua đi bán lại thương mại thông thường.
• Tỷ lệ giá trị nguyên vật liệu: Sản phẩm chế biến phải có tỷ lệ giá trị nguyên vật liệu là nông sản, thủy sản trực tiếp khai thác hoặc thu mua chiếm từ 30% trở lên trong giá thành sản xuất sản phẩm.
• Hạch toán riêng biệt: Doanh nghiệp phải thực hiện hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động chế biến gạo được hưởng ưu đãi thuế TNDN. Trường hợp không hạch toán riêng được, phần thu nhập ưu đãi sẽ được xác định theo tỷ lệ doanh thu hoặc tỷ lệ chi phí hợp lý theo quy định của pháp luật thuế.

Tổng cục Thuế yêu cầu các Cục Thuế địa phương căn cứ vào tình hình thực tế của doanh nghiệp để hướng dẫn áp dụng chính sách thuế phù hợp:

• Doanh nghiệp tự xác định điều kiện ưu đãi, mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế và tự kê khai, quyết toán thuế với cơ quan thuế.
• Trường hợp doanh nghiệp thực hiện nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh khác nhau thì phải chủ động phân bổ chi phí và doanh thu một cách hợp lý để đảm bảo tính chính xác của phần thu nhập được hưởng ưu đãi.