b) Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c Khoản 3 Điều này và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì cơ sở kinh doanh lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.”

Tại khoản 1 Điều 23 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn:

“Điều 23. Khai, nộp thuế đối với hoạt động sản xuất thủy điện

1. Khai, nộp thuế GTGT đối với hoạt động sản xuất thủy điện

Cơ sở sản xuất thủy điện thực hiện kê khai thuế GTGT tại địa phương nơi đóng trụ sở chính và nộp thuế GTGT vào kho bạc địa phương nơi có nhà máy sản xuất thủy điện (nơi có tuabin, đập thủy điện và những cơ sở vật chất chủ yếu của nhà máy thủy điện). Trường hợp nhà máy thủy điện nằm chung trên địa bàn các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương thì thuế GTGT do cơ sở sản xuất thủy điện nộp ngân sách các tỉnh thực hiện theo tỷ lệ tương ứng giá trị đầu tư của nhà máy (bao gồm: tuabin, đập thủy điện và các cơ sở vật chất chủ yếu của nhà máy thủy điện) nằm trên địa bàn các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; cơ sở sản xuất thủy điện thực hiện kê khai thuế GTGT tại địa phương nơi đóng trụ sở chính đồng thời sao gửi tờ khai thuế GTGT cho cơ quan thuế địa phương nơi được hưởng nguồn thu thuế GTGT.”

Tại khoản 3 Điều 11 Thông tư số 156/2016/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ như sau: “3. Khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ

…

b) Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng tháng, quý áp dụng phương pháp khấu trừ thuế

- Tờ khai thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 01/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này;

…

Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư bao gồm:

-Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư theo mẫu số 02/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này;”

Căn cứ theo các quy định và hướng dẫn nêu trên, trường hợp Công ty cổ phần Za Hưng có trụ sở chính tại Hà Nội, đang đầu tư xây dựng dự án thủy điện Nhạn Hạc tại Nghệ An, đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì Công ty lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư thủy điện Nhạn Hạc và kê khai thuế GTGT của dự án đầu tư trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư theo mẫu số 02/GTGT, kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện trên Tờ khai thuế GTGT theo mẫu số 01/GTGT và thực hiện kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư (trên Tờ khai 02/GTGT) để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (trên Tờ khai 01/GTGT). Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của Công ty. Sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết thực hiện kê khai tại Tờ khai 02/GTGT để khấu trừ tiếp hoặc làm thủ tục hoàn thuế theo quy định pháp luật.

Tổng cục Thuế trả lời để Công ty Cổ phần Za Hưng được biết./.