Công văn 5589/TCHQ-TXNK do Tổng cục Hải quan ban hành năm 2020 là văn bản hướng dẫn quan trọng về chính sách thuế đối với doanh nghiệp chế xuất (DNCX), đặc biệt là các quy định liên quan đến điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan khi doanh nghiệp thuê kho bên ngoài để lưu giữ nguyên liệu và sản phẩm. Dưới đây là tóm tắt chi tiết và phân tích chuyên sâu các nội dung cốt lõi của văn bản này.

1. Điều kiện để doanh nghiệp chế xuất được áp dụng chính sách thuế ưu đãi

Để được hưởng chính sách thuế đối với khu phi thuế quan, doanh nghiệp chế xuất phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện giám sát hải quan nghiêm ngặt theo quy định của pháp luật:

• Phải có hàng rào cứng ngăn cách hoàn toàn với khu vực bên ngoài, có cổng, cửa ra vào để bảo đảm việc giao nhận, di chuyển hàng hóa chỉ diễn ra tại các địa điểm quy định dưới sự giám sát của cơ quan hải quan.
• Phải thiết lập hệ thống camera giám sát kết nối trực tiếp với cơ quan hải quan quản lý, bảo đảm quan sát rõ nét toàn bộ hàng hóa lưu giữ tại kho và các lối ra vào 24/7.
• Phải có phần mềm quản lý hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu, tồn kho tương thích và kết nối dữ liệu trực tuyến với cơ quan hải quan để phục vụ công tác kiểm tra, đối chiếu số liệu định kỳ.

2. Chính sách thuế đối với hàng hóa lưu giữ tại kho thuê ngoài của DNCX

Công văn hướng dẫn cụ thể về chính sách thuế nhập khẩu và thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với nguyên liệu, vật tư của DNCX khi gửi tại kho thuê ngoài:

• Về thuế nhập khẩu: Nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu của DNCX khi đưa về lưu giữ tại kho thuê ngoài (nằm ngoài khu công nghiệp, khu chế xuất) vẫn được áp dụng chính sách miễn thuế nhập khẩu, với điều kiện kho thuê ngoài này đã được cơ quan hải quan kiểm tra, xác nhận đáp ứng đủ điều kiện giám sát hải quan.
• Về thuế giá trị gia tăng (GTGT): Hàng hóa nhập khẩu từ nước ngoài đưa thẳng về kho thuê ngoài của DNCX hoặc đưa từ DNCX ra lưu giữ tại kho thuê ngoài để phục vụ hoạt động sản xuất thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.
• Trường hợp không đáp ứng điều kiện giám sát: Nếu kho thuê ngoài không đáp ứng các điều kiện giám sát hải quan hoặc chưa được cơ quan hải quan chấp thuận, hàng hóa lưu giữ tại đây sẽ không được hưởng chính sách ưu đãi thuế của khu phi thuế quan. Doanh nghiệp phải thực hiện kê khai, nộp đủ thuế nhập khẩu và thuế GTGT theo quy định như doanh nghiệp nội địa.

3. Thủ tục hải quan và công tác quản lý, giám sát

Tổng cục Hải quan yêu cầu các đơn vị hải quan địa phương và doanh nghiệp thực hiện nghiêm túc quy trình quản lý hàng hóa di chuyển giữa DNCX và kho thuê ngoài:

• DNCX có trách nhiệm thông báo bằng văn bản cho Chi cục Hải quan quản lý trực tiếp về vị trí, diện tích, thời hạn thuê kho ngoài và các biện pháp bảo đảm an ninh, giám sát tại kho trước khi đưa hàng hóa vào lưu giữ.
• Mọi hoạt động vận chuyển hàng hóa từ DNCX đến kho thuê ngoài và ngược lại phải được theo dõi chặt chẽ trên hệ thống sổ sách kế toán, chứng từ vận chuyển nội bộ và phải được tổng hợp đầy đủ trong báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư hàng năm gửi cơ quan hải quan.
• Cơ quan hải quan có quyền thực hiện kiểm tra đột xuất hoặc định kỳ đối với kho thuê ngoài để bảo đảm hàng hóa được sử dụng đúng mục đích sản xuất xuất khẩu, ngăn chặn hành vi tẩu tán hàng hóa ra thị trường nội địa để trốn thuế.

4. Trách nhiệm pháp lý của doanh nghiệp chế xuất

Để bảo đảm tính tuân thủ pháp luật và tránh các rủi ro bị truy thu thuế, doanh nghiệp chế xuất cần lưu ý:

• Chỉ được sử dụng nguyên liệu, vật tư lưu giữ tại kho thuê ngoài cho mục đích sản xuất, gia công hàng hóa xuất khẩu của chính doanh nghiệp, không được sử dụng cho mục đích khác khi chưa được phép.
• Không được tự ý bán, thanh lý, tiêu hủy hoặc chuyển nhượng hàng hóa tại kho thuê ngoài vào thị trường nội địa mà không khai báo hải quan và nộp đủ các khoản thuế phát sinh theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.