Liên quan đến kiến nghị của các Công ty về việc truy thu thuế đối với các tờ khai nhập khẩu mặt hàng xăng dầu đăng ký từ thời điểm 14/9/2016 đến trước ngày 09/3/2017 do không đủ cơ sở áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt, Tổng cục Hải quan trao đổi thông tin với các Công ty như sau:

I. Lĩnh vực quản lý của cơ quan hải quan:

1. Nguyên tắc áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt:

Theo quy định, hàng hóa có xuất xứ từ nước hoặc nhóm nước có thỏa thuận về áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt với Việt Nam theo quy định của pháp luật Việt Nam và theo các Điều ước quốc tế mà Việt Nam ký kết hoặc tham gia, nếu người khai hải quan muốn được hưởng các chế độ ưu đãi đó, người khai hải quan cần phải nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ (C/O) cho cơ quan hải quan. Như vậy, để được áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt, C/O là chứng từ bắt buộc phải nộp cho cơ quan hải quan để xem xét áp dụng mức thuế suất ưu đãi đặc biệt.

2. Căn cứ pháp lý:

2.1. Về cam kết quốc tế:

a) Về thời điểm nộp C/O: Quy tắc 13 Phụ lục 8 Hiệp định thương mại hàng hóa ASEAN thì thời hạn nộp C/O được quy định như sau:

“1. Để được hưởng ưu đãi thuế quan, tại thời điểm làm thủ tục nhập khẩu, người nhập khẩu phải nộp cho cơ quan hải quan nước nhập khẩu tờ khai, C/O kèm các chứng từ chứng minh (như hóa đơn thương mại và vận đơn chở suốt được cấp trên lãnh thổ của nước thành viên xuất khẩu khi được yêu cầu) và các tài liệu khác theo quy định của pháp luật nước thành viên nhập khẩu.”

b) Về thời hạn hiệu lực của C/O: Quy tắc 14, Phụ lục 8 của Hiệp định ATIGA quy định:

“C/O có hiệu lực trong vòng mười hai (12) tháng kể từ ngày cấp, và phải được nộp cho cơ quan Hải quan Nước thành viên nhập khẩu trong thời hạn đó”.

Theo đó, thời điểm nộp C/O được quy định cụ thể trong cam kết quốc tế là tại thời điểm làm thủ tục hải quan. Hiệu lực C/O là 12 tháng kể từ ngày cấp. C/O cần phải nộp tại thời điểm làm thủ tục hải quan và phải còn giá trị hiệu lực tại thời điểm nộp.

c) Chương quy tắc xuất xứ của Hiệp định được nội luật hóa theo quy định tại Thông tư số 21/2010/TT-BCT (được thay thế bởi Thông tư số 22/2016/TT-BCT, cụ thể:

“Để được hưởng ưu đãi thuế quan, tại thời điểm làm thủ tục nhập khẩu, Người nhập khẩu phải nộp cho cơ quan Hải quan nước nhập khẩu tờ khai, C/O mẫu D, kèm các chứng từ chứng minh....” (Điều 13, Phụ lục 7)

“C/O có hiệu lực trong vòng mười hai (12) tháng kể từ ngày cấp, và phải được nộp cho cơ quan Hải quan Nước thành viên nhập khẩu trong thời hạn đó...” (Điều 14, Phụ lục 7)

Quy định trên hướng dẫn để được áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt, thời điểm nộp C/O là thời điểm làm thủ tục hải quan và C/O phải còn giá trị hiệu lực tại thời điểm nộp.

2.2 Về việc áp dụng Điều ước quốc tế:

- Khoản 1 Điều 5 Luật Hải quan: “1. Trong trường hợp điều ước quốc tế mà Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên có quy định khác với quy định của Luật này thì áp dụng quy định của điều ước quốc tế đó”.

- Điều 4 Nghị định số 19/2006/NĐ-CP ngày 20/2/2006 hướng dẫn Luật Thương mại về xuất xứ hàng hóa về việc thực hiện quy tắc xuất xứ ưu đãi theo các điều ước quốc tế:

“Việc xác định xuất xứ hàng hóa xuất khẩu, hàng hóa nhập khẩu để được hưởng chế độ ưu đãi về thuế quan và phi thuế quan được áp dụng theo các Điều ước quốc tế mà Việt Nam ký kết hoặc gia nhập và các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan quy định chi tiết việc thi hành các Điều ước này.”

2.3. Quy định trong nước về thời điểm nộp C/O:

- Điều 13, Nghị định số 19/2006/NĐ-CP ngày 20/2/2006 hướng dẫn Luật Thương mại về xuất xứ hàng hóa quy định các trường hợp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa nhập khẩu phải nộp cho cơ quan hải quan:

“Trong những trường hợp sau, Giấy chứng nhận xuất xứ đối với hàng hóa nhập khẩu phải nộp cho cơ quan Hải quan tại thời điểm làm thủ tục hải quan:

1. Hàng hóa có xuất xứ từ nước hoặc nhóm nước được Việt Nam cho hưởng các ưu đãi về thuế quan và phi thuế quan theo quy định của pháp luật Việt Nam và theo các Điều ước quốc tế mà Việt Nam ký kết hoặc gia nhập, nếu người nhập khẩu muốn được hưởng các chế độ ưu đãi đó.”

Điều 13 Nghị định 19/2006/NĐ-CP quy định nộp cho cơ quan hải quan tại thời điểm làm thủ tục hải quan Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa có xuất xứ từ nước hoặc nhóm nước được Việt Nam cho các ưu đãi về thuế quan và phi thuế quan theo quy định để được hưởng ưu đãi thuế.

2.4. Về thẩm quyền hướng dẫn xác định xuất xứ:

- Khoản 3 Điều 27 Luật Hải quan: “Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định thủ tục, thẩm quyền, thời hạn xác định xuất xứ hàng hóa.”

- Khoản 4 Điều 24 Luật Hải quan: “Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định mẫu tờ khai hải quan, việc sử dụng tờ khai hải quan và chứng từ thay thế tờ khai hải quan, các trường hợp phải nộp, xuất trình chứng từ có liên quan quy định tại khoản 1 Điều 24”.

Theo đó, Bộ trưởng Bộ Tài chính có thẩm quyền hướng dẫn về thời điểm nộp, xuất trình C/O. Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 quy định về thủ tục hải quan trong đó điểm a, khoản 2, Điều 26 quy định về thời điểm nộp C/O để áp dụng ưu đãi đặc biệt, cụ thể:

“Người khai hải quan nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa nhập khẩu cho cơ quan hải quan theo quy định tại điểm g khoản 2 Điều 16 Thông tư này tại thời điểm nộp bộ hồ sơ hải quan hoặc trong thời hạn theo quy định tại các Điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên…..”

Bên cạnh đó, trong những trường hợp khẩn cấp để kịp thời áp dụng những chính sách quản lý phù hợp theo thẩm quyền, Bộ Tài chính hướng dẫn dưới dạng văn bản hành chính. Đây là thực tế quản lý phát sinh trong giai đoạn trước đây trong quản lý điều hành và các nội dung hướng dẫn thuộc thẩm quyền xử lý của Bộ Tài chính, phù hợp với cam kết quốc tế và quy định trong nước. Nội dung này vẫn đang được quy định tại khoản 2, Điều 26 Nghị định số 31/2018/NĐ-CP ngày 8/3/2018 và khoản 1, Điều 4 Thông tư số 38/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018.

Trong khoảng thời gian từ tháng 9/2016, xăng dầu là hàng hóa thuộc hoạt động điều tiết giá, mức thuế suất thuế nhập khẩu được sử dụng tính giá cơ sở để điều hành giá bán lẻ xăng dầu là mức thuế suất bình quân gia quyền, dựa trên số thuế xác định tại thời điểm nhập khẩu. Để phù hợp với chính sách quản lý điều hành về giá cơ sở, Bộ Tài chính đã hướng dẫn riêng đối với mặt hàng xăng dầu để kịp thời áp dụng chính sách quản lý là đúng quy định. Nội dung hướng dẫn tại công văn thuộc thẩm quyền của Bộ Tài chính và tuân thủ cam kết trong Hiệp định ATIGA.

Như vậy, nội dung hướng dẫn tại công văn số 12802/BTC-TCHQ là đúng thẩm quyền của Bộ Tài chính, tuân thủ cam kết trong Hiệp định ATIGA và quy định pháp luật trong nước. Theo đó, cơ quan hải quan tiến hành truy thu số tiền thuế đối với các lô hàng xăng dầu nhập khẩu không nộp C/O tại thời điểm làm thủ tục hải quan là đúng quy định.

II. Ý kiến tham gia của Tổng cục Thuế:

Sau khi các doanh nghiệp thực hiện nộp thuế khâu nhập khẩu (Thuế GTGT, Thuế nhập khẩu), doanh nghiệp đã kê khai khấu trừ thuế GTGT hàng nhập khẩu. Khi cơ quan Hải quan hoàn lại thì doanh nghiệp thực hiện kê khai điều chỉnh giảm khấu trừ số thuế GTGT tương ứng, cụ thể:

1. Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp:

Công ty cổ phần thương mại dầu khí Đồng Tháp kê khai khấu trừ thuế GTGT hàng nhập khẩu số tiền 7.345.179.204 đồng, khi cơ quan Hải quan hoàn lại thuế GTGT hàng nhập khẩu, doanh nghiệp đã kê khai điều chỉnh giảm khấu và phát sinh số thuế GTGT phải nộp tương ứng là 7.345.179.204 đồng.

2. Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh:

- Công ty cổ phần tập đoàn Dương Đông kê khai khấu trừ thuế GTGT hàng nhập khẩu số tiền 293.894.782 đồng, khi cơ quan Hải quan hoàn lại thuế GTGT hàng nhập khẩu, doanh nghiệp đã kê khai điều chỉnh giảm khấu trừ số tiền tương ứng, doanh nghiệp không phát sinh số thuế GTGT nộp khi điều chỉnh.

- Tổng công ty Dầu Việt Nam kê khai khấu trừ số thuế GTGT hàng nhập khẩu số tiền 1.099.435.255 đồng, khi cơ quan Hải quan hoàn lại thuế GTGT hàng nhập khẩu, doanh nghiệp đã kê khai điều chỉnh giảm khấu trừ số tiền tương ứng, doanh nghiệp không phát sinh số thuế GTGT nộp khi điều chỉnh.

3. Cục Thuế TP Hà Nội:

Tập đoàn xăng dầu Việt Nam kê khai khấu trừ thuế GTGT hàng nhập khẩu số tiền 589.359.434 đồng, khi cơ quan Hải quan hoàn lại thuế GTGT hàng nhập khẩu, Tập đoàn không kê khai điều chỉnh giảm khấu trừ thuế GTGT được hoàn trên.

Năm 2019, khi cơ quan Hải quan ban hành quyết định truy thu tiền thuế nhập khẩu, thuế GTGT nhập khẩu của các tờ khai trên, các doanh nghiệp chưa kê khai khấu trừ thuế GTGT theo quyết định truy thu của cơ quan Hải quan, chưa tính vào giá vốn đối với các số thuế hàng nhập khẩu trên.

Tổng cục Hải quan trả lời để các Công ty được biết./.