Công văn 5435/TCT-CS năm 2023 do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng gửi đến các Cục Thuế địa phương nhằm làm rõ các quy định và giải quyết vướng mắc liên quan đến chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT), đặc biệt là công tác hoàn thuế GTGT đối với các dự án đầu tư của doanh nghiệp.

Cơ sở pháp lý áp dụng trong văn bản

Tổng cục Thuế đưa ra các hướng dẫn dựa trên hệ thống văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT và đầu tư đang có hiệu lực thi hành, bao gồm:

• Luật Thuế giá trị gia tăng và các văn bản sửa đổi, bổ sung liên quan qua các thời kỳ.
• Nghị định số 209/2013/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng.
• Nghị định số 49/2022/NĐ-CP của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 209/2013/NĐ-CP, tập trung vào các quy định về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện.
• Thông tư số 219/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng.

Nguyên tắc hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

Văn bản nhấn mạnh các nguyên tắc cốt lõi để cơ sở kinh doanh được xét hoàn thuế GTGT đầu vào trong quá trình thực hiện dự án đầu tư:

• Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư) đang trong giai đoạn đầu tư thì được hoàn thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư.
• Số thuế GTGT đầu vào lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào dùng cho đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sẽ thuộc diện được xem xét hoàn thuế GTGT theo quy định.
• Dự án đầu tư phải được thực hiện theo đúng tiến độ, quy mô và các nội dung đã đăng ký tại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc quyết định chủ trương đầu tư của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

Quy định hoàn thuế đối với ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện

Đây là nội dung trọng tâm được Tổng cục Thuế hướng dẫn chi tiết nhằm tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp hoạt động trong các lĩnh vực đặc thù:

• Trường hợp dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh thuộc ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng chưa được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy phép kinh doanh ngành, nghề có điều kiện, hoặc chưa được cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh, thì chưa đủ điều kiện để được hoàn thuế GTGT theo quy định tại Nghị định số 49/2022/NĐ-CP.
• Doanh nghiệp có trách nhiệm hoàn thiện đầy đủ các thủ tục pháp lý, giấy phép con, chứng chỉ hành nghề hoặc văn bản chấp thuận có liên quan từ cơ quan quản lý chuyên ngành trước khi nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT cho giai đoạn đầu tư.
• Cơ quan thuế địa phương có nhiệm vụ rà soát, đối chiếu chặt chẽ giữa thực tế triển khai dự án và việc đáp ứng các điều kiện kinh doanh của doanh nghiệp để đảm bảo việc hoàn thuế được thực hiện đúng đối tượng, đúng quy định pháp luật, tránh thất thoát ngân sách nhà nước.

Hướng dẫn tổ chức thực hiện cho cơ quan thuế và người nộp thuế

Để đảm bảo tính thống nhất trong việc áp dụng chính sách thuế trên toàn quốc, Tổng cục Thuế yêu cầu:

• Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương căn cứ vào hồ sơ thực tế của người nộp thuế, đối chiếu với các quy định pháp luật tại thời điểm phát sinh nghĩa vụ thuế để hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện quyền lợi và nghĩa vụ thuế đúng quy định.
• Người nộp thuế phải thực hiện kê khai trung thực, đầy đủ, cung cấp kịp thời các hồ sơ, tài liệu chứng minh quyền sở hữu hợp pháp đối với dự án đầu tư, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt và các giấy phép liên quan khi thực hiện thủ tục hoàn thuế GTGT.