Công văn 5294/TCT-KK do Tổng cục Thuế ban hành năm 2019 là văn bản hướng dẫn quan trọng về chính sách hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với dự án đầu tư. Văn bản này giải quyết các vướng mắc thực tế của doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương trong quá trình phân loại, kiểm tra và thực hiện thủ tục hoàn thuế GTGT cho các dự án đầu tư mới hoặc dự án đầu tư mở rộng.

1. Điều kiện được hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư

Theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế, cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ sẽ được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện cốt lõi sau:

• Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư hoặc cơ sở kinh doanh đang hoạt động có dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư chia thành nhiều giai đoạn hoặc nhiều hạng mục) tại cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính.
• Dự án đầu tư phải đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh và chưa đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế.
• Có số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư lũy kế chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên.
• Dự án đầu tư phải được thực hiện theo đúng tiến độ quy định tại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc quyết định chủ trương đầu tư của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.

2. Các trường hợp không được hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư

Công văn 5294/TCT-KK nhấn mạnh các trường hợp không được áp dụng chính sách hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư mà phải chuyển số thuế chưa được khấu trừ vào kỳ tiếp theo, bao gồm:

• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật về doanh nghiệp.
• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng chưa đáp ứng đủ điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư (chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành nghề có điều kiện, giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh, hoặc chưa có văn bản chấp thuận của cơ quan có thẩm quyền).
• Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.

3. Hướng dẫn phương thức kê khai và bù trừ thuế giá trị gia tăng

Tổng cục Thuế hướng dẫn chi tiết cách thức xử lý số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư tùy thuộc vào địa bàn thực hiện dự án:

• Trường hợp dự án đầu tư tại cùng tỉnh, thành phố với trụ sở chính: Cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai riêng cho dự án đầu tư trên tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư (Mẫu số 02/GTGT). Số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư phải được bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện tại trụ sở chính. Sau khi bù trừ, nếu số thuế GTGT đầu vào còn lại chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì mới được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
• Trường hợp dự án đầu tư tại tỉnh, thành phố khác với nơi đóng trụ sở chính: Nếu dự án đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh và chưa đăng ký thuế, chủ đầu tư phải lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và nộp cho cơ quan thuế nơi có dự án đầu tư. Trường hợp có số thuế GTGT đầu vào lũy kế từ 300 triệu đồng trở lên thì được xét hoàn thuế tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp dự án đầu tư đó.

4. Trách nhiệm của người nộp thuế và cơ quan thuế quản lý

Để đảm bảo việc hoàn thuế GTGT được thực hiện đúng quy định pháp luật, tránh thất thoát ngân sách nhà nước, văn bản quy định rõ trách nhiệm của các bên:

• Đối với người nộp thuế: Phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của hồ sơ hoàn thuế, tiến độ thực hiện dự án, việc góp vốn điều lệ cũng như việc tuân thủ các điều kiện pháp lý về đầu tư và đất đai.
• Đối với cơ quan thuế: Có trách nhiệm kiểm tra, đối chiếu chặt chẽ thông tin trên hồ sơ hoàn thuế với thực tế triển khai dự án đầu tư. Cơ quan thuế cần phối hợp với các cơ quan chức năng liên quan để xác minh tính pháp lý của dự án, tiến độ góp vốn và các điều kiện kinh doanh trước khi ban hành quyết định hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp.