Công văn 46410/CT-TTHT do Cục Thuế thành phố Hà Nội ban hành hướng dẫn chi tiết về chính sách thuế GTGT và quy định sử dụng hóa đơn áp dụng cho các cơ sở y tế, bệnh viện khi thực hiện cung cấp dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh.

- Chính sách thuế Giá trị gia tăng (GTGT) đối với dịch vụ y tế

• Dịch vụ y tế, dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh cho người và vật nuôi, bao gồm cả dịch vụ xét nghiệm, chiếu, chụp, máu và chế phẩm máu dùng cho bệnh nhân thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo quy định tại Thông tư 219/2013/TT-BTC.
• Đối với các hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ khác không thuộc danh mục dịch vụ y tế khám chữa bệnh (như bán thuốc, vật tư y tế thương mại, dịch vụ chăm sóc thẩm mỹ theo yêu cầu không nằm trong phác đồ điều trị...), cơ sở y tế phải kê khai và nộp thuế GTGT theo thuế suất quy định tương ứng.

- Quy định về lập và xuất hóa đơn tại các cơ sở y tế

• Khi cung cấp dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh, cơ sở y tế có nghĩa vụ lập hóa đơn giao cho người đến khám, chữa bệnh theo đúng quy định pháp luật về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ.
• Đối với dịch vụ khám chữa bệnh thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT: Trên hóa đơn GTGT, tại dòng thuế suất thuế GTGT và tiền thuế GTGT không ghi, sử dụng dấu gạch chéo hoặc ghi rõ không chịu thuế (KCT) theo hướng dẫn.
• Nội dung trên hóa đơn phải phản ánh chính xác tên dịch vụ y tế, số lượng, đơn giá và tổng số tiền thanh toán thực tế.

- Hướng dẫn xử lý trường hợp người bệnh không lấy hóa đơn

• Trường hợp cung cấp dịch vụ khám chữa bệnh có giá trị thanh toán dưới 200.000 đồng mỗi lần, cơ sở y tế không bắt buộc phải lập hóa đơn từng lần (trừ khi người mua yêu cầu lập và giao hóa đơn). Cuối ngày, cơ sở y tế lập 01 hóa đơn chung ghi nhận tổng doanh thu khám chữa bệnh trong ngày.
• Trường hợp dịch vụ khám chữa bệnh có giá trị từ 200.000 đồng trở lên mỗi lần, nếu người bệnh không lấy hóa đơn hoặc không cung cấp thông tin (tên, địa chỉ, mã số thuế), cơ sở y tế vẫn phải lập hóa đơn và ghi rõ "người mua không lấy hóa đơn" hoặc "người mua không cung cấp tên, địa chỉ".

- Trách nhiệm kê khai và lưu trữ hồ sơ chứng từ của cơ sở y tế

• Cơ sở y tế phải theo dõi, hạch toán riêng doanh thu của hoạt động khám chữa bệnh không chịu thuế GTGT và doanh thu của các hoạt động chịu thuế GTGT (nếu có).
• Toàn bộ hóa đơn đã lập phải được lưu trữ, quản lý và kê khai thuế định kỳ theo đúng quy định hiện hành của pháp luật về quản lý thuế.