Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Phú Yên

Tổng cục Thuế nhận được Công văn số 3578/CT-KTT ngày 10/9/2018 của Cục Thuế tỉnh Phú Yên về việc điều chỉnh thuế giá trị gia tăng (GTGT) vãng lai liên quan đến Công ty cổ phần Sông Đà 10 (mã số thuế 5900189357; địa chỉ: tầng 10-11, tòa nhà Sông Đà, đường Phạm Hùng, quận Nam Từ Liêm, Hà Nội). Về việc này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ hướng dẫn tại Điểm a và Điểm e Khoản 1 Điều 2 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế GTGT và quản lý thuế tại Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 27/02/2015 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của các Nghị định về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ;

Căn cứ hướng dẫn tại Khoản 3 Điều 28, Điều 33 và Điều 58 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ;

Căn cứ hướng dẫn tại Công văn số 5406/BTC-TCT ngày 23/4/2015 của Bộ Tài chính về việc khấu trừ thuế GTGT theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC và Thông tư số 119/2014/TT-BTC.

Căn cứ các hướng dẫn trên, trường hợp Công ty cổ phần đầu tư Đèo Cả (chủ đầu tư) ký hợp đồng số 2608/2013/HĐTCXL-ĐC và các phụ lục hợp đồng có liên quan về việc thi công công trình xây dựng Hầm Đèo Cổ Mã (Km11+159,07 đến Km12+179,07) thuộc địa bàn huyện Vạn Ninh, tỉnh Khánh Hòa bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước (NSNN) với Công ty cổ phần Sông Đà 10 (nhà thầu; trụ sở chính tại thành phố Hà Nội) thì:

1. Công ty cổ phần đầu tư Đèo Cả khi làm thủ tục thanh toán công trình xây dựng với Kho bạc nhà nước (KBNN) tỉnh Phú Yên (nơi Công ty cổ phần đầu tư Đèo Cả mở tài khoản giao dịch) có trách nhiệm kê khai chi tiết các thông tin về tên, mã số thuế của nhà thầu xây dựng, cơ quan thuế địa phương quản lý nơi có công trình xây dựng và KBNN hạch toán thu để KBNN tỉnh Phú Yên thực hiện khấu trừ thuế GTGT và hạch toán thu NSNN. Theo quy định, công trình xây dựng phát sinh tại địa phương cấp tỉnh nào thì số thuế GTGT khấu trừ sẽ được hạch toán vào NSNN địa phương cấp tỉnh đó.

Căn cứ vào hồ sơ chứng từ thanh toán công trình xây dựng đã được KBNN tỉnh Phú Yên phê duyệt, KBNN tỉnh Phú Yên thực hiện khấu trừ số thuế GTGT theo tỷ lệ 2% trên số tiền thanh toán từ nguồn vốn NSNN của công trình để nộp và hạch toán thu NSNN cấp tỉnh có liên quan; cụ thể trường hợp này là KBNN tỉnh Khánh Hòa. Theo quy định, trường hợp người nộp thuế chứng minh đã nộp tiền thuế vào NSNN thì không thuộc phạm vi KBNN khấu trừ thuế tương ứng số đã thực nộp. Việc KBNN tỉnh Phú Yên đã hạch toán ghi thu NSNN tỉnh Phú Yên đối với số thuế GTGT khấu trừ 2% trên tổng số tiền thanh toán từ nguồn vốn NSNN cho công trình xây dựng Hầm Đèo Cổ Mã của người nộp thuế là Công ty cổ phần Sông Đà 10 là không đúng quy định.

2. Trường hợp Công ty cổ phần Sông Đà 10 đã nộp thuế GTGT vãng lai đối với công trình tại Chi cục Thuế huyện Vạn Ninh, tỉnh Khánh Hòa, đồng thời cơ quan có thẩm quyền đã quyết toán NSNN tỉnh Phú Yên năm có liên quan, thì Tổng cục Thuế đề nghị:

- Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa chủ trì phối hợp với KBNN tỉnh Khánh Hòa, Công ty cổ phần đầu tư Đèo Cả, Công ty cổ phần Sông Đà 10 rà soát, xác định đúng nghĩa vụ kê khai thuế GTGT vãng lai tại tỉnh Khánh Hòa đối với hoạt động xây dựng công trình của Công ty cổ phần Sông Đà 10; số tiền thuế GTGT phát sinh phải nộp, đã nộp, còn phải nộp của công trình vào NSNN tỉnh Khánh Hòa theo quy định. Trên cơ sở đó, Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa có văn bản xác nhận nghĩa vụ thuế GTGT vãng lai còn phải nộp đối với công trình xây dựng gửi Cục Thuế tỉnh Phú Yên.

- Số tiền thuế KBNN tỉnh Phú Yên đã hạch toán ghi thu vào NSNN tỉnh Phú Yên không đúng quy định là số tiền thuế nộp thừa của Công ty cổ phần Sông Đà 10 và Công ty có quyền xử lý tiền thuế nộp thừa theo quy định tại Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành. Trường hợp Công ty có văn bản đề nghị hoàn trả tiền thuế nộp thừa thì Cục Thuế tỉnh Phú Yên căn cứ vào các chứng từ thanh toán, văn bản xác nhận của Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa nêu trên để giải quyết hoàn trả theo hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều 58 Thông tư số 156/2013/TT-BTC với nguồn chi từ NSNN tỉnh Phú Yên năm hoàn trả. Công ty không bị tính tiền chậm nộp đối với số tiền thuế GTGT vãng lai còn phải nộp của công trình tại tỉnh Khánh Hòa kể từ ngày KBNN tỉnh Phú Yên đã hạch toán ghi thu không đúng quy định.

Tổng cục Thuế thông báo để Cục Thuế tỉnh Phú Yên được biết, thực hiện./.