b) Đối với kinh doanh hàng hóa là 1%;

c) Đối với hoạt động khác là 2%.”

- Căn cứ Điều 3 Thông tư số 64/2013/TT-BTC ngày 15/05/2013 của Bộ Tài Chính hướng dẫn về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ quy định về loại và hình thức hóa đơn:

“…

b) Hóa đơn bán hàng dùng cho các đối tượng sau đây:

- Tổ chức, cá nhân khai, tính thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp khi bán hàng hóa, dịch vụ trong nội địa, xuất vào khu phi thuế quan và các trường hợp được coi như xuất khẩu (mẫu số 3. 2 Phụ lục 3 và mẫu số 5. 2 Phụ lục 5 ban hành kèm theo Thông tư này).

…

- Căn cứ Thông tư 219/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về về thuế giá trị gia tăng (GTGT):

+ Tại Khoản 2 Điều 13 quy định về phương pháp trực tiếp trên giá trị gia tăng:

2. Số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng bằng tỷ lệ % nhân với doanh thu áp dụng như sau:

a) Đối tượng áp dụng:

…

- Tổ chức kinh tế khác không phải là doanh nghiệp, hợp tác xã, trừ trường hợp đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ.

b) Tỷ lệ % để tính thuế GTGT trên doanh thu được quy định theo từng hoạt động như sau:

…

- Dịch vụ, xây dựng không bao thầu nguyên vật liệu: 5%;

…

c) Doanh thu để tính thuế GTGT là tổng số tiền bán hàng hóa, dịch vụ thực tế ghi trên hóa đơn bán hàng đối với hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT bao gồm các khoản phụ thu, phí thu thêm mà cơ sở kinh doanh được hưởng.

Trường hợp cơ sở kinh doanh có doanh thu bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT và doanh thu hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu thì không áp dụng tỷ lệ (%) trên doanh thu đối với doanh thu này.

...”

Căn cứ quy định trên, trường hợp Trung tâm là đơn vị sự nghiệp có thu thì từ ngày 01/01/2014 Trung tâm thuộc đối tượng kê khai thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp (Trung tâm không gửi mẫu 06/GTGT ban hành kèm Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ tại cơ quan thuế), khi thu phí kiểm định an toàn kỹ thuật và chất lượng phương tiện thủy nội địa (phí không thuộc Ngân sách Nhà nước thuộc đối tượng chịu thuế GTGT và thuế TNDN) Trung tâm phải sử dụng hóa đơn bán hàng để xuất giao cho khách hàng và kê khai nộp thuế GTGT theo tỷ lệ % tính trên doanh thu là 5%.

Trường hợp từ ngày 01/01/2014 đến ngày 23/04/2014 khi thu các khoản phí nêu trên Trung tâm đã lập hóa đơn GTGT và kê khai nộp thuế theo phương pháp khấu trừ là không đúng quy định, về nguyên tắc Trung tâm và người mua phải lập biên bản thu hồi các hóa đơn GTGT đã xuất và lập hóa đơn bán hàng thay thế, trường hợp Trung tâm theo trình bày có một số hóa đơn đã xuất cho các cá nhân (chủ ghe, thuyền) nên việc thu hồi liên 2 không thể thực hiện được thì Trung tâm phải kê khai nộp thuế GTGT theo thuế suất 10% và không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Về việc kê khai nộp thuế TNDN, trường hợp Trung tâm có thu nhập chịu thuế TNDN, hạch toán được doanh thu và chi phí thì Trung tâm thực hiện kê khai nộp thuế theo phương pháp kê khai quy định tại Khoản 1 Điều 11 Nghị định 218/2013/NĐ-CP nêu trên. Trường hợp trong năm 2013 nếu Trung tâm có tổng doanh thu không quá 20 tỷ đồng thì áp dụng thuế suất thuế TNDN là 20%.

Cục Thuế TP thông báo cho Trung tâm biết để thực hiện theo đúng quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật đã được trích dẫn tại văn bản này. /.