Kính gửi: Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh

Trả lời công văn số 5865/CT-KTT ngày 22/6/2017 của Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh về việc hủy tờ khai quyết toán 02A/QT-LNCL của Công ty TNHH MTV Dược Sài gòn (Công ty), Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Căn cứ pháp lý:

- Căn cứ Khoản 1 Điều 2 Thông tư số 187/2013/TT-BTC ngày 5/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Nghị định số 204/2013/NĐ-CP quy định:

“1. Doanh nghiệp thực hiện nộp ngân sách nhà nước phần lợi nhuận còn lại theo quy định tại Điều này gồm:

- Công ty TNHH MTV là công ty mẹ của các tập đoàn kinh tế;

- Công ty TNHH MTV là công ty mẹ của tổng công ty nhà nước;

- Công ty TNHH MTV là công ty mẹ trong mô hình công ty mẹ - công ty con…”

- Căn cứ Khoản 4 Điều 2 Thông tư số 187/2013/TT-BTC ngày 5/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Nghị định số 204/2013/NĐ-CP quy định:

“4. Khai, nộp ngân sách nhà nước

Doanh nghiệp quy định tại khoản 1 Điều này (trừ SCIC) kê khai tạm tính và kê khai quyết toán với cơ quan thuế nơi kê khai, nộp thuế thu nhập doanh nghiệp số lợi nhuận còn lại quy định tại Điều này theo Tờ khai mẫu số 02A/TT-LNCL (đối với khai tạm tính) và Tờ khai mẫu số 02A/QT-LNCL (đối với khai quyết toán) ban hành kèm theo Thông tư này”

- Căn cứ Điểm 5, Điều 10 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn:

“Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế ...nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế sau kiểm tra, thanh tra”

2. Căn cứ dữ liệu thực tế:

Theo dữ liệu trong hệ thống ứng dụng quản lý thuế tập trung của ngành thuế (TMS):

- Công ty đã thực hiện tự kê khai, tự nộp lợi nhuận còn lại tại Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh với số liệu như sau:

+ Tờ khai quyết toán mẫu số 02A/QT-LNCL (tờ khai lần đầu nộp ngày 30/3/2015 và tờ khai bổ sung lần 1 nộp ngày 30/5/2016), số lợi nhuận còn lại phát sinh phải nộp NSNN năm 2015 là 2.000.020.717 đồng;

+ Công ty có chứng từ nộp tiền ngày 24/5/2016 với số tiền 2.000.020.717 đồng.

- Công ty đã thực hiện Quyết định số 122/QĐ-TTr ngày 26/8/2016 của Thanh tra Bộ Tài chính, nộp số lợi nhuận còn lại phải nộp NSNN vào tài khoản tạm giữ 3941.0.9063227.00000 của Thanh tra Bộ Tài chính mở tại Sở giao dịch Kho bạc Nhà nước: Chứng từ nộp tiền ngày 24/10/2016 với số tiền là 104.670.215.067 đồng.

- Theo nội dung công văn số 227/SPC-TCKT của Công ty TNHH một thành viên dược Sài Gòn: “... cùng nội dung nộp lợi nhuận sau thuế năm 2015, công ty đã nộp dư 2.000.020.717 đồng”.

- Quyết định số 65/QĐ-TTr ngày 1/6/2016, Kết luận thanh tra số 719/KL-TTr ngày 18/8/2016 của Thanh tra Bộ Tài chính.

3. Ý kiến của Tổng cục Thuế

Căn cứ nội dung nêu trên, Công ty đã thực hiện tự khai tự nộp số lợi nhuận còn lại năm 2015 trước ngày Thanh tra Bộ Tài chính ban hành Quyết định số 65/QĐ-TTr ngày 1/6/2016 và Kết luận thanh tra số 719/KL-TTr ngày 18/8/2016 về việc thanh tra tài chính tại Công ty TNHH MTV Dược Sài Gòn. Vì vậy, Tổng cục Thuế đề nghị Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh và Công ty TNHH MTV Dược Sài Gòn phối hợp kiểm tra, rà soát để xác nhận chính xác số lợi nhuận còn lại phải nộp NSNN trong năm 2015; kiểm tra, rà soát lại khoản thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp, thuế giá trị gia tăng phải nộp theo kết luận của Thanh tra và việc xử lý vi phạm hành chính, chậm nộp liên quan đến nghĩa vụ thuế của Công ty (nếu có).

Trường hợp xác định nộp trùng số lợi nhuận còn lại của năm 2015 thì thực hiện như sau:

(1) Giữ nguyên số đã hạch toán phát sinh theo Tờ khai quyết toán bổ sung lần 1 ngày 30/5/2016 của Công ty.

(2) Hạch toán số phải nộp tăng thêm theo kết quả thanh tra của Bộ Tài chính là số chênh lệch giữa 104.670.215.067 đồng trừ đi số Công ty đã tự kê khai 2.000.020.717 đồng.

(3) Theo đó, số tiền Công ty đã nộp được trừ nợ cho nghĩa vụ được hạch toán theo điểm (1) và (2) nêu trên. Trường hợp phát sinh số lợi nhuận sau thuế nộp thừa, Công ty được lựa chọn xử lý theo quy định tại Điều 33 Thông tư số 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh biết và thực hiện./.