Công văn 4036/GSQL-GQ1 năm 2018 do Cục Giám sát quản lý về Hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm giải quyết các vướng mắc liên quan đến thủ tục hải quan, quyền nhập khẩu và nghĩa vụ thuế đối với hàng hóa nhập khẩu phục vụ dự án theo hợp đồng thầu. Dưới đây là tóm tắt chi tiết các nội dung cốt lõi của văn bản:

- Quyền thực hiện nhập khẩu và đối tượng đứng tên trên tờ khai hải quan

• Xác định chủ thể khai hải quan: Việc xác định đơn vị đứng tên trên tờ khai hải quan phải căn cứ vào thỏa thuận cụ thể trong hợp đồng thầu được ký kết giữa chủ đầu tư và nhà thầu. Đối tượng thực hiện quyền nhập khẩu có thể là chủ đầu tư trực tiếp hoặc nhà thầu trúng thầu (bao gồm cả nhà thầu trong nước và nhà thầu nước ngoài).
• Quy định đối với nhà thầu nước ngoài: Trường hợp nhà thầu nước ngoài trúng thầu và thực hiện nhập khẩu hàng hóa, nhà thầu phải tuân thủ các quy định về quản lý hoạt động của nhà thầu nước ngoài tại Việt Nam. Nhà thầu nước ngoài phải thành lập văn phòng điều hành hoặc thực hiện ủy quyền hợp pháp cho đại lý hải quan, tổ chức tại Việt Nam để đứng tên thực hiện thủ tục nhập khẩu.

- Thủ tục hải quan đối với hàng hóa nhập khẩu theo hợp đồng thầu

• Hồ sơ hải quan bắt buộc: Ngoài các chứng từ thương mại thông thường theo quy định hiện hành, người khai hải quan phải xuất trình hợp đồng thầu hoặc quyết định trúng thầu (bản sao có xác nhận của chủ đầu tư hoặc nhà thầu) để chứng minh mục đích nhập khẩu hàng hóa phục vụ trực tiếp cho công trình, dự án.
• Kiểm tra và giám sát hải quan: Cơ quan hải quan địa phương có trách nhiệm kiểm tra chi tiết hồ sơ, đối chiếu danh mục hàng hóa nhập khẩu với nội dung hợp đồng thầu nhằm đảm bảo hàng hóa được nhập khẩu đúng chủng loại, số lượng và mục đích sử dụng, ngăn ngừa các hành vi lợi dụng chính sách thầu để gian lận thương mại.

- Chính sách thuế và ưu đãi liên quan

• Nghĩa vụ thuế thông thường: Hàng hóa nhập khẩu theo hợp đồng thầu phải chịu các loại thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng (GTGT) và các khoản thuế, phí khác theo quy định của pháp luật về thuế tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan.
• Áp dụng ưu đãi thuế: Đối với các dự án thuộc diện ưu đãi đầu tư hoặc dự án trọng điểm quốc gia được miễn thuế nhập khẩu tạo tài sản cố định, chủ đầu tư hoặc nhà thầu được ủy quyền phải thực hiện thủ tục thông báo Danh mục hàng hóa miễn thuế với cơ quan hải quan trước khi đăng ký tờ khai nhập khẩu lô hàng đầu tiên.

- Trách nhiệm của các bên trong quá trình thực hiện

• Trách nhiệm của chủ đầu tư: Có nghĩa vụ giám sát, quản lý việc sử dụng hàng hóa nhập khẩu của nhà thầu đúng mục đích công trình; chịu trách nhiệm liên đới trước pháp luật nếu nhà thầu tự ý chuyển nhượng hoặc sử dụng hàng hóa sai mục đích đã cam kết.
• Trách nhiệm của nhà thầu: Thực hiện khai báo hải quan trung thực, chính xác; lưu trữ đầy đủ hồ sơ, chứng từ, sổ sách kế toán liên quan đến hàng hóa nhập khẩu để phục vụ công tác kiểm tra sau thông quan của cơ quan hải quan khi có yêu cầu.