Tóm tắt Công văn 3848/TCT-KK năm 2020 về kê khai, hoàn thuế giá trị gia tăng

Công văn 3848/TCT-KK do Tổng cục Thuế ban hành ngày 11 tháng 09 năm 2020 hướng dẫn chi tiết về việc kê khai và hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các dự án đầu tư. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng giúp các doanh nghiệp, đặc biệt là các đơn vị có chi nhánh hoặc dự án đầu tư tại các tỉnh, thành phố khác nơi đóng trụ sở chính, thực hiện đúng quy trình thủ tục thuế, tránh các rủi ro pháp lý không đáng có.

- Quy định về kê khai thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư

Theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế dựa trên các quy định pháp luật hiện hành, việc kê khai thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư được thực hiện như sau:

• Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư mới tại tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương cùng nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư thì người nộp thuế lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư (mẫu số 02/GTGT) và bù trừ số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.
• Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư tại tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với nơi đóng trụ sở chính, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì người nộp thuế lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và nộp cho cơ quan thuế nơi có dự án đầu tư.
• Nếu doanh nghiệp thành lập các chi nhánh trực thuộc tại địa phương khác để trực tiếp quản lý và thực hiện dự án đầu tư, chi nhánh phải thực hiện đăng ký thuế, kê khai và nộp thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với cơ quan thuế quản lý trực tiếp của chi nhánh.

- Điều kiện và nguyên tắc hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư

Công văn làm rõ các điều kiện cốt lõi để doanh nghiệp hoặc chi nhánh được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư:

• Doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư hoặc doanh nghiệp đang hoạt động có dự án đầu tư mới cùng tỉnh hoặc khác tỉnh phải thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ.
• Dự án đầu tư phải đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh và chưa đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế (đối với dự án mới của doanh nghiệp đang hoạt động).
• Số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào dùng cho dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được xét hoàn thuế GTGT.
• Dự án đầu tư phải được phê duyệt theo đúng quy định của pháp luật về đầu tư, có giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc các tài liệu pháp lý tương đương theo quy định.

- Hướng dẫn xử lý bù trừ và chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư

Tổng cục Thuế hướng dẫn cụ thể phương án xử lý số thuế GTGT đầu vào phát sinh tại chi nhánh hoặc văn phòng đại diện thực hiện dự án:

• Trường hợp chi nhánh phụ thuộc trực tiếp kê khai thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư trên tờ khai mẫu số 02/GTGT, nếu chi nhánh giải thể hoặc kết thúc dự án đầu tư mà chưa được hoàn thuế, số thuế GTGT đầu vào chưa được hoàn này sẽ được tổng hợp và chuyển về cho trụ sở chính để tiếp tục kê khai, bù trừ hoặc đề nghị hoàn thuế theo quy định.
• Việc chuyển giao số thuế GTGT đầu vào từ chi nhánh về trụ sở chính phải được thực hiện bằng văn bản, có sự xác nhận của cơ quan thuế quản lý trực tiếp chi nhánh và đảm bảo nguyên tắc không trùng lặp, không khai trùng hóa đơn chứng từ.
• Doanh nghiệp phải chịu trách nhiệm hoàn toàn trước pháp luật về tính chính xác, hợp pháp của các hóa đơn, chứng từ kê khai thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư được chuyển giao.

- Những lưu ý quan trọng đối với người nộp thuế

Để đảm bảo quyền lợi được hoàn thuế GTGT nhanh chóng và đúng pháp luật, doanh nghiệp cần lưu ý:

• Phân định rõ ràng giữa chi phí phát sinh phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh thông thường và chi phí phát sinh trực tiếp phục vụ cho dự án đầu tư để kê khai đúng mẫu tờ khai (mẫu số 01/GTGT và mẫu số 02/GTGT).
• Thực hiện đầy đủ nghĩa vụ góp vốn điều lệ theo đúng tiến độ đã đăng ký trên giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc giấy chứng nhận đầu tư. Việc chưa góp đủ vốn điều lệ là một trong những lý do phổ biến dẫn đến việc bị từ chối hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
• Chuẩn bị đầy đủ hồ sơ pháp lý của dự án đầu tư bao gồm: Quyết định chủ trương đầu tư, Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, tài liệu chứng minh quyền sử dụng đất hoặc thuê đất, và các giấy phép chuyên ngành khác tùy thuộc vào lĩnh vực đầu tư.