Công văn 3519/TCT-KK được Tổng cục Thuế ban hành nhằm giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT). Văn bản này tập trung hướng dẫn các nội dung trọng tâm liên quan đến điều kiện hoàn thuế cho dự án đầu tư, hàng hóa xuất khẩu và việc áp dụng các quy định chuyển tiếp theo Luật số 106/2016/QH13 và Thông tư số 130/2016/TT-BTC.

- Quy định về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

• Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, hoặc cơ sở kinh doanh đang hoạt động có dự án đầu tư mới tại tỉnh, thành phố khác nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động thì được hoàn thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư.
• Trường hợp dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đang hoạt động tại cùng tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính thì thực hiện kê khai riêng cho dự án đầu tư và bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.
• Số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư sau khi bù trừ nếu có số thuế lũy kế chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.

- Điều kiện về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt

• Để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) có trị giá từ 20 triệu đồng trở lên.
• Các trường hợp thanh toán ủy quyền qua bên thứ ba hoặc bù trừ công nợ phải được quy định rõ trong hợp đồng bằng văn bản và có chứng từ đối chiếu, xác nhận số liệu rõ ràng giữa các bên để làm cơ sở giải quyết hoàn thuế.

- Xử lý chuyển tiếp đối với hồ sơ hoàn thuế từ thời điểm 01/07/2016

• Đối với các hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT đã nộp trước ngày 01/07/2016 nhưng chưa được giải quyết hoàn thuế thì cơ quan thuế tiếp tục thực hiện hoàn thuế theo quy định của pháp luật trước ngày 01/07/2016.
• Đối với số thuế GTGT lũy kế chưa được khấu trừ hết phát sinh trước ngày 01/07/2016 của cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, nếu đủ điều kiện hoàn thuế theo quy định cũ thì vẫn được xem xét giải quyết hoàn thuế.
• Kể từ ngày 01/07/2016, các trường hợp không thuộc đối tượng được hoàn thuế theo Luật số 106/2016/QH13 (như dự án đầu tư không đáp ứng đủ vốn điều lệ, dự án khai thác tài nguyên khoáng sản...) sẽ không được giải quyết hoàn thuế mà chuyển sang khấu trừ tiếp vào các kỳ sau.

- Hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu

• Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT theo tháng, quý.
• Trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan thì không được hoàn thuế GTGT.
• Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra chặt chẽ hồ sơ hoàn thuế đối với các doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế, đặc biệt là các doanh nghiệp xuất khẩu nông, lâm, thủy hải sản qua biên giới đất liền.

Tóm lại, Công văn 3519/TCT-KK đóng vai trò quan trọng trong việc tháo gỡ các nút thắt pháp lý về hoàn thuế GTGT tại thời điểm chuyển giao chính sách thuế năm 2016. Văn bản giúp cơ quan thuế địa phương và người nộp thuế thống nhất phương án xử lý hồ sơ hoàn thuế, đảm bảo tính minh bạch và đúng quy định pháp luật.