Công văn 3487/TCHQ-TXNK năm 2021 do Tổng cục Hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng nhằm tháo gỡ các vướng mắc liên quan đến thủ tục hải quan và chính sách thuế đối với hoạt động xuất nhập khẩu tại chỗ. Văn bản này được ban hành trong bối cảnh Nghị định 18/2021/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung Nghị định 134/2016/NĐ-CP) có hiệu lực, mang lại những thay đổi căn bản trong việc quản lý thuế đối với loại hình giao dịch này.

1. Chính sách thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ

Tổng cục Hải quan hướng dẫn chi tiết về nghĩa vụ thuế của các bên tham gia hoạt động xuất nhập khẩu tại chỗ theo quy định mới:

• Đối với người xuất khẩu tại chỗ: Doanh nghiệp thực hiện xuất khẩu sản phẩm phần mềm, hàng hóa để sản xuất xuất khẩu hoặc gia công ra nước ngoài nhưng được chỉ định giao hàng tại Việt Nam phải thực hiện kê khai và nộp thuế xuất khẩu (nếu có) theo quy định của biểu thuế xuất khẩu hiện hành.
• Đối với người nhập khẩu tại chỗ: Doanh nghiệp nhập khẩu hàng hóa tại chỗ để sản xuất xuất khẩu, gia công hoặc tiêu dùng nội địa phải kê khai, nộp thuế nhập khẩu. Việc miễn thuế nhập khẩu chỉ được áp dụng nếu hàng hóa đó được sử dụng trực tiếp vào hoạt động sản xuất hàng xuất khẩu và đáp ứng đầy đủ các điều kiện giám sát hải quan theo quy định tại Nghị định 18/2021/NĐ-CP.
• Chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT): Hàng hóa xuất khẩu tại chỗ được áp dụng thuế suất thuế GTGT ưu đãi (thường là 0%) nếu đáp ứng đủ các điều kiện về hợp đồng xuất khẩu, tờ khai hải quan đã thông quan và chứng từ thanh toán qua ngân hàng không dùng tiền mặt.

2. Thủ tục hải quan và quy trình quản lý giám sát

Để đảm bảo tính minh bạch và ngăn ngừa các hành vi gian lận thương mại, trốn thuế, Tổng cục Hải quan yêu cầu các đơn vị hải quan địa phương thắt chặt quy trình quản lý:

• Thời hạn làm thủ tục hải quan: Người nhập khẩu tại chỗ phải thực hiện thủ tục hải quan trong thời hạn tối đa là 15 ngày làm việc kể từ ngày thông quan tờ khai hải quan xuất khẩu tại chỗ. Quá thời hạn này, nếu không thực hiện, doanh nghiệp sẽ bị xử lý theo quy định của pháp luật về quản lý thuế và xử phạt vi phạm hành chính.
• Kiểm tra cơ sở sản xuất và năng lực sản xuất: Cơ quan hải quan sẽ tăng cường công tác kiểm tra sau thông quan, tập trung vào việc xác minh cơ sở sản xuất, máy móc thiết bị của doanh nghiệp nhập khẩu tại chỗ để đảm bảo hàng hóa nhập khẩu được đưa vào sản xuất thực tế, không bị chuyển bán nội địa trái phép.
• Xử lý tờ khai hải quan không đồng bộ: Đối với các trường hợp tờ khai xuất khẩu tại chỗ đã thông quan nhưng tờ khai nhập khẩu tại chỗ tương ứng chưa được mở hoặc bị hủy, cơ quan hải quan sẽ tiến hành xác minh, yêu cầu doanh nghiệp giải trình và thực hiện ấn định thuế nếu phát hiện sai phạm.

3. Hướng dẫn xử lý vướng mắc trong giai đoạn chuyển tiếp

Văn bản cũng đưa ra các giải pháp xử lý đối với các trường hợp phát sinh trong giai đoạn giao thoa giữa quy định cũ và quy định mới:

• Đối với các hợp đồng ký kết trước ngày Nghị định 18/2021/NĐ-CP có hiệu lực: Các ưu đãi thuế vẫn được bảo lưu nếu doanh nghiệp đáp ứng đầy đủ các điều kiện chuyển tiếp quy định tại Điều 3 Nghị định 18/2021/NĐ-CP.
• Trách nhiệm của Cục Hải quan các tỉnh, thành phố: Chủ động rà soát các tờ khai hải quan xuất nhập khẩu tại chỗ phát sinh trên địa bàn quản lý, kịp thời hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện đúng nghĩa vụ thuế, đồng thời tổng hợp các vướng mắc vượt thẩm quyền để báo cáo Tổng cục Hải quan xem xét giải quyết.