Kính gửi: Cục Thuế thành phố Hà Nội

Trả lời công văn số 36910/CT-PC ngày 29/7/2014 và công văn số 28536/CT-PC ngày 10/6/2014 của Cục Thuế TP Hà Nội vướng mắc về chính sách thuế giá trị gia tăng, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại Khoản 3b Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính quy định về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư mới:

“b) Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì cơ sở kinh doanh lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.

Trường hợp trong kỳ kê khai, cơ sở kinh doanh có số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh chưa được khấu trừ hết và số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 và khoản 3 Điều này theo quy định.

Riêng đối với dự án quan trọng quốc gia do Quốc hội quyết định chủ trương đầu tư và quy định tiêu chuẩn dự án thì không thực hiện kết chuyển mà thực hiện theo hướng dẫn riêng của Bộ Tài chính.

Trường hợp cơ sở kinh doanh có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương; Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế, hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp".

Căn cứ hướng dẫn trên, trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, cơ sở kinh doanh đã thành lập chi nhánh, chi nhánh đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế, nhưng chi nhánh không quản lý dự án, dự án vẫn do cơ sở kinh doanh trực tiếp quản lý, chưa bàn giao cho chi nhánh, cơ sở kinh doanh đã và đang tiến hành kê khai riêng thuế GTGT đầu vào cho dự án trên Mẫu số 02/GTGT và lập hồ sơ xin hoàn thuế GTGT riêng đối với số thuế đầu vào của dự án thì thống nhất với ý kiến xử lý của Cục Thuế thành phố Hà Nội nêu tại công văn số 28536/CT-PC nêu trên: Cơ sở kinh doanh được xem xét, hoàn thuế GTGT đầu vào cho dự án đầu tư sau khi bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế thành phố Hà Nội được biết./.