Tổng cục Thuế nhận được công văn số 1458/CTDNO-TTKT ngày 27/5/2022 của Cục Thuế tỉnh Đắk Nông, công văn số 5325/CTBTH-TTKT3 ngày 28/1/2022 của Cục Thuế tỉnh Bình Thuận về thuế GTGT. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ khoản 1 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 ngày 19/4/2016 sửa đổi, bổ sung khoản 1, 9 và 23 Điều 5 Luật thuế GTGT 13/2008/QH12 (đã được sửa đổi, bổ sung một số điều tại Luật số 31/2012/QH13) quy định đối tượng không chịu thuế;

Căn cứ khoản 1 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 1/7/2016 sửa đổi, bổ sung khoản 1 Điều 3 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ (đã được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/02/2015) quy định về đối tượng không chịu thuế;

Căn cứ khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 1/7/2016 sửa đổi, bổ sung Điều 10 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ (đã được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/02/2015) quy định về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư;

Căn cứ khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư;

Căn cứ khoản 1 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung khoản 1 Điều 4 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn đối tượng không chịu thuế ;

Căn cứ Điều 11 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thuế suất 10%;

Căn cứ Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào;

Căn cứ Điều 40, Điều 41 Luật Đầu tư số 61/2020/QH14 ngày 17/6/2020 quy định nội dung Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, điều chỉnh dự án đầu tư;

Căn cứ Điều 43 Nghị định số 31/2021/NĐ-CP ngày 26/3/2021 của Chính phủ quy định nội dung, thủ tục điều chỉnh dự án đầu tư.

Về khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư trang trại để cho thuê, Tổng cục Thuế đã có công văn số 2221/TCT-CS ngày 24/5/2016 trả lời Cục Thuế tỉnh Phú Yên (bản photocopy kèm theo) như sau:

“Theo trình bày của Cục Thuế tỉnh Phú Yên cùng với hồ sơ tài liệu gửi kèm, Công ty TNHH Đầu tư Sơn An có dự án đầu tư xây dựng trang trại chăn nuôi heo nái sinh sản đã được UBND tỉnh Phú Yên cấp giấy chứng nhận đầu tư số 36121000077 chứng nhận lần đầu ngày 3/9/2013; Ngày 23/09/2015, Công ty được Sở Kế hoạch Đầu tư tỉnh Phú Yên cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư chứng nhận thay đổi lần thứ 01 cho dự án đầu tư xây dựng trang trại chăn nuôi heo nái sinh sản với mục tiêu được điều chỉnh để cho thuê; Trong quá trình chuẩn bị đầu tư và đầu tư xây dựng cơ bản trang trại chăn nuôi, Công ty (bên cho thuê) đã ký hợp đồng thuê trại chăn nuôi số 006/TT HN/SWB/CPVN-2013 ngày 20/12/2015 có thời hạn thuê 15 năm với Công ty cổ phần chăn nuôi C.P Việt Nam tại thành phố Đà Nẵng - Chi nhánh 2 (bên thuê); Công ty đã kê khai thuế GTGT đầu vào được khấu trừ của dự án này phát sinh từ tháng 12/2012 đến tháng 6/2015; Bên thuê đã xuất hóa đơn GTGT với thuế suất 10% để thanh toán tiền thuê hàng tháng cho Công ty.

Căn cứ hướng dẫn trên, trường hợp Công ty TNHH Đầu tư Sơn An có văn bản giải trình cam kết và chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc khấu trừ và hoàn thuế GTGT đầu vào của hoạt động đầu tư, xây dựng trang trại để cho thuê thì thống nhất với ý kiến của Cục Thuế tỉnh Phú Yên nêu tại công văn số 3410/CT-KTT ngày 3/12/2015 về việc Công ty TNHH Đầu tư Sơn An được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào đối với dự án đầu tư. Đề nghị Cục Thuế căn cứ thực tế trong quá trình thực hiện, nếu Công ty TNHH Đầu tư Sơn An cho thuê một thời gian, sau đó sử dụng để sản xuất hàng hóa thuộc diện không chịu thuế GTGT thì phải thực hiện nộp truy thu số thuế GTGT đã được hoàn tương ứng với giá trị còn lại của tài sản cố định.”

Đề nghị Cục Thuế phối hợp với cơ quan có thẩm quyền quản lý về đầu tư trên địa bàn để xác định trường hợp doanh nghiệp có dự án đầu tư xây dựng trang trại chăn nuôi (heo, vịt...), với mục tiêu của dự án ghi trên Quyết định chủ trương đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư là chăn nuôi (Quyết định chủ trương đầu tư, Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư được cấp cho doanh nghiệp (nhà đầu tư) để chăn nuôi không phải mục tiêu để cho thuê), nhưng sau khi đầu tư xây dựng trang trại doanh nghiệp (nhà đầu tư) không trực tiếp chăn nuôi mà ký hợp đồng cho đơn vị khác thuê để chăn nuôi thì có cần phải thực hiện thủ tục điều chỉnh Quyết định chủ trương đầu tư, Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư theo quy định pháp luật đầu tư hay không. Trên cơ sở đó, Cục Thuế căn cứ các quy định, hướng dẫn nêu trên và tình hình thực tế để xử lý việc hoàn thuế GTGT theo quy định.

Tổng cục Thuế có ý kiến để Cục Thuế tỉnh Đắk Nông, Cục Thuế tỉnh Bình Thuận được biết./.