Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Bắc Kạn.

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 1532/CT-KK&KTT ngày 06/09/2018 và công văn số 455/CT-KK&KTT ngày 24/4/2017 của Cục Thuế tỉnh Bắc Kạn về việc hoàn thuế GTGT của Công ty TNHH Môi trường Bắc Kạn. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Tại Phụ lục 4 - Danh mục ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện ban hành kèm theo Luật số 03/2016/QH14 ngày 22/11/2016 sửa đổi, bổ sung Điều 6 và Phụ lục 4 về Danh mục ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện của Luật đầu tư (có hiệu lực từ 01/01/2017) quy định:

“232. Kinh doanh dịch vụ vận chuyển, xử lý chất thải nguy hại”

- Tại khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 ngày 6/4/2016 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT, Luật thuế TTĐB và Luật quản lý thuế quy định về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư như sau:

"Trường hợp cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp:

a) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn Điều lệ như đã đăng ký; kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có Điều kiện khi chưa đủ các Điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật đầu tư hoặc không bảo đảm duy trì đủ Điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động;

…"

- Tại Khoản 3.2 và điểm c Khoản 3.3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 26/2015/TT-BTC) về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư như sau:

“3. Sửa đổi, bổ sung Điều 18 như sau:

…

2. Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c Khoản 3 Điều này. Trường hợp, nếu số thuế giá trị gia tăng lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.

…

c) Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp:

…

c.2) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật đầu tư là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng cơ sở kinh doanh chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; chưa được cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; chưa có văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; hoặc chưa đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện mà không cần phải có xác nhận, chấp thuận dưới hình thức văn bản theo quy định của pháp luật về đầu tư.

c.3) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện không bảo đảm duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh bị thu hồi giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; bị thu hồi giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; bị thu hồi văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; hoặc trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh không đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định của pháp luật về đầu tư thì thời điểm không hoàn thuế giá trị gia tăng được tính từ thời điểm cơ sở kinh doanh bị thu hồi một trong các loại giấy tờ nêu trên hoặc từ thời điểm cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, phát hiện cơ sở kinh doanh không đáp ứng được các điều kiện về đầu tư kinh doanh có điều kiện.”

Căn cứ các quy định, hướng dẫn nêu trên:

Kinh doanh dịch vụ vận chuyển, xử lý chất thải nguy hại là ngành nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định của Luật đầu tư.

Về việc hoàn thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư, phát sinh trong giai đoạn đầu tư (trước khi dự án đầu tư hoàn thành, đi vào hoạt động), Tổng cục Thuế đã có công văn số 3826/TCT-PC ngày 08/10/2018 trả lời Cục Thuế tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu về việc hoàn thuế GTGT của Công ty cổ phần Hóa chất hiếm Việt Nam (bản photocopy kèm theo).

Đề nghị Cục Thuế tham khảo nội dung tại công văn nêu trên, thực hiện rà soát tình hình thực tế tại Công ty TNHH Môi trường Bắc Kạn và đối chiếu với quy định của pháp luật về ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện để xử lý việc hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư của Công ty theo quy định.

Tổng cục Thuế có ý kiến để Cục Thuế tỉnh Bắc Kạn được biết./.