Giới thiệu chung về Công văn 3007/TCT-CS năm 2019

Công văn 3007/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành năm 2019 là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ thuế quan trọng, giải đáp các vướng mắc liên quan đến chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT), đặc biệt là quy định về hoàn thuế GTGT đối với các dự án đầu tư của doanh nghiệp đang hoạt động. Văn bản này đóng vai trò làm rõ phương thức kê khai, bù trừ thuế và các điều kiện pháp lý để doanh nghiệp được thụ hưởng chính sách hoàn thuế từ ngân sách nhà nước.

1. Quy định về kê khai và bù trừ thuế GTGT của dự án đầu tư

Theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế, việc kê khai và xử lý số thuế GTGT đầu vào đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đang hoạt động được thực hiện theo nguyên tắc chặt chẽ:

• Kê khai riêng biệt: Người nộp thuế đang hoạt động sản xuất kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, nếu có dự án đầu tư mới (trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) tại cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư thì phải lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư theo Mẫu số 02/GTGT.
• Nghĩa vụ bù trừ thuế: Doanh nghiệp có trách nhiệm bù trừ số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện tại trụ sở chính. Số thuế GTGT được bù trừ tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của trụ sở chính.

2. Điều kiện và hạn mức để được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư

Sau khi thực hiện bù trừ theo quy định, số thuế GTGT đầu vào còn lại của dự án đầu tư sẽ được xem xét hoàn thuế nếu đáp ứng đầy đủ các tiêu chí sau:

• Hạn mức hoàn thuế tối thiểu: Số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết sau khi bù trừ phải đạt từ 300 triệu đồng trở lên thì doanh nghiệp mới được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư đó.
• Xử lý số thuế dưới hạn mức: Trường hợp số thuế GTGT đầu vào lũy kế của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết dưới 300 triệu đồng thì doanh nghiệp không được hoàn thuế trong kỳ kê khai đó mà phải chuyển số thuế này vào kỳ kê khai tiếp theo của dự án đầu tư để tích lũy.
• Điều kiện về vốn điều lệ: Doanh nghiệp phải thực hiện góp đủ số vốn điều lệ đã đăng ký theo quy định của pháp luật tính đến thời điểm đề nghị hoàn thuế.
• Điều kiện về giấy phép ngành nghề: Đối với các dự án đầu tư thuộc ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện, doanh nghiệp phải được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy phép kinh doanh ngành, nghề có điều kiện hoặc giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh theo đúng quy định pháp luật chuyên ngành.

3. Các trường hợp không được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư

Công văn cũng lưu ý các cơ quan thuế địa phương cần kiểm tra kỹ lưỡng để loại trừ các trường hợp không được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư, bao gồm:

• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật.
• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng chưa được cấp giấy phép hoặc chưa đáp ứng đủ điều kiện kinh doanh theo quy định.
• Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/07/2016 hoặc dự án sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên.

4. Hướng dẫn tổ chức thực hiện đối với cơ quan thuế địa phương

Để đảm bảo việc thực thi chính sách thuế đúng pháp luật, Tổng cục Thuế yêu cầu các Cục Thuế địa phương thực hiện các nhiệm vụ sau:

• Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra trước và sau hoàn thuế đối với các hồ sơ hoàn thuế GTGT của dự án đầu tư nhằm phát hiện và ngăn chặn kịp thời các hành vi gian lận thuế.
• Hướng dẫn, hỗ trợ người nộp thuế thực hiện đúng quy trình kê khai trên hệ thống thuế điện tử, đảm bảo tính chính xác của hồ sơ và rút ngắn thời gian giải quyết thủ tục hành chính cho doanh nghiệp.