Công văn 2671/TCT-CS năm 2017 do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng về chính sách thuế, tập trung giải quyết các vướng mắc liên quan đến công tác kê khai và nộp thuế đối với các dự án đường cao tốc do Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) làm chủ đầu tư. Văn bản này giúp thống nhất phương thức quản lý thuế giữa trung ương và địa phương, đảm bảo quyền lợi ngân sách nhà nước và tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp trong quá trình vận hành dự án.

- Phạm vi áp dụng và đối tượng điều chỉnh

• Đối tượng áp dụng: Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC), các ban quản lý dự án, các chi nhánh và đơn vị thành viên trực thuộc VEC tham gia quản lý, vận hành các tuyến đường cao tốc.
• Các dự án áp dụng: Các dự án hạ tầng giao thông đường bộ cao tốc trọng điểm quốc gia do VEC làm chủ đầu tư và trực tiếp khai thác, thu phí sử dụng đường bộ.
• Mục tiêu hướng dẫn: Làm rõ địa điểm kê khai thuế, phương pháp phân bổ nghĩa vụ thuế đối với các sắc thuế chính phát sinh trong quá trình khai thác dự án đi qua nhiều địa bàn tỉnh, thành phố.

- Chính sách kê khai và nộp thuế Giá trị gia tăng (GTGT)

• Nguyên tắc kê khai tập trung: VEC thực hiện kê khai thuế GTGT đầu ra đối với hoạt động thu phí dịch vụ sử dụng đường bộ tập trung tại trụ sở chính của Tổng công ty.
• Khấu trừ thuế GTGT đầu vào: Toàn bộ thuế GTGT đầu vào của các chi phí phát sinh trong giai đoạn đầu tư xây dựng, chi phí duy tu, bảo dưỡng và chi phí quản lý vận hành đường cao tốc được kê khai, khấu trừ tập trung tại văn phòng Tổng công ty, điều kiện là các hóa đơn, chứng từ hợp pháp phải mang tên và mã số thuế của VEC.
• Phân bổ thuế GTGT cho địa phương: Đối với các tuyến đường cao tốc chạy qua nhiều tỉnh, thành phố khác nhau, việc phân bổ số thuế GTGT phải nộp cho từng địa phương được thực hiện theo tỷ lệ doanh thu thực tế phát sinh trên từng đoạn tuyến thuộc địa bàn quản lý của tỉnh đó hoặc theo hướng dẫn cụ thể của Bộ Tài chính về phân bổ thuế đối với hoạt động kinh doanh đặc thù.

- Chính sách thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN)

• Khai quyết toán thuế tập trung: VEC có trách nhiệm thực hiện khai quyết toán thuế TNDN tập trung tại trụ sở chính đối với toàn bộ kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh phát sinh từ tất cả các dự án đường cao tốc và hoạt động kinh doanh khác trên cả nước.
• Hạch toán phụ thuộc: Các chi nhánh, văn phòng quản lý dự án tại các địa phương thực hiện hạch toán báo cáo doanh thu, chi phí định kỳ gửi về Tổng công ty để tổng hợp, không phải thực hiện khai quyết toán thuế TNDN độc lập tại địa phương nơi có dự án đi qua.
• Áp dụng ưu đãi thuế: Các ưu đãi về thuế TNDN đối với dự án đầu tư phát triển cơ sở hạ tầng giao thông đặc biệt quan trọng được áp dụng đồng bộ và nhất quán theo quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp hiện hành.

- Công tác phối hợp giữa các cơ quan thuế địa phương

• Vai trò của Cục Thuế quản lý trực tiếp: Cục Thuế nơi VEC đặt trụ sở chính chịu trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ khai thuế, thực hiện thanh tra, kiểm tra và giám sát toàn diện nghĩa vụ thuế của Tổng công ty.
• Vai trò của Cục Thuế các địa phương có dự án đi qua: Phối hợp chặt chẽ trong việc giám sát hoạt động thu phí, kiểm tra tính hợp pháp của vé đường bộ (hóa đơn đặc thù) và tiếp nhận phần thuế được phân bổ theo đúng quy định của pháp luật thuế hiện hành.

Tóm lại, hướng dẫn tại Công văn 2671/TCT-CS năm 2017 đã tháo gỡ triệt để các khó khăn về thủ tục hành chính thuế cho VEC, đồng thời đảm bảo sự minh bạch, công bằng trong việc phân chia nguồn thu ngân sách giữa các địa phương có tuyến đường cao tốc đi qua.