Công văn 2596/TCT-DNL được ban hành bởi Tổng cục Thuế vào năm 2018, tập trung hướng dẫn về phương pháp phân bổ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào đối với các doanh nghiệp có hoạt động sản xuất kinh doanh hỗn hợp (bao gồm cả hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT). Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng, giúp các doanh nghiệp lớn chuẩn hóa quy trình kê khai, khấu trừ và quyết toán thuế GTGT theo đúng quy định của pháp luật hiện hành.

Theo tinh thần hướng dẫn của Tổng cục Thuế và các quy định pháp luật liên quan về thuế GTGT, việc phân bổ thuế GTGT đầu vào đối với hoạt động sản xuất kinh doanh chung được thực hiện theo các nguyên tắc cốt lõi sau:

• Nguyên tắc khấu trừ riêng biệt: Doanh nghiệp có nghĩa vụ hạch toán riêng biệt thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT để được khấu trừ toàn bộ. Đối với thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT thì không được khấu trừ.
• Nguyên tắc phân bổ theo tỷ lệ doanh thu: Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào được sử dụng đồng thời cho cả hoạt động chịu thuế và không chịu thuế GTGT nhưng doanh nghiệp không thể hạch toán riêng được, thì số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ sẽ được xác định theo tỷ lệ phần trăm (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT, doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra (bao gồm cả doanh thu không chịu thuế).
• Kỳ thực hiện phân bổ và điều chỉnh: Doanh nghiệp thực hiện tạm phân bổ số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ theo từng tháng hoặc từng quý (tùy thuộc vào kỳ khai thuế của doanh nghiệp). Khi kết thúc năm tài chính, doanh nghiệp phải thực hiện tính toán, phân bổ lại tổng số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ của cả năm để thực hiện kê khai điều chỉnh tăng hoặc giảm số thuế GTGT được khấu trừ vào kỳ khai thuế tháng 12 hoặc quý IV của năm đó.

Để đảm bảo tính chính xác trong quá trình phân bổ thuế GTGT đầu vào, doanh nghiệp cần xác định rõ các chỉ tiêu doanh thu cấu thành công thức phân bổ:

• Doanh thu chịu thuế GTGT (Tử số): Bao gồm doanh thu từ các hoạt động bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế GTGT với các mức thuế suất 0%, 5%, 10% và các khoản doanh thu thuộc trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo quy định.
• Tổng doanh thu bán ra (Mẫu số): Là toàn bộ doanh thu phát sinh trong kỳ của doanh nghiệp, bao gồm doanh thu chịu thuế GTGT, doanh thu không phải kê khai tính nộp thuế và doanh thu của hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT.
• Loại trừ các khoản doanh thu đặc thù: Trong một số trường hợp cụ thể theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế, các khoản doanh thu tài chính không mang tính chất hoạt động kinh doanh cốt lõi hoặc các khoản thu nhập khác không liên quan trực tiếp đến việc sử dụng hàng hóa, dịch vụ mua vào dùng chung có thể được xem xét loại trừ khi tính tỷ lệ phân bổ để đảm bảo tính khách quan.

Để hạn chế tối đa các rủi ro bị truy thu thuế và xử phạt vi phạm hành chính trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế, doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý các điểm sau:

• Tính nhất quán trong phương pháp áp dụng: Doanh nghiệp phải áp dụng nhất quán phương pháp phân bổ thuế GTGT đầu vào trong suốt năm tài chính. Mọi sự thay đổi về cách thức xác định doanh thu hoặc tỷ lệ phân bổ giữa các kỳ phải có lý do chính đáng và phù hợp với quy định của Luật Thuế GTGT.
• Hoàn thiện hồ sơ, chứng từ kế toán: Đảm bảo tất cả hóa đơn GTGT đầu vào dùng chung đều hợp pháp, hợp lệ và đáp ứng đầy đủ điều kiện về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các hóa đơn có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên.
• Chủ động phối hợp với cơ quan thuế quản lý: Đối với các ngành nghề kinh doanh đặc thù có cơ cấu doanh thu phức tạp, doanh nghiệp cần chủ động tham chiếu các văn bản hướng dẫn chuyên ngành hoặc gửi văn bản xin ý kiến hướng dẫn cụ thể từ cơ quan thuế quản lý trực tiếp để thực hiện đúng quy định.