Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Phú Yên

Tổng cục Thuế nhận được Công văn số 1366/CT-TTKT ngày 02/5/2019 của Cục Thuế tỉnh Phú Yên về việc xử lý hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) nộp thừa đối với trường hợp của Công ty cổ phần Sông Đà 10 (mã số thuế 5900189357; địa chỉ: tầng 10-11 tòa nhà Sông Đà, đường Phạm Hùng, quận Nam Từ Liêm, Hà Nội) và thông tin, tài liệu về thuế GTGT vãng lai ngoại tỉnh của Công ty cổ phần Sông Đà 10 do Kho bạc nhà nước (KBNN) tỉnh Phú Yên cung cấp tại Công văn số 202/KBPY-KSC ngày 23/5/2019. Về việc này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Căn cứ pháp lý:

Căn cứ hướng dẫn tại Khoản 3 Điều 28 Thông tư số 156/2013/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 8 Điều 1 Thông tư số 119/2014/TT-BTC sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013, Thông tư số 111/2013/TT-BTC ngày 15/8/2013, Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013, Thông tư số 08/2013/TT-BTC ngày 10/01/2013, Thông tư số 85/2011/TT-BTC ngày 17/6/2011, Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 và Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính để cải cách, đơn giản các thủ tục hành chính về thuế.

Căn cứ hướng dẫn tại Điểm e Khoản 1 Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung tại Điểm b Khoản 1 Điều 2 Thông tư số 26/2015/TT-BTC hướng dẫn về thuế GTGT và quản lý thuế tại Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/02/2015 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của các Nghị định về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ.

2. Theo thông tin, tài liệu về thuế GTGT vãng lai ngoại tỉnh của Công ty cổ phần Sông Đà 10 do KBNN tỉnh Phú Yên cung cấp tại Công văn số 202/KBPY-KSC ngày 23/5/2019:

- Ngày 26/10/2016, Bộ Giao thông vận tải cùng các bên có liên quan đã ký Phụ lục hợp đồng số 4 của Hợp đồng số 26/HĐXD-DEOCA đầu tư xây dựng Hầm đường bộ qua Đèo Cả - Quốc lộ 1, trong đó:

+ Nhà đầu tư: là liên doanh của 04 doanh nghiệp, không có Công ty cổ phần đầu tư Đèo Cả;

+ Doanh nghiệp dự án (duy nhất) là Công ty cổ phần đầu tư Đèo Cả, trụ sở tại thành phố Hồ Chí Minh;

+ Ban quản lý dự án 85 (được Bộ Giao thông vận tải giao quản lý phần vốn nhà nước) có trách nhiệm gửi KBNN nơi mở tài khoản hồ sơ thanh toán pháp lý gửi một lần theo quy định tại Điều 20 Thông tư số 55/2016/TT-BTC ngày 23/3/2016 để làm cơ sở kiểm soát thanh toán;

+ Dự án xây dựng hầm đường bộ Đèo Cả Quốc lộ 1 qua tỉnh Phú Yên và tỉnh Khánh Hòa. Hạng mục công trình thứ 2 là Chi phí đầu tư xây dựng hầm Cổ Mã và đường dẫn (chưa bao gồm chi phí GPMB, hỗ trợ tái định cư);

+ Nhà đầu tư, Ban quản lý dự án 85 chịu trách nhiệm về khối lượng và giá trị thanh toán;

+ Đối với phần khối lượng đã thực hiện đầu tư xây dựng hầm Cổ Mã và đường dẫn: Các khối lượng đã nghiệm thu và giải ngân bằng nguồn vốn vay của ngân hàng và vốn chủ sở hữu của Nhà đầu tư hoặc các khối lượng đã nghiệm thu nhưng chưa giải ngân, vốn nhà nước sẽ được chuyển về tài khoản ngân hàng của Công ty cổ phần đầu tư Đèo Cả. Trên cơ sở nguồn vốn nhà nước đã thanh toán, Nhà đầu tư, Doanh nghiệp dự án hoàn trả vốn vay của ngân hàng và thanh toán cho các nhà thầu theo quy định.

- Ngày 20/12/2016, Ban quản lý dự án 85 có Giấy đề nghị thanh toán vốn đầu tư số G2-2 mã dự án 7592400 gửi KBNN tỉnh Phú Yên đề nghị:

+ Thanh toán đợt 2 phần khối lượng thực hiện đến 30/8/2016 từ vốn vay tín dụng (chưa bao gồm lãi vay) của gói thầu số 2 Dự án đầu tư xây dựng hầm đường bộ qua Đèo Cả - Quốc lộ 1 tỉnh Phú Yên và tỉnh Khánh Hòa theo hình thức BOT và BT;

+ Nhà đầu tư hoặc doanh nghiệp dự án là Công ty cổ phần đầu tư Đèo Cả theo số tài khoản 102010001554366 tại Ngân hàng TMCN Công thương Việt Nam Chi nhánh Hà Nội.

+ Tổng số tiền 42.004.203.867 đồng.

+ Bảng xác nhận giá trị khối lượng công việc hoàn thành theo Hợp đồng đề nghị thanh toán ký giữa đại diện cơ quan nhà nước có thẩm quyền là Ban quản lý dự án 85 với Đại diện nhà đầu tư là Công ty cổ phần đầu tư Đèo Cả và Đại diện nhà thầu là Công ty cổ phần Sông Đà 10: "Gói thầu số 2: Xây dựng hầm đèo Cổ Mã".

- Cùng ngày 20/12/2016, chủ đầu tư là Ban quản lý dự án 85 lập Giấy rút vốn đầu tư số G2-2 có mã dự án 7592400 (KBNN tỉnh Phú Yên xác nhận kiểm soát chi ngày 21/12/2016):

+ Thanh toán đợt 2 phần khối lượng thực hiện đến 30/8/2016 từ vốn vay tín dụng (chưa bao gồm lãi vay) của gói thầu số 2, Dự án đầu tư xây dựng hầm đường bộ qua Đèo Cả - Quốc lộ 1 tỉnh Phú Yên và tỉnh Khánh Hòa theo hình thức BOT và BT;

+ Đơn vị nhận tiền và nộp thuế là Công ty cổ phần đầu tư Đèo Cả;

+ Tổng số tiền 42.004.203.867 đồng;

+ Số tiền thuế nộp cho Cục Thuế tỉnh Phú Yên là 8.883.647.714 đồng.

- Ngày 30/10/2017, Cục Thuế tỉnh Phú Yên có Giấy đề nghị điều chỉnh thu NSNN niên độ 2016 gửi KBNN tỉnh Phú Yên:

+ Ngày 21/12/2016, mã số thuế 0104567756 (Công ty cổ phần đầu tư Đèo Cả) đã nộp thuế GTGT (mã TKKT 7111) là 8.883.647.714 đồng.

+ Điều chỉnh sang mã số thuế 5900189357 (Công ty cổ phần Sông Đà 10) mã TKKT 7111 với số tiền 8.883.647.714 đồng.

3. Theo nội dung Công văn số 6618/CT-QLCCN ngày 24/11/2017 của Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa gửi Cục Thuế tỉnh Phú Yên và KBNN tỉnh Phú Yên: Hợp đồng số 2608/2013/HĐTCXL-ĐC được ký kết giữa Công ty cổ phần đầu tư Đèo Cả và Công ty cổ phần Sông Đà 10 về việc thi công công trình xây dựng Hầm Đèo Cổ Mã (Km11+159,07 đến Km12+179,07) thuộc địa bàn huyện Vạn Ninh, tỉnh Khánh Hòa. Gói thầu số 2: xây dựng hầm đèo Cổ Mã thuộc địa phận huyện Vạn Ninh, tỉnh Khánh Hòa.

4. Căn cứ hướng dẫn tại Thông tư số 156/2013/TT-BTC và Thông tư số 26/2015/TT-BTC cũng như thông tin nêu trên, việc Cục Thuế tỉnh Phú Yên đề nghị KBNN tỉnh Phú Yên điều chỉnh thu NSNN niên độ 2016 đối với khoản tiền thuế GTGT 8.883.647.714 đồng là đúng người phải nộp thuế nhưng không đúng đơn vị hưởng nguồn thu thuế, bởi:

- Công ty cổ phần Sông Đà 10 có trụ sở tại thành phố Hà Nội, không có trụ sở hoặc đơn vị trực thuộc tại tỉnh Phú Yên.

- Dự án xây dựng hầm đường bộ Đèo Cả Quốc lộ 1 là công trình liên tỉnh: tỉnh Phú Yên và tỉnh Khánh Hòa, trong đó Công trình xây dựng hầm đèo Cổ Mã (công trình xây dựng đã được KBNN tỉnh Phú Yên khấu trừ thuế GTGT 2% trước khi thanh toán cho doanh nghiệp dự án là Công ty cổ phần đầu tư Đèo Cả nêu trên) thuộc địa bàn tỉnh Khánh Hòa, không thuộc địa bàn tỉnh Phú Yên.

Do đó, đề nghị Cục Thuế tỉnh Phú Yên thực hiện điều chỉnh lại đơn vị hưởng nguồn thu thuế là tỉnh Khánh Hòa đối với số thuế GTGT 2% mà KBNN tỉnh Phú Yên đã khấu trừ nêu trên theo đúng quy định hiện hành tại thời điểm thu ngân sách và thông báo cho các đơn vị có liên quan được biết.

Tổng cục Thuế thông báo để Cục Thuế tỉnh Phú Yên được biết./.